법인의 신축중인 과세.면세사업에 공통으로 사용될 건물의 건축비에 대한공통매입세액의 안분계산(경정)

[참조결정] 국심1989서2192 / 국심1994서0374

[주 문] 삼성세무서장이 93.11.16 청구법인에게 경정고지한 93년 1기분 부가가치세 75,428,450원과 93년 2기분 부가가치세 3,651,050원의 과세처분은 청구법인이 서울특별시 영등포구OOO동 OOOO에 신축한 건물(지상 20층, 지하 6층, 연면적 13,751.94㎡)의 신축공사와 관련된 부가가치세 매입세액에 위 건물의 총예정사용면적에 대한 임대예정사용면적이 차지하는 비율을 곱하여 산출된 매입세액(공제가능한 매입세액)을 매출세액에서 공제하는 것으로 경정한다.

[이 유]

1. 원처분개요 청구법인은 금융업(투자신탁)을 영위하는 법인으로서 89.8월 부터 서울특별시 영등포구 OOO동 OOOO에 지상 20층, 지하 6층 연면적 13,751.94㎡의 본사사옥건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하고 있으며, 쟁점건물의 건축비에 대한 부가가치세 매입세액을 고유사업과 임대사업에 사용될 예정사용면적비율에 의하여 안분계산하고 임대사업에 안분된 매입세액을 매출세액에서 공제하여 93년 1기 예정분 및 93년 2기 예정분 부가가치세를 신고 하였다. 처분청은 쟁점건물의 건축비에 대한 부가가치세 매입세액을 예정공급가액의 비율로 안분계산하여 93년 1기분 부가가치세에 있어 매입세액 68,571,325원을 불공제하고 가산세를 적용하여 93.11.16 청구법인에게 93년 1기분 부가가치세 75,428,450원을 경정고지하였으며, 93년 2기 예정분 부가가치세에 있어 매입세액 85,846,913원을 불공제하고 가산세를 적용하여 같은날 청구법인에게 93년 2기 예정분 부가가치세 3,651,050원을 경정고지(청구법인은 90,780,553원을 환급신고)하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.12.29 이의신청과 94.3.23 심사청구를 거쳐 94.7.16 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장의견

• 가. 청구법인의 주장

(1) 부가가치세법 기본통칙 5-3-12…17에서 정한 바와 같이 부동산에 관한한 면적이야말로 실지귀속의 가장 적합한 판단기준으로 볼 수 있으며, 청구법인의 경우 내부계획 및 신문공고에 의해 과세사업에 공할 면적이 분명히 파악되므로 『실지귀속이 분명한 경우』로 보아야 하고, 부가가치세법시행령 제61조 제4항의 규정은 실지귀속이 불분명한 경우에 한해 합리적 안분기준을 구체적으로 명시하는 것에 불과하므로, 건물신축과 같이 면적에 의해 실지귀속이 분명한 경우까지 동 규정을 적용하는 것은 무리한 법적용이라 판단되며, 처분청은 쟁점건물의 예정 과세공급가액(임대가액)은 인근빌딩 임대가액 및 층별 차감율을 적용하여 계산하고 면세사업 예정공급가액은 청구법인의 영업수익 금액을 기준으로 계산하였는데 이는 주관적이고 임의적인 기준으로서 납세자에게 객관성 및 합리성이 전혀 없으며 이를 근거로 이미 환급받은 매입세액을 추징하고 더구나 가산세까지 부과하는 것은 부당하고,

(2) 부가가치세법시행령 제61조 제4항 제2호의 규정에 의하여 예정공급가액으로 쟁점건물의 건축비에 대한 매입세액을 과세분과 면세분으로 안분계산하는 경우에도 청구법인의 지점 영업수익을 제외한 본사영업수익 금액만을 면세사업의 예정공급가액으로 하여야 한다는 주장이다.

