[주 문] 충주세무서장이 1994.3.16 청구법인에 고지한 1988사업년도(1.1～12.31)분 법인세 42,006,340원과 1994.4.16 고지한 법인세 1989사업년도분 82,287,770원, 1990사업년도분 27,158,610원및 1991사업년도분 43,761,050원은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 1987.1.21 본점 소재지를 서울특별시 OO구 OO동 OOOO로 하여 법인 설립등기를 하였다가 1987.3.19 충청북도 음성군 대소면 OO리 O OOO로 본점 소재지를 이전한 법인으로서 1988년부터 1991년까지 4개 사업년도(1.1～12.31)분 법인 소득금액에 대하여 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 법) 제15조[창업중소기업에 대한 조세특례] 제1항의 감면규정을 적용하여 법인세 과세표준신고를 하였다. 처분청은 청구법인이 농어촌지역이 아닌 지역(서울특별시)에서 창업하였다 하여 조세감면규제법 제15조 제1항의 감면규정 적용을 배제하고 법인세 1988사업년도분 42,006,340원, 1989사업년도분 28,287,770원, 1990사업년도분 27,158,610원, 1991사업년도분 43,761,050원을 경정하여 1994.4.16(1988사업년도분은 1994.3.16) 청구법인에 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1994.5.3 심사청구를 거쳐 1994.8.12 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 청구법인은 농어촌지역에 중소기업을 창업하고자 하였으나 공장부지가 확정되지 아니하여 1987.1.21 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOO에 본점 설립등기를 하였다가 1987.3.10 충청북도 음성군 대소면 OO리 O OOO외 10필지의 토지 30,917㎡(현재의 공장 부지임)를 매수하기로 계약한 9일 후인 1987.3.19 본점 소재지를 위 OO리 O OOO로 이전하여 1988.3.30 공장을 준공(1987.7.29 건축허가를 받았음) 하여 현재까지 가동중에 있는 바, 청구법인은 공장부지가 확보되지 아니하여 임시적으로 서울특별시에 본점을 두었을 뿐 사실상 농어촌지역에서 창업한 중소기업에 해당되므로 농어촌지역에서의 창업중소기업으로 보지 않고 감면규정적용을 배제한 당초처분은 부당하다.
- 나. 국세청장 의견 청구법인은 1987.1.21 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOO를 본점 소재지로 하여 법인 설립등기를 함으로써 조세감면규제법 시행령 제12조의 2 제1항의 규정에 의하여 당해 법인의 창업일은 1987.1.21이고, 1987.2.21 반포세무서장으로부터 사업자등록을 받았다가 1987.3.19 본점 소재지를 충북 음성군 대소면 OO리 O OOO로 이전등기하였으며, 1987.6.8 충주세무서장에게 사업장 이전신고를 하였으므로 청구법인은 농어촌지역에서 창업한 중소기업에 해당되지 아니한다.
3. 심리 및 판단
- 가. 이 건의 쟁점은 청구법인을 농어촌지역에서 창업한 중소기업으로 볼 수 있는지의 여부를 가리는데 있다.
- 나. 관계법령 조세감면규제법 제15조[창업중소기업에 대한 조세특례] 제1항에서 『중소기업창업지원법 제25조 제1항의 규정에 해당하는 농어촌지역의 중소기업을 창업하여 영위하는 자에 대하여는 대통령령이 정하는 창업일(이하 “창업일”이라 한다)이 속하는 과세년도와 그 다음 과세년도의 개시일로부터 3년 내에 종료하는 과세년도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 내에 종료하는 과세년도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.』라고 규정하고, 같은법 시행령 제12조의 2 제1항에서 『법 제15조 제1항에서 “대통령령이 정하는 창업일”이라 함은 창업중소기업이 개인인 경우에는 부가가치세법 시행령 제7조의 규정에 의한 사업자등록증교부일을, 법인인 경우에는 법인설립등기일을 말한다』라고 규정하고 있다.
- 다. 사실관계 청구법인이 설립되어 사업을 개시한 과정을 살펴보면, 청구법인은 1987.1.21 서울특별시 OO구 OO동 OOOO을 본점 소재지로 하고, 방적사 제조업을 위해 자본금 50,000,000원으로 설립되어 1987.3.19 충청북도 음성군 대소면 OO리 O OOO로 본점 소재지를 이전하였으며, 1987.6.2 본점소재지의 공장부지를 취득등기 하여 1987.7.29 공장건축허가를 받아 1988.3.31 공장을 준공하였고, 본점소재지를 이전한 이후부터 공장준공전까지 6회의 유상증자(1987.3.21;150,000,000원, 1987.3.26;100,000,000원, 1987.3.28;200,000,000원, 1987.6.8;200,000,000원, 1987.10.30;100,000,000원, 1987.12.21;200,000,000원, 총 증자액 950,000,000원)를 하였음이 법인등기부등본, 토지등기부등본, 건축물관리대장등에 의하여 확인된다. 한편 청구법인에 대하여 충주세무서장이 발급한 부가가치세 과세표준증명원에 의하면 1987년 제1기분 부가가치세과세표준이 영(零)으로서 서울에 본점이 있었을 기간(1987.1.21～1987.3.19)중에는 영업(제조 및 판매)활동이 전혀 없었음이 확인되고, 충청북도 음성군수는 청구법인이 조세감면규제법 제84조 제2항의 규정(창업중소기업에 대한 등록세 감면)에 의한 등록세 감면 해당업체임을 확인하고 있어 지방자치단체에서는 청구법인을 창업중소기업으로 인정하고 있었음이 확인된다.
- 라. 처분청은 청구법인이 농어촌지역이 아닌 지역(서울특별시)에서 창업하였다 하여 감면규정의 적용을 배제하였으나 위의 사실관계를 종합하여보면 청구법인은 법인설립후 농어촌지역에 공장설립부지(현재의 본점 및 공장소재지임)의 매입이 확정된후 설립일(1987.1.21)로부터 불과 2개월, 부지확정일부터는 9일만인 1987.3.19 본점소재지를 농어촌지역으로 이전하였고, 본점을 이전한 이후에 총자본(1,000,000,000원)의 95%인 950,000,000원을 증자하였으며, 본점을 이전하기 이전에는 수익(제조 및 판매)활동이 없었던 점으로 보아 청구법인이 서울특별시 OO구 OO동 OOOO을 본점 소재지로 하여 설립등기를 한 것은 공장부지가 확보 안된 상태에서 공장부지매입등 실질적인 창업을 위한 준비 및 연락등을 할 수 있는 임시사무실을 설치하야 본점 소재지로 하였으며, “주식회사의 자본은 50,000,000원 이상으로 하여야 한다.”는 상법 제329조의 규정에 따라 최소자본 50,000,000원을 불입하여 설립등기를 한 것에 불과할 뿐, 실질적인 창업이라 할 수 있는 공장부지확보, 공장건물 신축, 종업원 채용, 생산활동등은 본점 소재지를 농어촌지역으로 이전한 이후에 이루어졌음을 알 수 있는 바, 청구법인의 창업은 사실상 농어촌지역에서 이루어진 것으로 봄이 타당한 것으로 판단된다. 따라서 청구법인의 창업을 농어촌 이외의 지역에서 창업한 것으로 보아 조세감면규제법 제15조 제1항에 규정한 감면을 배제한 당초처분은 부당하고 청구주장은 이유있다고 판단되어 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.