타인소유의 토지를 관광지로 개발하고 지주들로부터는 일정토지를 개발대가로 받기로 하는 약정을 체결, 사업을 시행중인 사업자가 쟁점공사(토공사)를 관련법인에게 도급을 주고 공사에 따른 공사비를 지출한 데 대하여, 처분청이 동 공사지출액을 토지의 조성등을 위한 자본적지출로 보아 매입세액을 불공제한 처분이 적법 타당한지 여부(취소)

[주 문] 예산세무서장이 94.3.16 청구법인에게 결정고지한 ’93년 제2기분 부가가치세 107,800,000원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요 충청남도 예산군 OO면 OO리 OOOOOO에 소재한 OO온천개발주식회사(이하 “청구법인”이라 한다)는 85.4.20 개업한 법인(업태: 전기가스 및 수도사업, 종목: 증기 및 온수공급)으로서 92.10.22 OO온천관광지(1차지구)조성사업 시행허가를 받아 사업시행자로서 충청남도 예산군 OO면 OO리 일원 285,082㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대한 기반조성사업(개발방식은 위 일대 토지소유자로부터 사용승낙서를 받아 청구법인이 개발하되 개발후 총 환지대상 면적의 40%는 토지소유자가 소유권을 취득하고, 나머지 60%는 개발대가로 청구법인이 소유권을 취득하는 방식임)을 하게 되었는 바, 기반조성사업 중 토공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 위하여 92.10.29 OO토건주식회사(이하 “관련법인”이라 한다)와 공사도급계약을 맺어 공사를 착공하고 공사비로 93.9.30 자 80,000,000원과 93.12.31 자 900,000,000원을 지급하면서 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 교부받아 94.1.25 부가가치세 확정신고에 환급신청을 하였다. 처분청은 OO온천관광지 조성사업의 주체가 청구법인이고 토지의 일부도 청구법인에게 귀속되므로 쟁점매입세금계산서 관련 토공사금액은 토지조성등을 위한 자본적지출에 해당되므로 매입세액 불공제된다하여 환급을 배제하고 신고불성실가산세를 더하여 94.3.16 청구법인에게 ’93년 제2기분 부가가치세 107,800,000원을 과세하였다. 청구인은 이에 불복하여 94.4.19 심사청구를 거쳐 94.6.29 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 이 건 관련법령의 규정취지는 토지가 면세재화이므로 토지조성관련매입세액은 불공제하여 토지의 취득원가로 계상해야 한다는 것을 명확히 하고자 하는데 있는 것인 바, 청구법인은 토지소유자가 아니기 때문에 자본적 지출의 대상인 토지도 없는데 매입세액을 불공제하여 자본적지출로 처리하라는 것은 논리적 모순이며, 청구법인은 관광지조성사업시행자인 바, 사업시행자로서의 청구법인은 어디까지나 토지소유자에게 『건설용역』 또는 『개발용역』을 제공하는 자로서, 청구법인에게 귀속되는 것은 개발대가 내지 공사대가로서 이러한 대가를 현금으로 받느냐 또는 토지로 받는냐에 따라 부가가치세 과세여부가 달라지는 것은 아니다. 즉, 쟁점매입공급가액은 토지에 대한 자본적지출이 아니고 개발용역수입에 대응하는 개발원가인 것이며, 결론적으로 청구법인은 개발용역을 제공하는 과세사업자이고 과세사업 관련 매입세액인 쟁점토공사 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 동법시행령 제60조 제6항에 의하면, 면세사업과 관련된 매입세액 및 토지조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액은 공제하지 아니한다고 규정하고 있으므로 쟁점공사금액이 토지의 조성을 위해 지출한 금액임이 틀림없고, OO온천관광지 조성사업의 주체는 청구법인이고, 토지의 일부도 청구법인에 귀속되므로 당해 OO온천관광지 조성사업중 토공사 관련 부분인 쟁점공사금액이 토지의 조성을 위한 자본적지출이 아니라고 할 수 없으므로 매입세액을 불공제한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 관광지개발을 위하여 타인소유의 토지를 개발한 후 지주들로부터 일정한 토지를 개발대가로 받기로 하고 쟁점공사를 관련법인에게 도급을 주고 쟁점공사에 따른 공사비를 지출한 데 대하여, 처분청이 쟁점공사지출액을 토지조성 등을 위한 자본적지출로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조(납부세액) 제1항에서 『사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액』을 규정하고 있고, 제2항 본문에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”면서 제4호에서 『제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)』고 규정하고 있으며, 동법시행령 제60조(매입세액의 범위) 제6항에서 『법 제17조 제2항 제4호에서 규정하는 매입세액에는 토지의 조성등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액을 포함한다(92.12.31 신설)』고 규정하고 있다.

