[주 문] OOO세무서장이 1994.7.1 청구법인에게 경정결정 고지한 1991.4.1～1992.3.31 사업년도 법인세 28,143,400원은 증자소득공제 59,133,174원을 공제하고 1994.8.16 재경정결정 고지한 1991.4.1～1992.3.31 사업년도 법인세 66,335,460원은 증자소득금액 64,800,215원을 추가로 공제하여 그 과세표준과 세액을 각 경정한다.
[이 유]
1. 사실관계 및 원처분의 개요 청구법인은 1990.4.1～1991.3.31 사업년도(이하 “1990사업년도”라 한다) 법인세 과세표준 및 세액신고시 구 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제55조의 규정에 의한 증자소득공제로 421,773,527원을 공제하고 법인세를 신고하였으나 동 사업년도에 결손이 발생하여 위 공제액에 상당하는 기업합리화 적립금 126,342,999원을 적립하지 못하였다. 그후 청구법인은 1991사업년도 법인세 과세표준 및 세액 신고시에도 위 규정에 의한 증자소득공제액 215,573,828원을 산출세액에서 공제하고 신고하면서, 적립하여야 할 기업합리화 적립금 199,638,100(1990년도분 126,342,999원, 1991년도분 73,295,101원) 중 130,000,000원만을 적립하여 그 미달액 69,638,100원은 약 2년이 지난 1994.5.17 추가로 적립하였다. 처분청은 청구법인의 1991사업년도 기업합리화 적립금 대상금액이 76,810,178원인데 20,105,279원을 과소 적립한 것으로 보아 이에 대한 증자소득공제액 59,133,174원을 공제 부인하여 1994.7.1 청구법인에게 1991사업년도 법인세 28,143,400원을 경정고지하였으나, 그후 청구법인의 1991사업년도 기업합리화 적립금 대상금액을 다시 126,342,999원으로 보고 과소 적립액 49,532,821원에 대한 증자소득공제액 64,800,215원을 공제 부인하고 다른 손금불산입금액을 포함하여 1994.8.16 청구법인에게 1991사업년도 법인세 66,335,460원을 추가로 재경정결정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1994.8.29 심사청구를 거쳐 1994.12.5 이건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인의 주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 청구법인은 1991사업년도 결산시 실무상의 착오로 적립하여야 할 기업합리화 적립금액에 미달하게 적립하였지만, 1993사업년도 결산시 이를 발견하여 처분청의 과세처분일(1994.7.1 및 1994.8.16) 이전인 1994.5.17 그 미달적립금액을 추가로 적립하였고, 또한 청구법인의 1991사업년도 이후 차기이월 이익잉여금이 매년 위 미달적립금액을 상회하여 위 미달적립금액이 배당금 등으로 사외에 유출되지 아니하고 전액 사내에 유보되어 있다. 따라서 청구법인의 경우는 기업합리화 적립금을 의무적으로 적립하도록 한 법규정 입법취지에 어긋나지 아니함에도 처분청이 공제받은 세액을 추징함은 부당하다(대법원 85누638, 1989.11.12, 대법원 93누15601, 1994.1.14 같은 뜻임).
- 나. 국세청장 의견 청구법인은 1990사업년도 결손발생으로 증자소득공제에 따른 기업합리화 적립금을 적립하지 못했지만, 1991사업년도에는 처분가능이익이 발생하였으므로 기업합리화 적립금을 즉시 적립하여야 함에도 이를 적립하지 아니하였으므로 당초처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 청구법인이 1991사업년도 이익금처분시 적립하지 못한 기업합리화 미달 적립금액(69,638,100)에 대하여 공제 받은 세액을 추징한 처분이 적법한 것인가에 그 다툼이 있다.
- 나. 관계법령 법인세법상의 『증자소득 공제』규정(제10조의3)이 1990.12.31 삭제되고, 같은 날자에 구 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제55조에 신설되면서 그 제1항에 『내국법인(영리법인에 한한다)이 법인외의자, 외국법인 또는 대통령령이 정하는 기관투자자로부터 대통령령이 정하는 기간내에 금전출자를 받아 자본을 증가하고 자본에 관한 변경등기를 한 경우에는 그 변경등기를 한날이 속하는 달의 다음달부터 36월간 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 각 사업년도의 소득금액에서 공제한다(1990.12.31 신설) 공제금액=증가된 자본금액× × 라고 규정하고 있다. 같은법 제91조(기업합리화 적립금의 적립) 제1항에서는 『......제55조......의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업년도의 이익금 처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세 상당액)에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하여야 한다』고 규정하고, 같은 조 제2항에서는 『제1항의 규정에 의하여 기업합리화 적립금을 적립하여야 할자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니한다』고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제65조(기업합리화 적립금의 적립등) 제1항에서는 『법 제91조 제2항에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음의 경우를 말한다.
1. 기업회계상 처분가능이익이 당해년도에 적립하여야 기업합리화 적립금에 미달함으로서 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하지 못한 경우
2. (생략)』규정하고, 같은조 제3항에서는 『제1항의 경우에 있어서는 그 다음 사업년도의 이익금 처분에 있어서 적립하여야 할 기업합리화 적립금에 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하여야 한다』고 규정하고 있다. 한편, 구 조세감면규제법 부칙(1990.12.31 법률 제4285호) 제1조 본문에서는 『이법은 1991년 1월 1일부터 시행한다』고 규정하고, 그 제2조(일반적 적용례)에서는 『이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세년도분부터 적용한다』고 규정하고 있으며, 그 제13조(증자소득공제에 관한 적용례) 본문에서는 『제55조의 개정규정은 이법 시행후 최초로 종료하는 사업년도분부터 적용한다』라고 규정하고 있다.
- 다. 심리 및 판단 관련법령을 모아 보면, 기업합리화 적립금을 적립하여야 할자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 각종 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니하나 당해사업년도의 처분가능이익이 당해년도에 적립하여야 할 기업합리화 적립금에 미달함으로써 그 미달한 부분에 상당하는 금액은 그 다음년도의 이익금 처분에 있어서 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하도록 하고 있다. 살피건대, 증자소득공제를 받은 법인이 기업합리화 적립금을 적립하도록 한 규정은 1990.12.31 구 조세감면규제법을 개정하면서 신설되었고, 구 조세감면규제법 부칙(1990.12.31. 법률 제4285호) 제13조에서는 증자소득공제를 규정한 구 조세감면규제법 제55조는 『기업합리화 적립금의 적립』을 규정한 구 조세감면규제법 제91조는 그 시행에 관한 별도의 적용례가 없으므로 동 부칙 제2조에 의한 일반적 적용례를 따라야 할 것으로 보이는바, 동 부칙 제2조에 의하면 『이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이법 시행후 최초로 개시하는 과세년도분부터 적용한다』라고 규정하고 있으므로 기업합리화 적립금의 규정은 청구법인의 경우에 있어서 1991사업년도(1991.4.1～1992.3.31)부터 적용된다고 할 것이다. 그러므로 1990사업년도(1990.4.1～1991.3.31)의 청구법인 기업합리화 적립금 적립 대상금액(126,342,999원)은 적립의무가 없는 것으로 판단되고, 따라서 청구법인은 1991사업년도에 기업합리화 적립금을 오히려 초과적립하였다 할 것이다. 이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.