[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 1966.12.24 설립되고 1990.7.1 농공단지(충청남도 아산군 영인면 OO리 OOO)에 입주한 법인으로서 1990사업년도(1.1～12.31)에 2,583,409,456원의 시설투자를 하고, 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 것, 이하같음) 제72조[임시투자세액 공제 등]에 의한 임시투자세액공제신청(공제대상 세액:189,079,350원)을 하고서 당해 사업년도 소득금액이 결손으로 납부할 세액이 없어 동 공제대상세액 189,079,350원을 이월하였다가, 1992사업년도 소득금액 2,492,798,960원에 대한 법인세 833,551,646원에서 같은법 제40조의 4[농공단지 입주기업에 대한 조세특례]의 규정에 의한 감면세액 463,125,580원과 1990사업년도에서 이월된 임시투자세액 공제액 189,079,350원중 71,290,191원을 납부할 세액에서 공제하여 법인세 과세표준신고를 하였다. 처분청은 조세감면규제법 제87조[중복지원의 배제] 제6항에서 같은법 제40조의 4의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 경우에는 같은법 제72조의 규정에 의한 세액공제를 중복하여 적용할 수 없다고 규정하고 있음에도 불구하고 청구법인의 경우 이들을 중복하여 적용하였다는 이유로 임시투자세액공제액 71,290,191원을 부인하여 1992사업년도분 법인세 83,894,290원을 경정하여 1994.6.16 청구법인에 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1994.8.12 심사청구를 거쳐 1994.10.28 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 처분청은 조세감면규제법 제40조의 4에 규정된 법인세 감면기간중에는 소득의 발생여부와 관계없이 같은법 제72조에 규정한 임시투자세액공제를 중복하여 적용할 수 없다는 이유로 이 건 법인세를 경정하였으나, 농공단지 입주공장에서 발생한 소득이 있는 경우에는 세액 감면신청을 하여 그 소득에 대한 법인세를 감면받을 수 있고, 그 공장에서 발생한 소득이 없는 년도에는 법인세 감면신청이 필요없으며 세액감면 신청을 하지 아니한 년도에는 같은법 제87조 제6항의 규정이 적용되지 아니하므로 세액감면신청을 하지 아니한 1990사업년도의 임시투자세액은 조세감면규제법 제89조의 규정에 의하여 다음 년도에 이월되어 공제되어야 한다는 주장이다.
- 나. 국세청장 의견 조세감면규제법 제87조 제6항에 규정하고 있는 “법인세가 감면되는 경우”라 함은 감면대상 기간을 말하는 것으로서 농공단지 입주기업에 대한 감면기간 중에는 그 공장에서 발생된 소득의 유무에 불구하고 농공단지 입주기업에 대한 법인세 감면과 임시투자세액공제를 중복하여 적용할 수 없으므로 당초처분은 정당하다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
- 가. 농공단지 입주기업에 대한 조세감면 기간중에는 소득이 발생되지 아니한 경우에도 임시투자세액공제 규정이 배제되는지의 여부를 가리는데 있다.
- 나. 관련법령 조세감면규제법 제40조의 4[농공단지 입주기업에 대한 조세특례] 제1항에서 “농공단지 안에서 농어촌소득원개발사업을 영위하는 내국인에 대하여는 당해 공장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 제15조 제1항의 규정을 준용하여 감면한다. 이 경우 창업일은 대통령령이 정하는 입주일로 한다”라고 규정하고 있고, 같은법 제15조[창업중소기업에 대한 조세특례] 제1항에서 『중소기업창업지원법 제25조 제1항의 규정에 해당하는 농어촌지역의 중소기업을 창업하여 영위하는 자에 대하여는 대통령령이 정하는 창업일(이하 “창업일”이라 한다)이 속하는 과세년도와 그 다음 과세년도의 개시일로부터 3년 내에 종료하는 과세년도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 전액을, 그 다음 2년내에 종료하는 과세년도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.』라고 규정하고 있으며, 같은법 제72조[임시투자세액공제등] 제1항에서는 “정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 3(대통령령이 정하는 국산기자재를 사용하여 투자를 한 경우에는 100분의 10)을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세년도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.”라고 규정하고 있고, 같은법 제87조[중복지원의 배제] 제6항에서 제40조의 4의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우에는 제72조의 규정은 이를 적용하지 아니한다라고 규정하고 있다.
- 다. 청구법인은 1990.7.1 농공단지에 입주한 법인으로서 1992사업년도의 소득금액에 대한 법인세 833,551,646원(산출세액)에서 농공단지 입주공장에서 발생한 소득금액에 대한 법인세 463,125,580원을 감면하고, 또한 1990사업년도중에 투자한 시설(기계장치) 대금에 대한 임시투자세액중 71,290,191원을 이월공제 하여 줄 것을 주장하고 있으나, 위 조세감면규제법 제87조[중복지원의 배제]는 조세공평부담의 차원에서 동일한 투자대상에 대하여 2가지 이상의 조세지원을 배제하기 위한 것으로서 만약 투자년도에 소득이 결손인 경우는 임시투자세액공제를 전액 인정하고 투자년도에 다소라도 소득이 있는 경우는 임시투자세액공제가 전면 배제된다면 이는 조세부담의 형평성에 크게 어긋난다 할 것이므로 동조에서 “법인세가 감면되는 경우”라 함은 해당 감면 관련법에서 규정하고 있는 세액감면대상기간을 의미(동지:국세청 법인 46012-1624, 1994.6.1)한다 할 것인 바, 청구법인의 경우 조세감면규제법 제40조의 4에 의한 세액감면을 적용받을 수 있는 기간중에는 동법 제72조에 의한 임시투자세액공제는 적용할 수 없다 할 것이고, 따라서 1990.7.1 농공단지에 입주하였고 사업년도 개시일이 1월1일인 청구법인에 있어서 조세감면규제법 제40조의 4의 특례규정을 적용받을 수 있는 기간은 1990.7.1～1995.12.31(1993.12.31 까지는 소득에 대한 법인세의 100%, 1995.12.31까지는 소득에 대한 법인세의 50%)이고 법인세가 감면되는 기간내에 있는 1992사업년도 소득금액에 대한 법인세에 대하여 세액감면(조세감면규제법 제40조의 4에 의한 감면)과 세액공제(조세감면규제법 제72조에 의한 공제)를 중복 적용하여야 한다는 청구주장은 이유없고 임시투자세액공제를 부인하여 법인세를 경정한 당초처분은 정당하다고 판단되어 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.