수년간 부가가치세 면세분으로 신고한 컴퓨터프로그램 매출액이 재화의 공급에 해당되는 것으로 보아 부가가치세를 과세하는 것이 소급과세금지원칙에 위배되는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 서울특별시 종로구 OO O가 OOOOO에서 OO연구사라는 상호로 한의원·한약방의 고객관리·차트관리 및 한방에 관한 임상·처방등의 지원을 위한 컴퓨터 프로그램(이하 “쟁점프로그램”이라 한다)을 개발하여 컴퓨터와 함께 판매하거나 컴퓨터가 설치되어 있는 고객에게는 프로그램만을 판매하는 일반과세 사업자로서, 위 컴퓨터 프로그램 매출액에 대하여는 부가가치세를 면세분으로 신고하여 왔다. 처분청은 쟁점프로그램 매출을 부가가치세가 과세되는 재화의 공급으로 보아 ’94.4.18 청구인에게 ’90년 1기부터 ’93년 2기분까지 8개 과세기간의 부가가치세 56,944,670원(’90년 1기분 2,057,000원, ’90년 2기분 3,516,000원, ’91년 1기분 4,305,000원, ’91년 2기분 4,293,100원, ’92년 1기분 3,983,300원, ’92년 2기분 9,514,700원, ’93년 1기분 14,141,150원, ’93년 2기분 15,134,420원)을 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 ’94.6.17 심사청구를 거쳐 ’94.9.24 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점 프로그램을 복제·제작·배포할 수 있는 프로그램 저작권을 양도한 것이 아니라 청구인이 개발한 프로그램을 고객으로 하여금 사용하도록 하고 그에 대한 대가를 받은 것이므로 이는 재화의 공급에 해당되지 아니하고 산업상·상업상 또는 과학상의 지식·경험 또는 숙련에 관한 정보를 제공하는 용역의 공급에 해당되는 바, 위와같은 정보의 제공을 부가가치세 과세대상 용역으로 본다고 규정한 부가가치세법 시행령 제18조 제3항 규정이 시행되기전인 ’92.1.1 이전에 공급한 프로그램 사용대가에 대하여 부가가치세를 과세하는 것은 국세기본법상 소급과세 금지원칙에 위배되고,

(2) 청구인은 ’89년 8월 사업자등록시 쟁점프로그램 매출은 부가가치세가 면제된다고 하는 처분청 담당세무공무원의 납세지도에 따라 ’90년부터 ’93년까지 16회에 걸친 부가가치세 신고와 3회의 소득세 확정신고를 하면서 쟁점프로그램 매출액을 부가가치세 면제분으로 신고하였음에도 과세관청으로부터 청구인의 위 부가가치세 신고내용이 잘못되었다는 지적을 한번도 받지 아니하였으므로, 이는 쟁점프로그램 매출액에 대하여 부가가치세가 면세된다는 과세관청의 공적인 견해표명이 있었다고 보아야 할 것이고, 과세관청의 견해를 신뢰할 수밖에 없었던 청구인에게 이건 부가가치세를 과세하는 것은 소비자가 부담하여야 될 부가가치세와 부담하지 않아도 될 가산세까지를 청구인이 부담하게 되므로 국세기본법상의 신의성실 원칙에 위배되는 부당한 처분이라는 주장이다.

• 나. 국세청장 의견

(1) 청구인은 주요부분이 이미 개발된 프로그램을 상품화하여 판매하는 것으로 이는 부가가치세법시행령 제1조 제2항에서 규정하고 있는 재화의 공급에 해당되고, 또한 청구인이 프로그램이용 고객으로부터 사용료를 계속적으로 받는 것이 아니므로 부가가치세법시행령 제18조 제3항(’91.12.31 신설)에서 규정한 『산업상·상업상 또는 과학상의 지식·경험 또는 숙련에 관한 정보를 제공하는 것』에도 해당되지 아니하므로 이건 과세처분은 소급과세에 해당되지 아니하고,

