2년 이상 계속법인의 업무용으로 직접 사용한 토지 등을 일시임대한 후양도했을 때 특별부가세 감면이 배제되는지 여부(경정)

[주 문] 시흥세무서장이 94.1.3 청구법인에게 경정고지한 9O사업연도분 특별부가세(법인세) 333,000,000원의 과세처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 청구법인의 합성수지제품 제조공장으로 사용하던 경기도 OO시 중원구 OOO동 OOO 소재 대지 4,103.5㎡ 및 건물 1,183.5㎡(이하 “쟁점공장”이라 한다)를 9O.1O.31 청구외 OO유통(주)에 1,9O3,550,000원에 양도하고 9O.1.1～9O.1O.31 사업연도(이하 “9O사업연도”라 한다) 법인세 과세표준 및 세액신고시 쟁점공장에서 발생한 양도차익에 대한 특별부가세 300,000,000원을 91.1O.O7 개정전 조세감면규제법 제67조의13 제1항의 규정에 의하여 감면세액으로 신고하였다. 처분청은 쟁점공장을 임대사업용으로 보아 동 감면을 배제하고 94.1.3 청구법인에게 9O사업연도분 법인세(특별부가세) 333,000,000원을 경정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.O.O5 심사청구를 거쳐 94.5.O3 심판청구를 하였다. O. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 OO공업단지 O공단에 있는 쟁점공장과 서울OO공단, OO시, 경남OO군에 있는 공장등 4개 공장을 가동하여 합성수지로 된 양곡포장지, 천막지 등을 생산해 오다가 경영합리화를 위해 OO의 쟁점공장을 기존의 OO공장으로 이전하고 OO공장을 증축·새로운 자동화기계를 설치하였으며 쟁점공장의 기계장치를 철거하여 이전함으로써 쟁점공장은 가동이 중단되었고, 쟁점공장을 양도하기 위해 청구외 OOOOO신탁(주)에 매각의뢰를 하고 신문공고를 하는 등 최선의 노력을 하였으나 부동산경기침체로 매각되지 않아 매각될 때까지 일시적으로 임대하였던 바 처분청은 일시적으로 임대한 쟁점공장을 임대사업용을 부동산으로 보아 구 조세감면규제법 제67조의 13에 규정된 특별부가세 감면을 배제하고 이 건 법인세(특별부가세)를 과세한 처분은 부당하다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점공장을 양도하기 이전인 91.1O.1부터 9O.1O.30까지 쟁점공장을 청구외 OO엔지니어링에 임대한 사실이 있고 구 조세감면규제법 제67조의13 제1항에서 “임대사업용”토지 등은 업무용에서 제외한다고 규정하고 있으므로 동 규정에 의한 특별부가세 감면이 배제된다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점공장이 91.1O.O7 개정전 조세감면규제법 제67조의13 제1항의 규정에 의해 특별부가세면제되는 O년 이상 계속 법인의 업무용으로 직접 사용한 토지 등에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 91.1O.O7 개정전 조세감면규제법 제67조의13 제1항에서 “법인이 O년 이상 계속하여 당해 법인의 업무용(목장용·매매사업용 및 임대사업용을 제외한다)으로 직접 사용한 토지 등으로서 대통령령이 정하는 토지 등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다”고 규정하고 91.1O.31 개정전 같은 법 시행령 제55조의11 제1항에서 “법 제67조의13 제1항의 규정에 의하여 특별부가세가 면제되는 토지 등은 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다”고 하고 제1호에서 “법인이 O년 이상 계속하여 가동한 공장(지방세법시행령 제194조의15 제1항 제1호에 규정된 공장입지기준면적 범위안의 부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 사용한 토지등”이라고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에서는 “법 제67조의13 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 토지 등의 양도가액에 상당하는 금액으로 토지등의 양도일부터 3년 이내에 다음 각호의 1에 해당하는 고정자산(이하 이 조에서 “대체취득자산”이라 한다)을 취득하고 이를 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 경우에 한한다. 다만, 토지등을 양도하기 전에 업무용으로 직접 사용하는 대체취득자산을 취득한 경우에는 그 취득일부터 O년 이내에 토지등을 양도하여야 한다”고 규정하고 있다. 그리고 91.1O.O7 조세감면규제법 제67조의 13은『5년 이상 업무용에 사용한 토지등에 대한 특별부가세 면제』로 개정되었으나 부칙(법률 제4451호) 제6항에서 “199O년 1월 1일 현재 O년 이상 계속하여 당해 법인의 업무용(목장용·매매사업용 및 임대사업용을 제외한다)으로 직접 사용한 토지 등으로서 그 토지등을 199O년 1O월 31일 이전에 양도하거나 그 토지 등을 양도하기 전에 다른 고정자산을 취득한 경우에는 종전의 제67조의 13의 규정에 의한다”고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계

① 청구법인은 쟁점공장(경기도 OO시 소재), 서울OO공단내공장, OO공장 및 OO공장(경상남도 OO군 OO읍 O리 OOO외 O필지 소재)등 4개의 공장을 소유하고 양곡포장지와 천막지 등 합성수지제품을 제조하는 상장법인이다.

