신축중인 법인사옥의 건설비관련 공통매입세액을 예정공급가액의 비율로 안분계산하여 부가가치세를 경정한 과세처분의 당부(경정)

[참조결정] 국심1994경3263

[주 문] 도세무서장이 94.4.29 청구법인에게 한 ’93년 제1기분 수정신고에 OO 거부처분과 94.7.26 청구법인에게 경정한 ’93년 제2기 부가가치세 196,090,880원은 청구법인이 신축한 서울특별시 OOO구 OOO동 OOOOOO 소재 건물 20,895.9평 및 같은구 OOO동 OO OOOOOO 소재 건물 1,534.4평의 신축관련 매입세액을 위 건물의 총예정사용면적에 OO 예정임대사용면적이 차지하는 비율을 곱하여 산출된 매입세액을 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 하여 이를 경정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 금융보험업을 영위하는 법인으로서 서울특별시 OOO구 OOO동 OOOOOO 소재 대지 2,290평 지상에 청구법인의 사옥건물(지상 23층, 지하 5층, 연면적 20,895.9평)과 서울특별시 OOO구 OOO동 OO OOOOOO 소재 대지 211.4평 지상에 지점 사옥건물(지상 8층, 지하 4층, 연면적 1,534.4평)을 신축하여 그 일부는 청구법인의 업무용(면세사업용)으로 사용하고 나머지는 임대사업용 (과세사업용)으로 사용하기로 하고 위 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)의 신축기간 중인 ’93년 제1기 부가가치세 확정신고 및 ’93년 제2기 부가가치세 예정신고분에 OO 수정신고시(94.1.25)에 쟁점건물의 신축에 따른 부가가치세 매입세액(이하 “쟁점 매입세액”이라 한다)을 쟁점건물의 예정사용면적비율에 의하여 면세사업부분과 과세사업부분을 구분계산하여 공제받을 매입세액(과세사업 해당매입세액)을 각각 444,022,090원 및 287,901,664원으로 신고하고, 또한 ’93년 제2기 부가가치세 확정신고시에 같은 방법으로 계산하여 공제받을 매입세액을 224,411,366원으로 신고하였다. 처분청은 위 신고내용에 대하여 위 수정신고(’93년 제1기확정 및 ’93년 제2기예정분)가 적법한 수정신고가 아니라고 하여 신고한 매입세액을 인정하지 아니하고, 그 내용을 94.4.29 청구법인에게 통지하였으며, ’93년 제2기 확정신고분에 OO 위 매입세액 224,411,366원은 신고한 내용대로 공제받을 매입세액으로 인정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.5.20 심사청구를 제기하였고, 국세청장은 심사청구에 대하여 위 수정신고는 적법한 수정신고라 하여 “부가가치세법시행령 제61조 제1항 및 제4항에서 규정하는 방법으로 공통매입세액을 안분계산하여 경정한다”는 결정을 하였고 이 결정에 의하여 처분청은 94.7.26 아래와 같이 경정하였다. (단위:원) 구 분 고지(환급)세액 쟁점매입세액중 공제받을 매입세액 비 고 ’93년 제1기 확정 ’93년 제2기 예정 ’93년 제2기 확정 △26,720,097 196,090,885 26,720,097 40,219,792 5,927,133 청구법인은 위 경정내용에 대하여 불복하여 94.8.13 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에 의하면 면세사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제가 불가능한 매입세액으로 규정하고 있고, 같은법 시행령 제61조에서는 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산방법을 규정하고 있는 바, 위 시행령 제61조의 취지는 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 그 사업에 제공한 재화·용역의 용도가 각사업별로 구분이 가능하고 그 재화·용역의 매입에 관련된 부가가치세 매입세액을 과세사업과 면세사업별로 구분할 수 있는 경우에는 그 실지귀속에 따라 매입세액을 구분하되, 실지귀속이 불분명한 경우에만 위 시행령 제61조 제1항 후단 및 제4항의 기준에 따라 안분계산 한다는 것이므로, 쟁점건물은 면세사업과 과세사업에 구분되어 독립적으로 사용하고 있을 뿐만 아니라 각 용도가 건물의 층별, 면적별로 분명히 구분되어 있어 쟁점건물의 신축에 관련된 매입세액도 각 용도별로 실지귀속을 구분할 수 있는 경우에 해당하므로 그 예정사용 면적비율에 의하여 공제가능한 매입세액을 계산하여야 하는데도 처분청은 쟁점매입세액을 면세사업과 과세사업의 실지귀속이 불분명한 것으로 보아 예정공급가액에 의하여 안분계산한 것은 부당하다고 주장한다.
• 나. 국세청장 의견 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에서 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 그 매입세액이 과세사업과 면세사업에 공통으로 관련되어 실지귀속을 알 수 없는 때에는 동 매입세액은 그 공급가액의 비율에 의하여 안분계산 하도록 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서는 당해과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에는 면세사업에 관련된 매입가액의 비율, 예정공급가액의 비율, 예정사용면적비율의 순으로 안분계산하도록 규정하고 있으므로 면세사업에 관련된 매입가액이 불분명한 이 건 예정공급가액의 비율에 의하여 부가가치세를 경정한 것은 정당하다는 의견을 제시하고 있다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건은 쟁점매입세액 중 과세사업과 관련된 매입세액을 예정공급가액의 비율로 안분계산하여 부가가치세를 경정한 것이 정당한지 여부를 가리는데 그 쟁점이 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 제2항 본문에서는 『다음각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다』고 규정하고 있고, 제4호에서는 『제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)』이라고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제61조 제1항에서는 『과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 OO 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 ×』이라고 규정하고 있다. 또한 같은법 시행령 제61조 제4항에서는 『제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해과세기간에 있어서 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.(92.12.31 개정)

