[요지] 당해 부동산의 양도당시 고유목적사업에 직접 사용하는 부동산이 아닌 수익용재산으로서 유상으로 사실상 이전된 것인 한 부동산의 양도에 대하여는 법인세법 소정의 규정에 의한 법인세 및 특별부가세의 납세의무가 있는 것이므로 처분청이 이 건 과세한 처분은 잘못이 없음.
[요지] 당해 부동산의 양도당시 고유목적사업에 직접 사용하는 부동산이 아닌 수익용재산으로서 유상으로 사실상 이전된 것인 한 부동산의 양도에 대하여는 법인세법 소정의 규정에 의한 법인세 및 특별부가세의 납세의무가 있는 것이므로 처분청이 이 건 과세한 처분은 잘못이 없음.
[참조결정] 국심1994광5231
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 대구광역시에 소재하는 OO전문대학을 운영하는 사립학교법 제10조의 규정에 의한 학교법인으로 대구광역시 수성구 OO동 OOOOOO외 2필지 토지(이하 “쟁점1부동산”이라 한다)는 83.8.29 취득하여 91.11.13 주식회사 OO산업에게 양도하고, 같은곳 OOOOOOO 전 179㎡(이하 “쟁점2부동산”이라 한다)는 84.2.22 취득하여 91.11.25 청구외 OOO에게 양도하고, 같은곳 OOOOOOO외 1필지 전 311㎡(이하 “쟁점3부동산”이라 한다)는 83.1.20 및 83.8.19 취득하여 91.11.25 청구외 OOO에게 양도하고, 대구광역시 남구 OO동 OOOO 대지 1,150㎡ 및 주택건물 1동(이하 “쟁점4부동산”이라 한다)은 78.7.5 취득하여 91.12.14 주식회사 OO일보사에 양도하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 양도하고도 양도차익에 대한 법인세 및 법인특별부가세를 신고 납부하지 않은데 대하여 법인소득금액계산 및 특별부가세의 양도차익의 계산에 있어서 다같이 양도가액을 실지거래가액 및 감정가액으로 하고 취득가액은 양도가액을 기준으로 취득당시의 환산가액으로 하여 94.6.30자로 청구법인에게 91.3.1～92.2.28 사업년도 법인세(특별부가세 포함) 718,732,070원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.8.27 심사청구를 거쳐 94.11.24 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
(1) 쟁점부동산을 양도한 것은 청구법인의 이사회 결의를 거치지 아니한 무효의 처분이므로 원인무효의 양도에 대하여 과세한 처분청 처분은 취소되어야 한다. 쟁점부동산의 양도당시 이사장이었던 청구외 OOO과 실질적인 경영자인 청구외 OOO가 청구법인의 이사회 결의를 거친 바 없이 쟁점부동산을 양도한 것은 사립학교법 제16조 제1항에서 학교법인의 이사회 결의를 거치도록 한 규정에 위반된 무효의 처분이므로 이에 대하여 과세한 처분은 취소되어야 한다. 더욱이 쟁점2, 3, 4 부동산은 이사장과 실질 경영주가 공모하여 허위계약서로 소유권등기경료하였으나 재판에서 원인무효의 등기라고 확정판결되었으므로 이 건 취소되어야 한다.
(2) 쟁점1부동산은 공사대금의 대물변제로 양도한 것이므로 양도차익이 발생되지 않아 과세되지 않아야 한다. 청구법인의 실질경영자였던 OOO가 청구법인의 예술관 부지 정리공사 및 경복관 신축공사도중 자금의 악화로 공사대금의 일부로서 쟁점부동산의 소유권을 넘겨준 것으로 대물변제이기 때문에 양도차익은 없다 할 것이므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.
3. 심리 및 판단
(1) 학교법인 이사회의 결의없이 처분된 부동산이라고 보아 과세처분도 취소되어야 하는지 여부 및 소유권이전등기가 원인무효라고 확정판결된 경우 과세처분을 취소하여야 하는지 여부
(2) 공사대금의 대물변제로 양도한 부동산은 양도차익이 없다고 볼 수 있는지 여부 및 양도차익계산이 정당하게 되었는지 여부를 가리는 데 있다.