(2) 한편, 관광진흥법 제25조(조성계획의 시행) 제1항에서 『조성계획을 시행하기 위한 사업(이하 “조성사업”이라 한다)은 이 법 또는 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 조성계획의 승인을 얻은 자(이하 “사업시행자”라 한다)가 행하되 한국관광공사등이 조성사업을 행하는 경우에는 미리 교통부장관의 시행허가를 받아야 한다』고 규정하면서, 제2항에서 『사업시행자가 아닌 자로서 조성사업을 행하고자 하는 자는 대통령이 정하는 바에 의하여 도지사의 허가를 받아 조성사업을 행할 수 있다. 다만, 한국관광공사 등이 조성계획의 승인을 얻은 경우에는 한국관광공사등과 협의하여 조성사업을 행할 수 있다』고 규정하고 있고, 동법시행령 제22조(조성사업의 시행허가등) 제1항에서 『법 제25조 제2항의 규정에 의하여 조성사업의 시행허가를 받거나 협의를 얻고자 하는 교통부령이 정하는 바에 의하여 각각 이를 신청하여야 한다』면서 제2항에서 『제1항의 규정에 의한 허가 또는 협의를 하고자 할 때에는 다음 각호의 사항을 검토하여야 한다.

1. 조성계획에의 저촉여부

2. 관광시설계획에 포함되지 아니한 건축 기타 시설인 경우 관광지의 자연관광 및 특성에 적합하는지의 여부』를 규정하고 있다.

• 다. 사실관계

(1) 청구법인은 전기가스 및 수도사업(종목: 증기 및 온수공급)을 목적으로 85.4.20 개업하여 92.10.22 예산군수로부터 전시한 관광진흥법 제25조 제2항 및 동법시행령 제22조의 규정에 의거, OO온천관광지 조성사업시행자로 허가받아 92.10.29 관련법인과 공사도급계약을 맺어 쟁점토지상에 쟁점공사를 착공하였으며, 위 예산군수의 시행허가 중 사업기간(당초 92.10.22～93.5.30)이 여러차례 변경(변경 92.10.22～94.8.30)되었음과 시행허가조건 제1항에서 “사업시행지구내 사유지주의 미동의 토지에 대하여는 기반조성사업 완료시까지 동의를 받고 동의서를 우리군에 제출하여야 한다”와 제2항에서 “제1항의 미동의토지에 대하여 토지소유주의 동의전까지는 미동의토지에 대한 사업시행을 보류할 것” 및 제10항에서 “관광지조성사업 시행허가사항에 대하여 변경사유가 발생한 때는 우리군과 사전협의하여 변경허가를 득하여야 한다”고 규정하고 있음이 확인된다.

(2) 청구법인은 관광진흥법 제25조 제2항에 의거한 OO온천관광지 조성사업 시행허가를 얻기 위하여 88년부터 쟁점토지상 소유권자로부터 사용승낙동의를 받기 위하여 노력해 온 점 및 위 소유권자와의 개별동의방법에 따른 일부 지주들의 지연때문에 몇차례에 걸쳐 사업기간이 변경된 점이 관련 제시자료에서 확인되며,

(3) 청구법인은 조성사업시행허가서상 면적 285,082㎡를 포함한 363,337㎡에 대하여 토지소유권자 OOO 외 64명과 사용승낙동의계약 및 환지약정서를 체결하였음이 확인되고, 위 환지약정서에 따르면 청구법인이 조성사업 시행후 환지처분시 개발대가로 토지소유자들로부터 총환지대상면적의 60％를 소유하게되고 토지소유자들은 40％를 소유하는 것으로 되어 있음이 확인된다.

(4) 청구법인의 법인등기부등본상 발기인 중에 쟁점토지일대의 소유권자는 없는 것으로 확인되어, 청구법인은 OO온천관광지 조성사업시행자로서 쟁점토지 소유권자들에게서 토지사용승낙동의를 받아 쟁점토지 일대를 개발해주고 개발후 그 대가로서 현금이 아닌 토지를 지급받는 것으로 확인되고 있다.(쟁점토지일대 등기부등본상 93.12.27 현재 소유권자가 위 토지소유자들 명의로 등재되어 있음)

• 라. 처분청이 쟁점공사 지출액을 토지의 조성 등을 위한 자본적지출로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

(1) 전시한 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 동법시행령 제60조 제6항의 관련규정 취지는 토지가 면세재화이므로 토지조성관련 매입세액은 불공제하되, 당해토지의 취득원가로 계상해야 한다는 것을 명확히 하고자 하는데 있는 것으로서 이는 토지소유자가 직접 토지조성관련 공사를 한 경우에 이에 따른 매입세액을 불공제하되, 이를 자본적지출로 보아 당해토지 취득원가로 계상하라는 뜻으로 해석되며, 토지소유자가 아닌 민간개발자가 당해토지를 개발해 주고 개발용역대가로서 토지를 받는 경우까지 포함한다고 볼 수는 없다.

(2) 위에서 살펴본 바와 같이 청구법인은 부가가치세 과세사업자로 증기 및 온수공급을 취급하는 업체로서 수년간 노력을 기울여 OO온천관광지 조성사업시행허가를 얻고, 그 결과 토지소유권자들의 사용승낙동의를 받아 쟁점공사를 관련법인에게 도급을 주어 공사진행에 따라 관련공사금액을 지급하였고, 쟁점공사후 토지소유권자들과 맺은 환지약정서에 따라 청구법인의 개발용역대가를 현금이 아닌 토지로 지급받는 것에 불과하지 쟁점토지소유자로서 토지관련공사를 한 것으로 볼 수 없으므로 쟁점매입세금계산서상 매입공급가액은 토지에 대한 자본적지출로 볼 수는 없고 개발용역수입에 대응하는 개발원가로 봄이 타당한 바, 처분청이 쟁점매입세금계산서상 매입세액을 토지조성 관련매입세액으로 보아 불공제한 처분은 부당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.