• 나. 국세청장의견

(1) 공통매입세액은 그 실지귀속에 따라야 하는 것이나 실지귀속이 불분명한 경우에는 부가가치세법시행령 제61조 제1항의 규정에 의한 산식으로 공통매입세액을 안분계산하는 것이며 다만, 청구법인과 같이 당해과세기간에 과세·면세공금가액중 어느 한 부분의 공급가액이 없는 때에는 동법시행령 제61조 제4항 각호의 규정에 따라 순차로 적용하는 것이므로 이와 같은 방법에 의하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하고,

(2) 청구법인의 주된 수입금액은 증권신탁업 등에서 발생되는 수익으로서 청구법인이 제시한 금액에 따라 산정한 것으로서 업무의 특성상 본점과 지점의 수입금액이 따로이 분리되는 것이 아니며 분리될 수도 없는 것이므로 본점계정의 수입금액만을 예정면세공급가액으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

(1) 과세사업과 면세사업에 공동으로 사용될 건물의 건축비에 대한 매입세액의 안분계산시 예정사용면적비율에 의할 것인지 또는 예정공급가액비율에 의할 것인지 여부와

(2) 공통 매입세액을 예정공급가액비율로 안분계산하는 경우에 동 건물을 사용할 본사의 수입금액에만 의할 것인지 또는 각 지점의 수입금액을 포함한 청구법인의 총수입금액에 의할 것인지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 쟁점(1)에 대하여 관련법령 및 적용관계를 본다. 부가가치세법 제17조 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하면서 제4호에 “제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”을 규정하고 있고 같은법시행령 제61조 제1항 본문에서 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 다음 산식에 의하여 계산한다”고 하고 그 산식을 으로 규정하고 있으며 제4항에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면제사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율(92.12.31 개정)

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율(92.12.31 개정)

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율(92.12.31 개정)”이라고 규정하고 있으며 같은법시행령 제61조의2 제1항에서 “사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 다음 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.(92.12.31 신설) 『가산 또는 공제되는 세액』= (총 공통매입세액 ×

• 기공제세액) 또는 (총 공통매입세액 ×

• 기공제세액)”으로 규정하고 있고 제2항에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 정산하고, 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 정산한다. (92.12.31 신설)”고 규정하고 있다. 건물신축에 대한 공통매입세의 안분계산에 있어 위 관련법령의 적용관계를 보면,

① 92.12.31자로 개정된 부가가치세법시행령 제61조 제4항은 “과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나, 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간의 안분계산은 첫째, 매입가액비율 둘째, 예정공급가액비율 셋째, 예정사용면적비율로 순차적으로 하도록 규정”하고 있으나

② 같은법시행령 제61조 제4항의 규정은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 과세 및 면세사업에 관련된 매입세액으로 구분 계산할 수 있는 합리적인 기준이 없는 부득이한 경우로 해석하여야 할 것이며, 같은조 제1항 본문에서 “과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 함”을 원칙적으로 규정하고 있으므로,

③ 건축물신축관련 매입세액에 있어서 면세사업에 사용하는 자가사용면적과 과세에 사용하는 임대면적이 구분되는 경우 그 사용면적은 실지귀속, 즉 실지부분의 가장 적합한 판단기준으로 볼 수 있으므로 건축물신축에 관련된 매입세액은 실지귀속이 확인되는 것으로 보아야 할 것(국심 89서2192, 90.4.12, 94.5.16, 94서374, 94.9.16 같은 취지임)이며

④ 건축물신축관련 매입세액을 부가가치세법시행령 제61조 제4항 제2호의 규정에 의하여 안분할 경우 매입세액과 예정공급가액간에는 비례적인 상관관계가 없을 뿐만 아니라 단순히 예정공급가액비율로 매입세액을 안분계산한다는 것은 합리적인 계산방법으로 보기에 어렵다고 할 것인 바

⑤ 이 건의 경우 청구법인은 쟁점건물 중 14층 부터 18층 2,024.33㎡를 임대에 사용하기로 확정하였고 처분청도 쟁점건물 중 임대면적을 2,024.33㎡로 예정임대공급가액을 계산한 바 있으므로 쟁점건물 중 면세사업에 사용될 면적과 과세사업에 사용될 면적이 구분된다고 보아야 할 것이다. 따라서 청구법인의 쟁점건물신축에 관련된 매입세액은 면세사업에 사용하는 건물면적과 과세사업에 사용하는 임대면적에 의하여 매출세액에서 공제받을 수 있는 과세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 함에도 처분청이 쟁점매입세액을 실지귀속이 불분명한 매입세액이라고 전제하여 공제가능 매입세액을 총예정공급가액에 대한 과세사업의 예정공급가액 비율로 안분계산한 처분은 위 관련법령을 오해한 것으로 판단된다.

• 다. 쟁점건물의 신축에 관련된 매입세액은 과세사업과 면세사업에 사용될 면적에 의하여 안분계산하여야 할 것으로 판단하였으므로 쟁점(2)에 대한 심리는 생략한다.
• 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.