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 OO 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 OO 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 OO 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율』 또한 같은 법 시행령 제61조의2에서는 위 시행령 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산하는 경우에는 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 때에는 확정되는 과세기간에 정산하도록 규정하고 있다.

• 다. 쟁점매입세액을 예정공급가액 비율에 의하여 안분계산하여 공제가능한 매입세액을 산출한 처분의 당부

(1) 사실관계 ㉮ 쟁점건물은 90.3.2(OOO사옥) 및 91.11.13(OOO 지점) 착공하여 94.6.7 준공되었으며 청구법인이 이 건 부가가치세 신고시에 쟁점건물 신축관련 매입세액을 예정사용면적비율에 의하여 안분계산한 내용은 다음과 같다.

○ 쟁점건물의 예정사용면적 신고내용 및 준공후 실제임대면적 구 분 총면적(평) 신고임대사용면적(평) 실제임대사용면적(평) 본 점 OOO 20,895.90 1,525.40 6,753.40(32.3%) 735.69(47.9%) 6,753.40(32.3%) 748.38(48.7%) 합 계 22,431.30 7,489.09(33.4%) 7,501.78(33.4%)

○ 예정사용면적비율에 의한 과세사업(임대)관련 매입세액 신고내용 (단위: 원) 기 분 쟁 점 매 입 세 액 과세사업관련매입세액 ’93년 1기 확정 ’93년 2기 예정 ’93년 2기 확정 1,349,610,365 843,427,728 692,881,637 444,022,090 287,901,664 224,411,366 합 계 2,885,919,730 956,335,120 ㉯ 한편 처분청이 쟁점매입세액을 예정공급가액 비율에 의하여 안분계산한 내용은 다음과 같다. (단위: 원) 기 분 쟁 점 매 입 세 액 과세사업관련매입세액 ’93년 1기 확정 ’93년 2기 예정 ’93년 2기 확정 1,349,610,365 843,427,728 692,881,637 26,720,097 40,219,792 5,927,133 합 계 2,885,919,730 72,867,022

(2) 적용 및 판단 ㉮ 위 관련법령에서와 본 바와 같이 92.12.31 자로 개정된 부가가치세법 시행령 제61조 제4항은 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나, 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간의 안분계산은 첫째, 매입가액비율 둘째, 예정공급가액비율 셋째, 예정사용면적비율로 순차적으로 하도록 규정하고 있으나, ㉯ 위 시행령 제61조 제4항의 조문규정은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 과세 및 면세사업에 관련된 매입세액으로 구분 계산할 수 있는 합리적인 기준이 없는 부득이 한 경우로 해석하여야 할 것이며, 위 시행령 제61조 제1항 본문 규정에서 “과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 함”을 원칙적으로 규정하고 있으므로, ㉰ 건축물신축관련 매입세액에 있어서 면세사업에 사용하는 자가사용면적과 과세에 사용하는 임대면적이 구분되는 경우 그 사용면적은 실지귀속분을 찾을 수 있는 가장 적합한 판단기준으로 볼 수 있으므로 건축물신축에 관련된 매입세액을 자가사용과 임대사용분을 그 사용면적 비율에 의하여 구분하는 것은 실지귀속이 확인되는 경우로 보아야 할 것(국심 94구934, 94.5.16, 94서374, 94.9.16 등 동지임)이며, ㉱ 건축물신축관련 매입세액을 위 시행령 제61조 제4항 제2호의 규정에 의하여 안분할 경우 매입세액과 예정공급가액간에는 비례적인 상관관계가 없는 불합리한 계산방법일 뿐만 아니라 실지귀속을 구분할 수 있는 이 건의 경우에 이 방법을 적용하는 것은 부당하다고 판단되므로, ㉲ 청구법인은 쟁점건물을 신축하여 위 사실관계에서 본 바와 같이 그 일부를 과세사업인 임대용으로 사용하고 있으며, 또한 그 사용면적이 자가사용 면적과 구분되고 있으므로 청구법인이 신고한 ’93년 제1기 확정신고, ’93년 제2기 예정신고 및 확정신고분 부가가치세에 OO 쟁점매입세액을 면세사업에 사용할 건물면적과 과세사업(임대)에 사용할 건물면적 비율에 의하여 과세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 함에도, 처분청이 쟁점매입세액을 실지귀속이 불분명한 매입세액이라고 전제하여 총예정공급가액에 OO 과세사업의 예정공급가액 비율로 안분계산한 것은 위 관련법령을 오해한 것으로 판단된다(국심 94경3263, 94.12.16 합동회의 동지임). 이 건 심판청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.