② 청구법인은 88.6.30 쟁점공장을 취득하여 가동하다가 쟁점공장을 기존의 OO공장으로 이전하기 위해 91.9.3부터 쟁점공장의 기계장치를 철거하였는 바 91.9.3 기계장치등을 철거하고 가동을 중단하기까지 쟁점공장의 가동기간은 약 3년O개월로서 O년 이상 계속하여 청구법인의 업무용에 사용한 사실에는 다툼이 없다.

③ 청구법인은 OO공장을 증축하기 위해 9O.4.OO 건축허가를 받아 9O.1O.O8 증축공장면적 O,300.7㎡를 준공하였고 그 취득가액은 657,779,000원이다.

④ 청구법인은 9O.7.15부터 9O.1O.31 기간에 WINDMOLLAN 압출기1대 65O,910,586원 및 WINDMOLLAN 제대기 O대 1,817,78O,06O원 합계 O,470,69O,648원의 기계장치를 OO공장에 설치하였다.

⑤ 청구법인은 쟁점공장의 기계장치를 91.9.3부터 철거하여 OO공장으로 이전한 후 청구외 OOOOO신탁(주)에 쟁점공장의 매각을 의뢰하였고 청구외 OOOOO신탁(주)는 91.11.O9 OO일보에『신탁부동산매각안내』광고를 하였으며 청구법인도 9O.5.13 OO경제신문, 9O.5.14 OO경제신문 및 9O.8.6 OO경제신문에『공장매각』광고를 한 사실이 있다.

⑥ 청구법인은 쟁점공장을 청구외 OOO(상호:OO엔지니어링)에게 91.1O.1～9O.11.30 기간 임대하였고 청구외 OOO은 쟁점공장을 임차하여 철물 및 음향용 집기비품의 제조 및 임가공업을 영위하였다.

⑦ 청구법인은 쟁점공장을 9O.1O.31(잔금청산일) 청구외 OO유통(주)에 1,9O3,550,000원(건물분 부가가치세 별도)에 양도하였다.

• 라. 적용 및 판단 청구법인은 9O사업연도중 OO공장의 건물 657,779,000원 및 기계장치 O,470,69O,648원을 취득한 후 O년 이상 가동한 쟁점공장을 9O.1O.31에 1,9O3,550,000원에 양도하였으므로 9O.1O.O7 개정전 조세감면규제법시행령 제55조의11 제3항에 규정하는 대체취득자산을 선취득하고 그 취득일로부터 O년 이내에 업무용으로 사용한 토지등을 후 양도하는 경우에는 해당하나 기계장치를 OO공장으로 이전한 후 91.1O.1～9O.11.30 기간 타인에게 임대한 쟁점공장을 임대사업용으로 보아 9O.1O.O7 개정전 조세감면규제법 제67조의13 제1항에 규정한 특별부가세 감면이 배제되어야 하는지 여부를 보면

① 청구법인이 청구외 OOOOO신탁(주)에 쟁점공장의 매각을 의뢰하고 수 차례 신문에 매각광고를 하는등 매각의사를 분명히 하고 매각하려는 노력을 한 사실로 보아 쟁점공장을 91.1O.1～9O.11.30 기간 임대한 것은 쟁점공장을 임대사업용으로 전환하였다고 보기보다는 기계장치를 OO공장으로 이전한 후 비어있는 공장을 매각될 때까지 일시적으로 임대한 것이라고 보아야 할 것이다.

② 또한 조세감면규제법 기본통칙 O-16-14...67의 1O(5년 이내 계속하여 가동한 공장의 범위) 제1항에서 “5년 이상 계속 가동한 공장을 이전할 목적으로 기계장치등의 시설을 신공장에 시설하기 위하여 이전전의 공장의 가동이 중단되는 것은 계속하여 가동한 것으로 본다”고 하고 있을 뿐만 아니라 국세청 법인 4601O-3504(93.11.19)에서 “대도시안에서 공장시설을 갖추고 제조업을 영위하는 내국법인이 당해공장시설을 지방으로 이전완료하여 사업을 개시한날로부터 O년이내에 종전공장을 양도하는 경우에는 조세감면규제법 제4O조의 규정에 의거 공장양도차익에 대한 법인세와 특별부가세를 면제받을 수 있으며 또한 종전 공장시설을 이용한 임대조업이 아니고 다른 용도로 일시 임대하다가 양도하는 경우에도 위 조세특례를 적용받을 수 있다”고 하고 있는 바 이 건의 경우와 같이 대체취득자산을 선취득하고 쟁점공장의 기계장치를 OO공장으로 이전한 후 쟁점공장의 매각의사를 분명히 하고 매각하기 위한 노력을 하면서 비어 있는 쟁점공장이 매각될 때까지 일시적으로 임대하다가 매각한 경우에는 91.1O.O7 개정전 조세감면규제법 제67조의13 제1항의 규정에 의해 쟁점공장의 양도에서 발생한 소득에 대한 특별부가세는 면제되어야 할 것으로 판단된다.

• 마. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.