[참조결정] 국심1992서0573
[주 문] 강남세무서장이 94.3.18 청구법인에게 결정통지한 93년 2기분부가가치세 환급세액 16,252,494,950원은 원유비축기지건설과관련된 부가가치세 매입세액 3,048,300,812원을 매출세액에서추가로 공제하여 과세표준과 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 원처분개요 청구법인은 석유자원의 개발, 비축, 유통구조의 개선에 관한 사업을 효율적으로 수행함으로써 석유수급의 안정을 도모함과 아울러 국민경제 발전에 이바지하게 함을 목적으로 78.12.5 법률 제3132호로 설립된 법인으로서, 93년2기 부가가치세 확정신고시 원유비축기지 건설과 관련하여 공급가액 30,483,008,478원에 대한 매입세액으로 3,048,300,812원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 공제하여 19,605,625,OO9원의 환급세액이 발생한 것으로 신고하였다. 처분청은 석유사업기금으로 건설한 원유비축기지는 국가가 취득한 고정자산에 해당하여 사업과 직접관련 없다는 이유로 94.3.18 청구법인에게 쟁점세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 93년 2기분 부가가치세 16,252,494,950원만 환급결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.4.8 이의신청과 94.5.21 심사청구를 거쳐 94.7.29 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인주장 및 국세청장의견
- 가. 청구법인주장 93년 2기 부가가치세 확정신고시 쟁점세액을 공제되는 매입세액으로하여 신고한 것은 92.9.8 국세청의 유권해석에 따라 계속적으로 처리하여 왔던 것이므로 처분청의 결정고지는 신의성실의 원칙을 위배한 소급과세에 해당하므로 부당하다는 것이다.
- 나. 국세청장의견 석유사업법 제17조의5의 규정에 의하면 석유사업기금은 상공자원부장관이 관리, 운용하도록 규정되어 있고, 청구법인은 상공자원부장관으로 부터 위탁받은 것에 불과하여 석유사업기금으로 건설한 원유비축기지는 정부가 취득한 것으로 보아야 하고 따라서 취득시 부담한 매입세액은 정부가 최종소비자로서 부담한 것이므로 “쟁점세액”은 공제대상이 아니라는 것이다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 쟁점세액(석유사업기금으로 시설한 석유비축시설관련 매입세액)이 매입세액불공제 대상인지의 여부를 가리는데 있다.
- 나. 관련법령을 본다. 국세기본법 제15조에서 “납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다”고 규정하고 있고 같은법 제18조 제3항에서는 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 되어 있다. 또한 부가가치세법 제17조 제2항 제2호의 규정에 의하면 사업과 직접관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하도록 규정되어 있다.
- 다. 사실관계를 본다. 처분청은 원유비축기지건설과 관련된 “쟁점세액”이 정부가 최종소비자로서 부담한 것으로서 청구법인의 사업과 관련없는 것이므로 매출세액에서 공제할 수 없다는 것이고, 청구법인은 원유비축기지건설사업등과 관련하여 국세청장이 92.9.8 과세사업이라고 유권해석하고 그 이후 계속적으로 매출세액에서 공제하여 왔던 것임에도, 94.3.18 이건 과세함은 신의성실원칙을 위배한 소급과세에 해당하여 부당하다는 것이다. 먼저 이건 과세가 신의성실의원칙에 반한 것인지를 본다. 국세기본법 제15조의 신의성실의원칙이 적용되려면 첫째, 과세관청은 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고 둘째, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이다(국심 92서573, 92.6.13, 대법원 88누5280, 90.10.10 등 같은뜻임) 다음 이건의 과세에 이르기까지의 경과를 보면, 77.12.31 법률 제3071호로 석유사업법이 개정되면서 석유사업기금(이하 “기금”이라 한다)이 신설되어 “기금”의 관리·운용주체가 청구법인으로 되었고, “기금”으로 운영하는 사업은 과세사업(법인세과세, 부가가치세 과세등)으로 적용하여 오던중, 91.1.14 법률 제4325호로 석유사업법이 개정되면서 “기금”의 관리·운용주체가 상공부장관으로 바뀜에 따라 91.2.21 “기금” 운용수익에 대한 법인세 과세여부에 대하여 재무부장관으로부터 면세임을 회신받았으며, 기금운용과 관련된 부가가치세에 대하여는 종전의 예에 따라 과세사업으로 적용하여 왔으나, 92.7.25, 92년 1기분 부가가치세 신고시 부가가치세 환급세액이 12,837,000,000원이 발생하자 처분청에서는 환급을 보류하였고, 92.8.4 청구법인은 국세청장에게 석유사업기금의 정부기금화에 따른 “기금”의 관리·운영과 관련한 부가가치세에 관하여 질의하였는 바, 그 질의내용을 보면 “석유제품(등유·경유등)의 임대차·원유 LPG 임대차 및 통관시 수입부가세납부·신규비축기지건설·비축사무소경비용역·비축사무소관리, 운용에 따른 관리비(전력료등)에 관하여 부가가치세 과세여부”를 질의하였고, 국세청장은 92.8.20 청구법인에게 위 질의내용과 관련하여 “비축원유의 구입·대여권 및 소유권문제, 비축원유대여·상환의 계약당사자, 석유사업기금운용으로 인한 수익의 귀속자, 기금의 관리운용범위” 등에 관해 질문하였으며, 청구법인은 위 질문내용에 대해 보충설명하여 92.8.27 국세청장에게 재질의하였으며, 92.9.8 국세청장은 청구법인에게 “OOOO개발공사가 석유사업법 제17조의5 제2항 및 동법시행령 제12조의2 제1항의 규정에 의하여 동력자원부장관으로부터 석유사업기금사무를 위탁받아 당해 석유사업기금의 관리·운용과 관련하여 자기의 명의로 원유등을 수입·공급하는 때에는 부가가치세가 과세되는 것입니다”라고 회신한 사실이 관련문서에 의해 확인되고, 처분청은 위 국세청장의 회신문(부가22601-1397, 92.9.8)에 따라 전시(前示) 환급보류하였던 92년 1기분 부가가치세를 환급한 이후, 계속 청구법인의 “기금” 운용과 관련된 사업을 과세사업으로 적용해온 사실이 청구법인의 부가가치세 신고·납부서에 의해 확인된다. 그러나, 처분청은 이 건 청구법인이 “기금”으로 운영하는 사업중 원유비축기지건설과 관련된 매입세액에 대해 사업과 관련없는 것(최종소비자로서 부가가치세를 부담만 함)으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하였으며, 94.3.18 이건 과세함에 있어 국세청장의 새로운 해석을 받은 바도 없다. 사실관계가 이러하다면 원유비축기지건설과 관련하여 청구법인은 국세청장으로부터 직접 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 받아 이를 믿고 과세사업으로 계속적용하여 왔는데(처분청도 이건 과세전까지 과세사업으로 적용하였다), 처분청은 국세청장으로부터 새로운 해석을 받은 바 없이(새로운 해석이 있었다 하더라도 그 이후 과세기간부터 적용하여야 할 것이다) 위 공적 견해표명에 반하는 처분을 한 것으로, 이는 전시 신의성실원칙에 위배하는 것이라 할 것이므로 “쟁점세액”이 사업과 관련없는지 여부에 관하여는 심리를 생략한다.
- 라. 이건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.