[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인이 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO 소재 대지 531.5㎡ 및 위 지상건물 2,266.16㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 청구외 OOO에게 양도하고 청구법인의 89.2.1～90.1.31 사업년도분 법인세과세표준신고시 쟁점부동산의 양도가액을 1,673,280,000원으로 신고한 데 대하여, 처분청은 쟁점부동산의 양도가액을 청구법인이 관할구청에 제출한 토지등거래 계약신고서상의 계약예정금액인 2,350,000,000원으로 결정하여 94.7.1 청구법인에게 89.2.1～90.1.31 사업년도분 법인세 679,604,640원 및 동 방위세 111,658,810원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.7.28 심사청구를 거쳐 94.10.18 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장의견
- 가. 청구주장 청구법인이 쟁점부동산 및 이에 설치된 비품 등을 1,680,000,000원에 청구외 OOO에게 양도하고 그 대금을 90.1.18 계약금으로 160,000,000원, 90.1.23 중도금으로 520,000,000원, 90.1.31 잔금으로 1,000,000,000원을 수령하여 청구외 OO투자금융주식회사의 청구법인의 CMA계좌에 입금되었음이 그 입금확인서에 의하여 확인되고 있으며, 쟁점부동산 중 건물과 그 부속설비 및 비품의 대금에 대해서는 90.1.31자로 세금계산서를 발행한 사실이 있고, 쟁점부동산의 양도에 따른 법인세와 특별부가세를 그 신고기한내에 신고한 사실이 있으며, 처분청이 쟁점부동산의 양도와 관련하여 그 매입자 등에 대하여 수차례 조사한 결과 그 실지양도가액이 비품대금 6,720,000원을 제외하면 1,673,280,000원으로 확인되었으나, 이를 인정하지 아니하고 청구법인이 국토이용관리법 제21조의3의 규정에 의하여 강남구청에 신고한 토지등거래계약신고서상의 매매예정가액인 2,350,000,000원을 실지양도가액으로 결정한 것은 부당한 처분이며, 강남구청에 신고된 토지등거래계약 신고서상의 매매예정가액은 단순히 국토이용관리법상의 토지거래신고나 허가절차를 위하여 부동산매매계약을 체결하기 전에 부동산거래가액의 최고한도에 가까운 매매예정가액을 신고한 것으로서 실제 매매계약시 이를 초과하지 아니하고 감액하여 결정하는 경우에는 그 변경허가 등을 받지 않는 법적구속력이 없는 가액임에도 불구하고 처분청이 이를 실지거래가액으로 보아 양도가액으로 결정함에 따라 청구법인이 신고한 쟁점부동산의 양도가액과의 차액에 대하여 익금가산하고 상여처분하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하며, 설사, 청구법인이 제시한 매매계약서, 거래확인서 및 금융자료등에 의한 쟁점부동산의 매매가액을 처분청이 실지양도가액으로 인정할 수 없다면, 쟁점부동산의 양도가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의하여 법인세 등을 과세함이 타당하다.