(1) 관련법령 사립학교법 제16조 제1항에서 “이사회는 다음 사항을 심의·결정한다”라고 하면서, 그 제1호에서 “학교법인의 예산·결산·차입금 및 재산의 취득·처분과 관리에 관한 사항”을 규정하고 있고, 같은법 제28조 제1항에서 “학교법인이 그 기본재산을 매도·증여·임대·교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때 또는 의무의 부담이나 권리의 포기를 하고자 할 때에는 감독청의 허가를 받아야 한다”라고 규정하고 있다. 또한, 법인세법 제59조의 2 제2항에서 “양도라 함은 토지등에 대한 등기에 관계없이 매도·교환·법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 토지등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다”고 규정하고 있다.
(2) 사실관계 청구법인은 쟁점1, 2, 3, 4부동산을 청구외 주식회사 OO산업, 청구법인의 설립자인 청구외 OOO 및 그의 배우자인 OOO과 그들이 운영하는 주식회사 OO일보사에게 부동산 매매계약서를 작성하고 그 대가를 수령하였으며 양도에 대한 소유권이전등기하였음은 매매계약서, 청구법인의 장부, 부동산의 등기부등본, 토지대장 및 건축물관리대장 등에 의해 확인된다. 청구법인이 운영하는 OO전문대학에 대한 교육부의 종합감사결과(감사 81080-1687, 93.11.23) 청구법인은 법인이사회를 개최하지 않고 이사회 회의록을 허위로 작성하여 필요시 이사회 의결 증빙자료로 이용해 온 사실이 적발되었고, 이에 관하여 청구외 OOO를 구속수사(사건번호 93년 형 제21647호, 제44724호)한 사실이 있음이 대구지방검찰청의 수사기록에 의하여 확인되며, 청구법인이 쟁점1부동산에 대한 소유권이전등기말소청구사건(원고:학교법인 OO학원, 피고:OO산업주식회사)은 심리일 현재 대구지방법원 94가합 12283호로 소송이 진행중에 있고, 청구법인이 쟁점2, 3, 4부동산의 양수자인 청구외 OOO, OOO, 주식회사 OO일보사를 상대로 소유권이전등기말소 청구소송(대구지방법원 94가합12498, 94.11.30 선고, 94가합12276, 84.8.25 선고)에서 소유권이전등기의 말소등기절차를 이행하라는 판결을 받은 바 있으나 심리일 현재까지 동 판결결과에 의하여 소유권이 청구법인 명의로 원상회복되지는 아니하고 있다.
(3) 청구법인은 당시 이사장이던 청구외 OOO과 실질적인 경영자인 청구외 OOO가 청구법인의 이사회 결의를 거친 바 없이 쟁점부동산을 처분한 것은 사립학교법 제16조 제1항에서 학교법인의 기본재산의 매각 등에 관한 사항은 이사회가 심의결정한다는 규정을 위반한 것이므로 당연 무효이고, 따라서 과세처분도 취소되어야 한다고 주장하고 있으나 위 사실과 관련법령을 종합하여 보면, 청구법인이 쟁점 1·2·3·4부동산을 매각하고 소유권이전등기하였고, 매매대가를 수령한 사실이 확인되고 있으므로 이러한 사실은 법인세법 제59조의 2의 규정에 의한 토지등의 양도에 해당되어 법인세 및 특별부가세의 과세대상이 되는 것으로 판단되며, 쟁점1·2·3·4부동산의 처분이 당연 무효임을 이유로 소유권이전등기 말소 청구소송을 제기한 사실이 이 건 과세처분의 취소사유는 될 수 없고, 이 건 심판청구계류중인 현재까지 이전등기되지 않고 있으므로 청구법인의 주장은 이유없는 것으로 인정된다(국심 86서303, 86.5.17 및 국심 94광5231, 95.2.11 같은 뜻).
(1) 관련법령 법인세법 제1조 제1항에서는 “국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(내국법인)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 유사한 설립목적을 가진 법인(비영리법인)에 대하여는 그 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부담한다”고 규정하면서 그 제6호에서 “고정자산(고유목적에 직접 사용하는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인한 수입”을 규정하고 있고, 88.12.26 개정된 같은법(법률 제4020호)부칙 제14조에서 “제1조 제1항 제6호의 개정규정을 적용함에 있어서 88.12.31 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 89.1.1 현재로 상속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 금액중 높은 금액으로 할 수 있다”고 규정하고 있다. 또한, 같은법 제59조의2 제1항에서는 “특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물·부동산에 관한 권리·주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다”라고 규정하고, 같은조 제3항 및 제9항에서는 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 취득가액을 공제한 금액으로 하되 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나가 분명하지 아니한 가액은 환산한 가액으로 한다고 하면서 취득가액이 분명하지 아니한 경우는 『』로 규정하고 있다.
