청구법인에 대하여 신고납부불성실가산세를 부과한 처분이 신의성실원칙에 위배되고 소급과세에 해당되는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 서울특별시 OO구 OO동 OOO 일대에 주택재개발사업을 시행하여 국민주택규모의 아파트 531세대와 국민주택규모 초과 아파트 490세대(국민주택 초과분의 일반분양 10세대)와 부속상가를 신축하면서 이에 따른 매입세액을 과세분과 면세분 모두를 공제되는 매입세액으로 하여 부가가치세 신고(환급)를 하였다. 처분청은 부가가치세 과세분 94.256%, 면세분 5.744%의 비율로 매입세액을 안분계산하여 신고세액중 면세분 매입세액에 해당하는 금액을 매입세액 불공제하고 과다환급신청액에 대한 가산세를 부과하여 아래와 같이 1991년 제1기분～1993년 제1기분의 부가가치세를 1994.1.16 결정고지 하였다. 고 지 내 역 세 목 기 분 고지세액 부가가치세 〃 〃 〃 〃 1991년 제1기 1991년 제2기 1992년 제1기 1992년 제2기 1993년 제1기 4,505,510 4,035,900 225,580 25,939,770 39,184,880 계 73,891,640 【단위: 원】 청구법인은 이에 불복하여 1994.3.10 심사청구를 거쳐, 1994.6.14 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인이 재개발에 의한 아파트를 신축함에 있어 시공회사로부터 교부받은 세금계산서에 의해 1991년 제1기부터 부가가치세 신고를 한데 대하여 처분청은 과세·면세 겸업으로 인한 매입세액을 안분계산함에 있어 공급가액 미확정으로 환급세액을 산정할 수 없을 뿐 아니라 환급한다 하더라도 재개발사업 종료후 조합이 해산되었을 경우 처분청의 입장에서 과세사업에 대한 부가가치세 등을 징수할 방법이 없으므로 일단 환급세액이 발생하는 경우 환급을 유보시켰다가 상가등이 분양되고 안분계산 기준금액이 확정되는 시점에 정산하여 차가감 납부할 수 있도록 하자는 세무공무원의 의견에 동의함으로써 청구법인은 이 건 과세시까지 환급을 받은 사실이 없는데도 불구하고 1993년 10월 부가가치세 경정조사를 통해 가산세를 부과하여 이 건 부가가치세를 고지하였으나, ① 청구법인은 부당환급을 요구한 사실이 없고 그런 의사도 없었으며, 처분청의 환급유보조치에 응하여 기간의 이익까지 포기하고 환급을 받지 아니하고 있었는데도 납세지도를 무시한채 경정조사에 의하여 가산세를 부과함은 신의성실의 원칙에 위배되며, ② 처분청이 환급신청에 대한 조사를 과세기간마다 적기에 실시하였더라면 조사받은 이후에는 공제되지 아니하는 매입세액을 신고하지 아니하였을 것임에도 불구하고 처분청이 환급조사를 실시하지 아니하고 환급유보 조치를 취함으로써 동일한 내용으로 반복하여 환급신고를 하게 되었고 이는 청구법인에게 국세행정의 관행으로 인식되게 되었음에도 이를 어기고 과세함은 소급과세원칙에 위배되는 것이므로 이건 부가가치세를 과세함에 있어 부과한 가산세를 전액 취소하여야 한다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 1991년 제1기부터 1993년 제1기분까지에 대한 부가가치세 매입과세표준 14,160,521,840원에 대한 매입세액 전액을 공제되는 매입세액으로 계산해 환급신고한데 대하여 처분청은 매입세액이 과세사업과 면세사업에 공통되는 것으로 안분계산방법에 의하여 총공급가액중 면세공급가액이 차지하는 비율에 상당하는 매입세액을 매입세액공제 제외하였음이 확인되는 바, 청구법인은 이에 대하여 신고불성실가산세를 부과함은 부당하다고 주장하고 있으나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 초과된 환급세액에 대하여 신고불성실 가산세를 적용하는 것이 타당하므로 가산세를 적용하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단 이 건 심판청구는 청구법인에 대하여 신고납부불성실가산세를 부과한 처분이 신의성실의 원칙에 위반되고 과세관행에 반하는 소급과세로서 부당한 처분인지 여부에 다툼이 있다. 부가가치세법 제22조 제3항에서 『사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액), 초과하여 신고한 환급세액 또는 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 제1호와 제2호가 동시에 해당하는 경우에는 그 중 많은 금액에 대하여 이를 적용하고 제1호와 제2호의 금액이 같은 경우에는 제1호의 금액에 대하여 이를 적용한다.

