공유수면매립법에 의하여 매립.취득한 토지의 양도에 따른 양도소득세감면율 적용의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 77.1.1 이전에 공유수면매립법에 의하여 매립·취득한 인천직할시 서구 OO동 OOOOOOOO외 2필지 대지 231,087㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 90.8.8 양도하고서 자산양도차익신고시에 양도소득세를 비과세된다고 보아 방위세만 신고하였다. 처분청은 쟁점토지 양도에 대하여 (구)조세감면규제법 제59조 제10호(89.12.30 신설) 및 동 부칙(89.12.30 법률 제4165호) 제5조 제1항에 의거 기준시가에 의하여 산출된 양도소득세의 50%에 해당하는 분만 감면하여 94.4.19 청구인에게 ’90년도분 양도소득세 450,902,490원을 과세하였다. 청구인은 이에 불복하여 94.6.18 이의신청, 94.8.16 심사청구를 거쳐 94.9.30 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 소득세법 제5조 제6호 (카)목은 당초 공유수면매립사업을 지원하기 위해 82.12.31 신설하여 비과세하다가 그 개발이익이 상대적으로 증가하자 타소득과의 형평을 고려하여 88.12.26(법률 제4019호)에 동법 제6조 제2항 제4호의 50% 감면규정으로 개정하였고, 동 개정규정에 대한 경과규정으로 부칙 제4조 제2항에서 “동 개정규정은 이법 시행후 최초로 공유수면매립법에 의하여 매립의 면허를 받은 자가 취득하는 토지를 양도하는 분부터 적용한다”고 함으로써, 이 법 시행전(89.1.1 이전)매립·취득한 토지는 종전의 규정에 의거 비과세되다가 89.12.30 조세감면의 적정과 관리를 효율적으로 하고자 법률 제4165호로 소득세법 규정을 삭제하고 (구)조세감면규제법 제59조 제10호의 50% 감면규정을 신설하고 있으므로 89.1.1 이전 매립·취득한 토지를 양도하는 경우에 양도소득세가 비과세되어야 타당하다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점토지 양도당시 시행한 (구)조세감면규제법 제59조 제10호 및 동 부칙 제5조 제1항에 의거 “공유수면매립법의 규정에 의하여 공유수면을 매립한 자가 취득한 매립지를 90.1.1 이후 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 취득시기에 상관없이 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액만을 감면”하도록 규정하고 있어 90.8.8 양도한 쟁점토지에 대하여 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액만을 감면하여 결정한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 공유수면매립법에 의하여 매립·취득한 쟁점토지의 양도에 따른 양도소득세 감면율 적용의 당부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법 제5조(비과세소득) 제6호 양도소득 (카)목에서 “공유수면매립법 제14조의 규정에 의하여 소유권을 취득한 자가 그 취득한 매립지를 양도함으로써 발생하는 소득(신설 82.12.21)”은 비과세하도록 규정하였다가 88.12.26 자로 (카)목이 삭제되면서 동법 제6조(세액의 감면) 제2항 본문에서 “양도소득금액에 다음 각호의 소득이 있는 때에는 제1항의 규정을 준용하여 계산한 소득세를 면제한다. 다만, 제4호의 소득에 대하여는 그 세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 면제한다(단서 신설 88.12.26)”면서 제4호에서 『공유수면매립법의 규정에 의하여 소유권을 취득한 자가 그 취득한 매립지를 양도함으로 인하여 발생하는 소득(신설 88.12.26)』을 규정하였다가 위 제2항은 89.12.30 조세감면규제법 부칙에 의거 삭제되었는 바, 소득세법 부칙(88.12.26 법률 제4019호)제4조 제2항에서 『제5조 제6호 (카)목 및 제6조 제2항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공유수면매립법에 의하여 매립의 면허를 받은 자가 취득하는 토지를 양도하는 분부터 적용한다』고 규정하고 있고,

(2) (구)조세감면규제법 제59조(개발사업시행자에 대한 양도소득세등 감면) 본문에서 “다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다(개정 89.12.30)”면서, 제10호에서 『공유수면매립법의 규정에 의하여 공유수면을 매립한 자가 그 취득한 매립지를 양도함으로써 발생하는 소득(신설 89.12.30)』을 규정하고 있고, 동 부칙(1989.12.30 법률 제4165호) 제1조(시행일)에서 『이 법은 1990년 1월 1일부터 시행한다』면서, 제5조(양도소득세등 면제에 관한 적용례) 제1항에서 “제59조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 것부터 적용한다”고 규정하고, 제3항에서 『이 법 시행당시 종전의 소득세법·법인세법 또는 이 법의 규정에 의하여 부과(환급·추징 또는 징수를 포함한다)하였거나 부과할 양도소득세 또는 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다』고 규정하고 있다.

• 다. 쟁점토지 양도에 따른 양도소득세 감면율 적용의 당부 전시한 관련 법규정을 검토하면, 88.12.26 개정된 소득세법 등의 부칙(1988.12.26 법률 제4019호)규정은 개정규정의 적용관계를 규정하는 형식을 취하고 있으나, 이들 개정법률 시행전에 이미 매립면허를 받아 공유수면을 매립한 자가 취득한 매립지를 양도하는 경우에는 종전과 같이 비과세대상으로 한다는 취지의 규정이라 할 수 있는 바, 이는 소득세법등의 개정으로 조세감면을 축소하면서 개정내용을 일률적으로 시행하는 경우 비과세대상으로 예상하고 매립을 행하던 자(개정전에 매립면허를 받은 자)에 대한 충격을 완화하기 위하여 정책적으로 배려를 한 예외규정이라 할 것이고, (구)조세감면규제법 제59조 제10호(89.12.30 신설)에서는 동 부칙(1989.12.30 법률 제4165호)제5조 제1항에서 동법시행일 이후에 최초로 양도하는 것부터 적용하도록 하는 외에 나아가 종전의 소득세법등과의 관계에 있어서 동법부칙 제5조 제3항에서는 종전의 소득세법등의 규정에 의하여 부과(감면)하였거나 부과(감면)할 양도소득세는 종전의 소득세법등의 규정에 의하도록 규정하였는 바, 이는 (구)조세감면규제법 제59조 제10호(89.12.30 신설)시행전에 양도가 이루어진 것에 대하여는 종전의 소득세법등을 적용하고 동법시행이후에 양도가 이루어진 것에 대하여는 취득시기 여부에 관계없이 (구)조세감면규제법 제59조 제10호(89.12.30 신설)의 규정을 적용한다는 뜻을 명백히 한 것이라 할 것(재무부 재산22601-889, 91.7.1 같은 뜻임)이므로 처분청이 90.8.8 양도한 쟁점토지에 대하여 (구)조세감면규제법 제59조 제10호(89.12.30 신설) 규정을 적용하여 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액만을 감면하여 결정한 처분은 정당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.