(2) 사실관계 처분청은 쟁점 1·2·3·4 부동산의 법인소득금액계산 및 법인특별부가세의 양도차익을 계산함에 있어서 두가지 모두를 다음과 같이 양도가액은 실지거래가액 및 감정가액으로 하고 취득가액은 양도가액을 기준으로 취득시의 환산가액으로 하였음이 처분청의 법인세 과세표준금액 결정결의서에 의하여 확인된다.
① 쟁점1부동산은 83.8.29 취득하여 91.11.13 주식회사 OO산업에 331,848,000원에 양도하고 대금중 잔금 일부를 청구법인이 발주한 공사대금으로 대물변제 받았음이 부동산 매매계약서 및 주식회사 OO산업의 대표이사인 청구외 OOO의 자술서에 의해 확인되고 있고, 처분청은 양도가액은 실지거래가액 331,848,000원으로 하고 취득가액은 양도가액을 기준으로 하여 취득(83.8.29)시의 환산가액으로 결정하고,
② 쟁점2부동산은 84.2.22 취득하여 91.11.25 청구법인의 실질경영주인 청구외 OOO에게 25,000,000원에 양도한 것으로 매매계약서 작성되었으나, 처분청은 특수관계자간의 저가양도로 보아 감정법인평가가액인 75,180,000원을 양도가액으로 하고 취득가액은 양도가액을 기준으로 하여 취득시의 환산가액으로 결정하고,
③ 쟁점3부동산중 대구광역시 수성구 OO동 OOOOOOO 전 179㎡는 83.1.20 취득하여 91.11.25 청구법인의 실질 경영주인 청구외 OOO의 배우자 OOO에게 25,000,000원에 양도한 것으로 매매계약서 작성되었으나 쟁점2부동산과 같이 감정법인 평가가액인 75,180,000원을 양도가액으로 하고 취득가액은 양도가액을 기준으로 하여 취득시의 환산가액으로 결정하고, 같은곳 OOOOOO 전 132㎡는 83.8.19 취득하여 91.11.18 OOO에게 30,000,000원에 양도한 것으로 매매계약서 작성되었으나 감정법인 평가가액인 56,760,000원을 양도가액으로 하고 취득가액은 양도가액을 기준으로 하여 취득시의 환산가액으로 결정하고,
④ 쟁점4부동산 78.7.5 취득하여 91.12.14 주식회사 OO일보사에 439,760,000원에 양도하였음이 부동산 매매계약서에 의하여 확인되고 처분청은 동 실지거래가액을 양도가액으로 하고 취득가액은 양도가액을 기준으로 하여 취득시의 환산가액으로 양도차익을 결정하였다.
(3) 청구법인은 쟁점1부동산은 대물변제하였으므로 양도차익이 없다고 주장하고 있으나, 청구법인은 쟁점1부동산의 매매가액을 331,848,000원으로 확정하고 계약금 및 잔금으로 200,000,000원을 수령한 후에 잔금 131,848,000원만을 공사대금과 상계하였음이 부동산 매매계약서 및 대구지방검찰청의 93년형 제21647, 44724 수사기록 OOO(OO산업대표)의 자술서에 의하여 확인되고 있으므로 양도가액이 확정된 후 대금지불방법에서 부동산매매가액의 일부와 공사대금을 상계한 것이고, 취득가액은 장부가액이 확인되지 아니하므로 취득일(83.8.29)을 기준으로 환산하여 계산하면 양도차익이 발생하게 되어 청구주장은 이유 없다. 다만, 위의 관련법령에 의하여 보면 법인소득금액에 대한 양도차익을 계산함에 있어서는 88.12.26 개정된 법인세법부칙 제14조의 규정에서 88.12.31 이전에 취득한 부동산의 취득가액은 장부가액과 89.1.1 현재의 상속세법 제9조 제1항의 가액중 높은 가액으로 할 수 있도록 하였음에도 처분청은 취득가액을 양도가액을 기준으로 하여 취득시의 환산가액으로 계산하였으나, 청구법인의 장부가액 제시가 없고 상속세법에 의하여 평가한 가액이 처분청의 환산가액보다 낮으므로 국세기본법 제79조 제2항의 규정에 의한 불이익변경금지의 원칙에 의하여 당초 처분을 유지하는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.