1. 제18조 제1항 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때,

2. 제18조 제2항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때』라고 규정하고 있다. 한편, 국세기본법 제15조에서 『납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.』고 규정하고, 같은 법 제18조 제3항에서 『세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.』고 규정하고 있다. 과세경위를 보면, 청구법인은 1991년 제1기부터 1993년 제1기까지 발생한 1,416,052,184원의 매입세액을 전액 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 신고한데 대하여 처분청은 이 건 부과를 위한 조사를 실시할 때까지 신고한 환급세액을 환급하거나 조사를 실시하지 아니하다가 이 건 부가가치세 경정조사를 실시하여 청구법인이 신축한 아파트등은 부가가치세 과세분과 면세분이 함께 있고 이에 따라 신고한 매입세액은 공통매입세액으로서 과세분 5.744%, 면세분 94.256%의 비율로 안분계산하여야 한다는 사실을 확인하고 면세분에 해당하는 매입세액을 불공제하고 그 결과 청구법인이 과다환급신고한 세액에 대한 가산세를 합한 금액을 세액으로 산출하여 과세하였음이 확인되며 위 사실에는 다툼이 없다. 살피건대, 청구인은 처분청의 이 건 부과처분이 납세지도로 환급을 유보하고 있다가 가산세를 부과함은 신의성실의 원칙에 반하며, 환급조사를 실시하였다면 부가가치세 면세분에 해당하는 금액을 공제되는 매입세액으로 신고하지 아니하였을 것이나 조사를 하지 아니하여 신고내용이 정당한 것으로 청구법인에게 받아들여져 과세관행으로 인식되었는데도 이 건 과세를 함은 소급과세에 해당된다 하여 부당한 처분이라고 주장하나, 첫째, 신의성실의 원칙은 합법성을 희생하면서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합되는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것으로 이 원칙이 적용되기 위하여는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해의 표명이 있고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자의 귀책사유가 없으며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 그에 따라 행위를 한데 대하여 과세관청이 위 견해에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것인 바(대법원 91누9848, 1992.4.28 같은 뜻), 이 건의 경우 처분청은 청구인이 주장하는 바와 같이 환급유보에 대한 견해를 표명하였다는 근거가 없으며, 설사 환급유보에 관한 견해를 표명하였다 하더라도 청구법인이 신고한 매입세액이 전액 공제되는 매입세액임을 인정한 견해표명은 없었으며, 부가가치세는 납세자의 신고에 의하여 납세의무가 확정되는 세목이고 전시한 국세기본법 제15조의 신의성실의 원칙은 세무공무원 뿐 아니라 납세자에게도 적용되는 원칙인 점을 볼 때, 이 건 가산세가 부과된 것은 청구법인이 매입세액이 불공제되는 부가가치세 면세분 매입세액을 공제되는 매입세액으로 신고한 잘못에 근거한 것이므로 그 가산세 부과에 대하여 청구법인의 귀책사유가 있으며, 둘째, 부가가치세법 제21조에서 과세관청은 납세자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 경정할 수 있을 뿐 아니라 그 경정한 과세표준과 세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 경우 이를 재경정할 수 있도록 규정하고 있는 바, 청구법인이 과다환급신청한 부가가치세 신고에 대하여 처분청이 부가가치세 경정조사를 통하여 이를 적출하여 과세할 수는 있으나, 청구법인이 부가가치세가 공제되지 아니하는 매입세액을 공제되는 매입세액으로 신고한 경우 이를 처분청이 접수하고서도 당해 신고에 대하여 조사를 실시하지 아니하였다 하여 공제되지 아니하는 매입세액이 공제되는 매입세액으로 인정한 과세관행이 성립되었다 할 수는 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 조사를 통하여 불공제되는 매입세액을 공제되는 매입세액으로 신고한데 대하여 이를 공제배제하고 과다환급신청한데 대한 가산세를 부과한 처분은 적법한 처분이라고 판단되는 반면, 가산세의 부과가 부당하다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.