[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 처분개요 청구인은 서대문구 OO동 OOOO OOOO 재개발조합의 대표로 재개발사업과 관련하여 ’93년 1기분 부가가치세 신고시 매출세액은 없는 것으로 하고 매입세액을 18,781,827원으로 하여 환급신청하였다. 처분청은 위 매입세액 18,781,827원은 토지조성을 위한 자본적 지출에 해당된다고 판단하여 환급을 배제하고 ’93.9.3 청구인에게 신고납부불성실가산세 1,878,182원을 부과하였다. 청구인은 위 처분에 불복하여 ’93.11.1 이의신청, ’94.1.26 심사청구를 거쳐 ’94.5.11 심판청구를 하였다.
2. 청구인 주장과 국세청장 의견
• ’93.1기 부가가치세 확정신고에 대한 수정신고를 ’93.11.1하면서 5,212,953원을 환급 신청한 바 동 환급세액은 청구인이 구 건물을 철거하고 아파트와 복지부대시설을 위해 지출한 철거비용 188,000,000원에 대한 매입세액 18,800,000원을 안분 계산한 것이므로 환급대상이고
• ’93.1기 부가가치세 확정 신고분에 대하여 ’93.11.1 수정신고를 하였으므로 ’93.9.1 경정 고지한 신고불성실 가산세 1,878,180원은 부당하다.
• 청구인의 수정신고는 처분청이 본건에 대해 경정조사를 하여 ’93.9.1자로 1,878,180원을 경정고지한 후인 ’93.11.1 접수되었는 바, 정부의 결정 또는 경정이 있는 이후의 수정 신고이므로 적법한 수정 신고라 할 수 없어 각하 결정함이 타당하고 가산세 1,878,180원 역시 ’93.11.1자 수정신고를 적법한 수정신고로 볼 수 없어 기각함이 타당하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 이건 심판청구의 다툼은 토지의 자본적 지출로 보아 매입세액 불공제한 처분 및 신고납부불성실 가산세를 부과한 처분의 당부를 가리는데 있다.
- 나. 부가가치세법 제12조(면세) 제1항 제12호에서는 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은법 제17조(납부세액) 제2항에서는 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다』고 하면서 그 제4호에서 『제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)』을 열거하고 있고 동법시행령 제60조(매입세액의 범위) 제6항에서는 『법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다』고 규정하고 있는 바, 이는 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 건설공사에 대한 부가가치세 매입세액은 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 매출세액에서 불공제하여야 하지만 법인세법 시행규칙 『별표1』의 기계장치 이외의 고정자산 내용년수표상 감가상각대상 자산인 구축물에 관련된 공사는 토지조성과 관련된 공사로서 구축물 관련 공사비에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되는 것으로 보아야 할 것이다.(국심 93경 3041 94.5.3 등 같은 의견) 한편, 국세기본법 제49조(수정신고에 의한 면제)와 동법시행령 제29조(수정신고에 의한 가산세의 면제)에서는 수정신고 기한내에 과세표준수정신고서를 제출한자에 대하여는 당초의 신고의 과소로 인하여 부과하여야할 가산세를 그 수정된 범위내에서 면제하여, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우에는 면제하지 않도록 규정하고 있다.
- 다. 먼저 토지의 자본적 지출로 보아 매입세액불공제한 처분에 대해서 보면, 국세청은 청구인의 ’93.11.1자 수정신고가 이건 경정조사하여 ’93.9.1자 고지후에 행해진 것으로 정부의 결정 또는 경정이 있은 후의 수정신고이므로 적법한 수정신고로 볼 수 없다하여 각하 결정하였으나 살피건데 ’93.11.1자 수정신고의 적법성 여부에 관계없이 이건 경정고지한 ’93.9.1자 처분에 대하여 청구인이 다투는 것으로 볼 수 있고 이날로부터(’93.9.1자 고지서는 ’93.9.3 도착됨) 60일이내인 ’93.11.1 이의신청 등을 거쳐 적법한 전심절차를 거친 경우라 할 수 있으므로 이건 심판청구는 본안심리 대상이 된다할 것이다. 청구인은 ’93.7.26자. ’93.1기 부가가치세 확정 신고시 환급신청한 18,781,827원중 최소한 5,212,953원은 환급대상이 된다고 주장하면서 그 산출근거를 철거대상 총 면적 25,406.36㎡중 국민주택 규모초과분의 면적 7,012.37㎡이 차지하는 비율을 위 매입세액 18,781,827원(매출세액은 없음)에 곱하여 산출된 5,203,863원에 복사지 구입등 소모품 9,090원을 더하여 5,212,953원이라고 주장하지만 처분청의 조사내용을 보면 위 매입세액은 구 가옥의 철거 및 이주에 관한 용역계약금 및 부대비용으로 조사하고 있어 토지의 자본적 지출에 해당할 뿐 달리 법인세법 시행규칙 『별표 1』의 기계장치이외의 고정자산중 구축물에 해당한다고 볼 수 있는 요소가 없고 이를 청구인이 안분계산함에 있어서도 구건물의 면적 비율에 따라 계산한 것은 청구인의 독자적인 견해에 불과할 뿐 법적근거가 없는 것이라 하겠다. 또한 이건 도급공사 내용을 보면 공사명이 『지장물 정리공사 및 경비용역』으로 되어있고 그 공사 자체도 현재까지 종료되지 아니한 이건의 경우 처분청이 이건 매입세액 18,781,827원을 토지의 자본적 지출로 보아 매입세액 불공제한 처분은 정당하다. 다음으로 부가가치세 신고·납부불성실 가산세 1,878,182원을 부과한 처분에 대해서 보면, 청구인은 ’93.11.1자 수정신고를 하였으므로 국세기본법 소정의 규정에 의해 신고·납부 불성실 가산세를 처분청이 부과할 수 없다고 주장하지만 앞에서 관련규정인 국세기본법 제49조에서 본 바와 같이 수정신고에 의한 가산세 면제는 과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우 등에 있어서는 가산세 면제의 혜택이 주어지지 않는 것인 바 청구인의 경우 수정신고는 처분청의 ’93.9.1자 경정조사후인 93.11.1자 행해진 것이므로 국세기본법 소정의 가산세 면제요건에 해당되지 않는 것으로 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.