특별부가세를 면제할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 92.2.24 충청북도 진천군 진천읍 OO리 OOOOO 소재 대지 231㎡, 건물 256.52㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 양도하고 93.3.31 처분청에 특별부가세 면제신청을 하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 양도하고 법인세신고기한내에 면제신청을 하지 아니하였다 하여 93.12.16 92사업년도 법인세 (특별부가세) 110,953,900원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.2.16 심사청구를 거쳐 94.6.4 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장의견 청구법인은 93.2.9 당초 92사업년도 법인세과세표준 신고시 쟁점부동산의 양도에 대한 특별부가세 면제신청은 하지 아니하였으나 93.3.31 외부 조정계산서를 첨부하여 재신고하고 면제신청하였으므로 특별부가세를 면제하여야 한다는 주장이다. 국세청장은 청구법인은 93.1.20 92사업년도의 결산을 확정하였으므로 법인세 과세표준신고기한은 93.2.4이 되는 바, 93.2.9 92사업년도의 법인세 과세표준신고를 하였고 당기순이익 과세를 포기한 법인만이 외부조정계산서를 첨부하여 결산확정일로부터 30일 내에 신고할 수 있음에도 청구법인은 당기순이익 과세를 포기하지 아니하고 93.3.31 외부조정계산서를 첨부하여 재신고하면서 특별부가세 면제신청을 하였으므로 이는 적법한 감면신청으로 볼 수 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 공공법인이 5년이상 업무용으로 사용한 토지 등을 양도하고 법인세과세표준신고기한내에 면제신청을 하지 아니한 경우 특별부가세를 면제할 수 있는지.
• 나. 관련규정 조세감면규제법 제67조의13 제1항과 제2항, 같은법시행령 제55조의11 제4항에 5년이상 업무용으로 사용한 토지 등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 토지등의 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 면제신청을 하는 경우에만 면제한다고 규정하고 있고, 법인세법 제26조 제1항과 조세감면규제법 제9조 제2항에는 납세의무있는 내국법인은 각 사업년도의 결산을 확정한 날로부터 15일(외부조정계산서를 첨부하는 법인은 30일) 이내에 당해 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 신고하여야 한다고 규정하고 있다.
• 다. 특별부가세를 과세한 처분이 정당한지. 청구법인은 공공법인으로서 조세감면규제법 제9조 제2항에 의하여 당기순이익을 과세표준으로 하여 법인세를 과세받는 법인(같은법시행령 제5조 제7항에 의한 당기순이익 과세를 포기한 사실이 없어 외부조정계산서를 첨부하여 신고 할 수 없는 법인임)으로 결산확정일이 93.1.20이므로 과세표준및 세액(이하 “과세표준”이라 한다)의 법정신고기한은 93.2.4 이나 이를 경과한 93.2.9 쟁점부동산 양도로 발생한 소득에 대한 특별부가세 감면신청없이 과세표준을 신고하였고 93.3.31 비로소 외부조정계산서를 첨부하여 과세표준을 재신고하면서 쟁점부동산 양도에 대한 특별부가세 감면신청을 하였다. 이상에서 본 바와 같이 이 건은 법정신고기한 내에 과세표준의 신고를 하지 아니하고 그 기한을 경과하여 과세표준신고를 하면서 특별부가세 감면신청을 한 경우이므로 이 건 특별부가세 감면신청은 위 법령에서 규정한 기한을 경과하여 신청한 부적법한 감면신청이라 하겠으므로 쟁점부동산의 양도와 관련한 특별부가세를 면제하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다.
• 라. 따라서 청구주장은 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.