[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인이 91.6.10 서울특별시 은평구 OO동 OOOOO 대지 1,237㎡ 및 같은 동 OOOOO 대지 1,523.2㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도한 데 대하여 처분청은 94.4.1 청구법인에게 ’91사업년도(91.1.1～12.31) 법인세 특별부가세 647,317,140원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.4.19 심사청구를 거쳐 94.6.15 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
(1) 청구법인은 종교의 보급 및 교화를 목적으로 설립된 법인으로 쟁점토지를 고유목적사업에 사용하다가 감독관청인 문화부장관의 기본재산전환인가를 받아 양도하고 곧바로 대체부동산을 취득한 것이므로 이는 조세감면규제법 제67조의14 제1항의 규정에 의하여 특별부가세가 감면되어야 하는데도 처분청이 이 건 과세를 한 것은 부당하고,
(2) 청구법인은 동 감면이 감면신청을 하여야만 적용되는 줄은 몰랐으며, 설령 신청을 전제조건으로 하는 감면이라 하더라도 쟁점토지는 청구법인의 고유목적에 직접 사용하던 토지로서 이를 양도하고 대체부동산을 취득하여 고유목적에 사용하고 있기 때문에 그 실질적인 내용이 감면요건에 부합되는 것이므로 비록 청구법인이 감면신청을 하지 아니하였다하여 이를 배제하는 것은 부당하고, 청구법인은 쟁점토지의 양도당시에 처분청의 담당공무원에게 상담한 바 종교법인이 부동산을 양도하는 경우는 조세의 부담은 없다는 답변을 듣고 감면신청을 하지 않은 것이므로 처분청이 이 건 특별부가세를 과세한 것은 부당하다고 주장한다.
- 나. 국세청장 의견 조세감면규제법 제67조의14(종교법인의 업무용토지 등에 대한 특별부가세 면제)의 규정을 보면 당해토지 등을 양도하고 그 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출하는 경우에 한하여 동 규정에 의한 면제를 받을 수 있는 것임에도 청구법인은 면제신청서를 제출하지 아니하였으므로 처분청이 이 건 특별부가세를 과세한 것은 정당하다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 이 건은 청구법인의 쟁점토지 양도에 대하여 특별부가세를 면제하지 아니한 것이 정당한지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.
- 나. 관계법령 조세감면규제법 제67조의14 제1항 제2호에서는 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인(법인격 없는 사단·재단·기타 단체를 포함)이 그 고유목적에 직접 사용하는 토지 등을 당해법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제55조의12 제1항에서는 『법 제67조의14 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 그 면제신청 서류에 의하여 고유목적사업에 사용할 목적으로 토지 등을 양도하는 것이 확인되는 경우에 한한다』고 규정하고 있다. 또한, 같은법 제67조의14 제4항에서는 『제1항의 규정은 대통령령이 정하는 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다』고 규정하고, 같은법시행령 제55조의12 제4항에서는 『법 제67조의14 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다』고 규정하고 있다.
- 다. 청구법인의 쟁점토지 양도에 대하여 특별부가세를 면제하지 아니한 것이 정당한지 여부 청구법인은 쟁점토지를 양도하고 조세감면규제법 제67조의14 제4항 및 같은법시행령 제55조의12 제4항의 규정에 의한 특별부가세면제신청서를 제출한 사실이 없는 바, 비록 쟁점토지가 청구법인의 주장대로 “종교의 보급 및 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적사업에 직접 사용하는 토지 등”에 해당되고 감독관청으로부터 기본재산 전환인가를 받아 고유목적사업에 사용하기 위한 대체부동산을 취득하였다고 하더라도 조세감면규제법 제67조의14 제1항의 규정에 의한 특별부가세 감면은 그 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출하는 경우에 한하여 이를 적용하도록 규정하고 있으므로 세액면제신청서를 제출한 사실이 없는 이 건의 경우, 쟁점토지의 양도에 대하여 특별부가세는 면제될 수 없다고 판단되므로 처분청이 이 건 특별부가세를 과세한 것은 정당하다고 판단된다. 이 건 심판청구는 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.