- 나. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점부동산의 매매계약서 및 매수자(OOO)의 거래사실확인서(인감증명 첨부)등을 제시하면서 쟁점부동산의 실지양도가액이 1,673,280,000원이라고 주장하나, ① 청구법인이 쟁점부동산의 양도당시인 90.1.16자로 강남구청에 신고한 토지등 거래계약신고서상에는 그 양도가액이 2,350,000,000원으로 기재되어 있고, ② 90.1.1을 기준으로 한 개별공시지가가 4,030,000,000원인 점, ③ 청구인이 제시한 매매계약서, 거래상대방의 거래확인서, 매매대금의 입금거래통장사본 등의 서류는 동 입금액이 매수자로부터 양도대금으로 수령하였는지의 여부가 불분명하여 금융자료에 의하여 매매가액이 확인되는 경우에 해당하지 아니하므로 실지거래가액으로 보기 어려운 점, ④ 토지거래허가 등의 금액은 매도자가 허가를 득하기 위해 거래금액을 허가금액에 맞추어 작성한 신고서상의 금액으로서 이는 통상적으로 실지거래금액보다 적은 금액으로 신고되어 허가되는 점 등을 종합해 볼 때, 청구법인이 신고한 양도가액 1,673,280,000원은 실지거래가액으로 인정할 객관적 타당성이 없다고 할 것이므로 처분청이 토지등거래계약신고서상의 기재금액을 실지양도가액으로 보아 법인세 등을 과세한 처분은 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 이 건의 다툼은 쟁점부동산에 대한 토지등거래계약신고서상의 계약예정금액을 실지양도가액으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
- 나. 관련법령 법인세법 제59조의2의 규정에 의하면 특별부가세의 과세표준은 토지 등의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 하며, 그 양도차익은 양도가액에서 취득가액 등을 공제한 금액으로 하되, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도 및 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 있다. 그리고 법인세법시행령 제94조의2의 규정에 의하면 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타소득·기타사외유출로 하며, 그 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보도록 규정하고 있다. 한편, 국토이용관리법 제21조의7의 규정에 의하면 건설부장관은 토지의 투기적인 거래가 성행할 우려가 있고 지가가 급격히 상승할 우려가 있는 구역을 5년이내의 기간을 정하여 토지거래계약의 신고구역(이하 “토지거래신고구역”이라 한다)으로 지정할 수 있으며, 토지거래신고구역으로 지정된 구역안에 있는 토지에 대한 소유권·지상권으로서 토지거래계약을 체결하고자 하는 당사자는 공동으로 계약내용과 그 토지의 이용계획 등을 시장·군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점부동산의 실지취득가액이 979,112,803원이며 그 양도비용이 11,055,577원인 사실과 청구법인의 쟁점부동산의 양도시기가 90.1.31인 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. 청구법인은 쟁점부동산 등을 청구외 OOO에게 양도함에 있어서 쟁점부동산 중 토지의 양도가액을 1,500,000,000원, 건물의 양도가액을 160,000,000원, 건물부속설비 및 비품의 양도가액을 20,000,000원으로 하여 양도한 것으로서 비품의 양도가액 6,720,000원을 제외한 1,673,280,000원이 쟁점부동산의 실지양도가액이라고 주장하면서 쟁점부동산의 양도에 관한 계약서와 매수인인 청구외 OOO의 거래사실확인서등을 제시하고 있으나 그 양도계약서 및 거래사실확인서상의 계약일자와 부동산등기법 제40조 제2항의 규정에 의하여 검인받은 매매계약서상의 계약일자가 상이한 점 등으로 보아 신빙성이 없으며, 또한 청구법인은 쟁점부동산의 양도대금을 수령하여 청구외 OO투자금융주식회사에 1,680,000,000원을 입금한 것으로 주장하면서 입금확인서를 제시하고 있으나 쟁점부동산에 대한 양도대금의 전액이 청구외 OO투자금융주식회사에 입금된 것인지의 여부는 확인되지 아니하고 있으므로 위 입금확인서를 쟁점부동산의 양도가액에 대한 객관적인 입증자료로 보기도 어렵다.
(2) 그리고 청구법인이 신고한 쟁점부동산의 양도가액은 1,673,280,000원이나, 청구법인의 국토이용관리법 제21조의7의 규정에 의한 토지등거래계약신고에 따라 강남구청장이 산출한 쟁점부동산의 적정가격이 3,792,531,000원으로 확인되는 점, 쟁점부동산 중 토지의 90.1.1 기준 개별공시지가금액이 3,773,650,000원이고 건물의 90.1.31 현재 기준시가가 257,250,972원으로 쟁점부동산에 대한 양도당시의 기준시가가 4,030,900,972원인 점등으로 볼 때, 청구법인이 주장하는 쟁점부동산의 실지양도가액 1,673,280,000원과는 현저한 차이가 있어 그 신빙성이 없는 것으로 인정되므로, 처분청이 청구법인 및 청구외 OOO가 쟁점부동산의 매매계약을 위하여 90.1.16 강남구청에 제출한 토지등거래계약신고서상 계약예정금액인 2,350,000,000원을 쟁점부동산의 실지양도가액으로 보아 청구법인에게 이 건 법인세 등을 과세한 처분은 타당한 것으로 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.