(2) 쟁점프로그램 매출액을 부가가치세 면세분으로 신고한 것은 청구인의 자진신고일 뿐이고, 과세관청이 쟁점프로그램 매출액에 대하여 부가가치세가 면제된다고 하는 공적인 견해를 표명한 사실이 없으므로 이건 과세처분은 신의성실 원칙에 위배되지 않는다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이건 심판청구는 청구인이 수년간 부가가치세 면세분으로 신고한 쟁점프로그램 매출액에 대하여 부가가치세를 과세하는 것이 국세기본법에서 정한 소급과세금지원칙에 위배되는지(쟁점①), 신의성실원칙에 위배되는지(쟁점②)를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제1조 제1항에서 『부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입』이라고 규정하고 같은조 제2항에서 『재화라 함은 재산적가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다』고 규정하고 있다. 한편 국세기본법 제15조에서 『납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다』고 규정하고 있으며, 같은법 제18조 제2항에서 『국세를 납부할 의무가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다』고 규정하고, 같은조 제3항에서 『세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.』고 규정하고 있다.

• 다. 쟁점①에 대하여 청구인은 청구인이 쟁점프로그램을 공급하는 것이 산업상·상업상 또는 과학상의 지식·경험 또는 숙련에 관한 정보(통칭 노우하우라 함)를 제공하는 용역의 공급에 해당되는 것으로 전제한 다음 ’91.12.31 이전에 공급한 쟁점프로그램에 대하여 부가가치세를 과세하는 것은 소급과세에 해당된다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴보면, 청구인이 쟁점프로그램을 공급하는 것은 특정고객의 주문에 의하여 컴퓨터 프로그램을 개발하여 제공하는 것이 아니라 판매목적으로 프로그램을 개발하고 이를 상품화한 다음 대가를 받고 고객에 판매하는 것으로 확인되고, 쟁점프로그램은 한의원·한약방에서 컴퓨터에 내장하여 한방에 관한 정보를 효과적으로 이용할 수 있도록 지원하는 한방용 프로그램으로서 이미 공개되어 있는 한방에 관한 정보를 집합·정리하는 것이지 공개되지 아니한 노우하우를 제공하는 것으로 보여지지 아니하고, 또한 불특정 다수인이 대가를 지급하면 취득하여 사용할 수 있는 것이어서 상품화된 프로그램으로 판단된다. 이러한 사실에 비추어 볼 때, 청구인이 쟁점프로그램을 대가를 받고 공급하는 것은 범용성 프로그램의 판매, 즉 부가가치세 과세대상인 재화의 공급으로 판단되는 바, 쟁점프로그램을 공급하는 것이 산업상·상업상 또는 과학상의 지식·경험 또는 숙련에 관한 정보를 제공하는 용역의 공급에 해당됨을 전제로 이건 과세처분이 소급과세에 해당된다고 하는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 할 것이다.
• 라. 쟁점②에 대하여 일반적으로 조세법률 관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의·성실원칙이 적용되기 위하여는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 또한 국세기본법 제18조 제3항에서 규정하는 비과세 관행이 성립하려면 단순한 과세누락과는 달리 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재하여야 할 뿐만 아니라 과세관청이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 할 것이다. 그러나 청구인이 쟁점프로그램 매출액에 대하여 부가가치세가 면제되는 것을 전제로 수년간 거래상대방으로부터 부가가치세를 징수하지 아니하고 처분청에 면세수입으로 신고하여 왔는데도 처분청에서 별다른 지적이 없었다는 사실만으로는 처분청이 쟁점프로그램 공급이 부가가치세가 면제된다고 하는 공적인 견해를 표명한 것으로 볼 수는 없다고 할 것(대법 90누0847 ’91.5.28 같은 뜻임)이고, 또한 청구인이 처분청의 담당세무공무원으로부터 쟁점프로그램의 공급이 부가가치세가 면제된다고 하는 납세지도를 받았다고 하는 주장은 그 사실이 객관적으로 확인되지 아니하므로 과세관청의 공적인 견해표명이 있었음을 전제로 이건 과세처분이 신의성실 원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 할 것이다.
• 마. 따라서 이건 심판청구는 청구주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.