재개발지구에 아파트를 신축하기 위하여 기존건물 및 지장물의 철거공사를 하였을 경우 철거공사와 관련한 부가가치세 매입세액을 공제할 수있는지의 여부(경정)

[주 문] 동작세무서장이 청구법인에게 1993.9.1 및 1993.12.16 각각 결정고지한 부가가치세 1993년 제1기 과세기간분 532,910원 및 1992년 제1기 과세기간분 3,520,000원은 청구법인의 구건물 및 지장물철거공사관련 매입세액중 일반인에게 분양하는 국민주택규모 초과아파트 및 상가관련 매입세액을 재계산하고 이를 매출세액에서 공제하여 경정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 1990.6.29 서울특별시 동작구 OOO동 OOOOO 일대에 주택개량재개발을 목적으로 설립된 O동 OOOO OOO 주택개량재개발조합으로서 사업시행구역내의 지장물의 철거를 위하여 청구외 OO개발주식회사와 1990년 9월 철거공사 도급계약을 체결(이하 “쟁점공사”라 한다)하여 공사를 완료하였으므로 1992.2.29 공급가액 352,000,000원, 1993.1.15 공급가액 98,000,000원, 1993.2.18 공급가액 30,000,000원의 세금계산서를 각각 교부받아 1992년 제1기 부가가치세 예정신고시에는 35,200,000원을 매입세액으로 하여 신고하였고 1993년 제1기 부가가치세 예정신고시에는 철거공사관련 총매입세액에 총건축예정면적에 대한 국민주택규모 초과아파트 건축예정면적 및 상가건축예정면적의 비율을 곱하여 산출한 금액을 매입세액으로 하여 신고하였다. 처분청에서는 청구법인이 신고한 철거공사관련 매입세액을 토지의 조성을등을 위한 자O적 지출에 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 보아 부가가치세 환급에서 제외하고 1993년 제1기 과세기간분 부가가치세 532,910원과 1992년 제1기 과세기간분 부가가치세 3,520,000원을 각각 1993.9.1 및 1993.12.16에 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 각각 전심절차를 거쳐 1994.4.27 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구법인은 도시재개발법에 의한 재개발지구내의 기존건물을 철거하여 아파트를 신축하는 경우이므로 기존건물등의 철거용역비는 신축건물에 대한 자O적지출에 해당하므로 신축건물중 국민주택규모초과아파트 및 상가건물 부분의 매입세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액이라는 주장이다. 국세청장은 청구법인의 매입세액이 구건물 철거비용에 대한 매입세액인지 토지정지작업에 따른 토지의 자O적 지출에 해당되는 매입세액인지 여부가 불분명하고 국민주택규모 초과분 아파트 건축면적과 상가건축면적을 확인할 수 있는 증빙서류를 제시하지 못하고 있으므로 당초처분 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단 이 건의 쟁점은 재개발지구에 아파트를 신축하기 위하여 기존건물 및 지장물의 철거공사를 하였을 경우 철거공사와 관련한 부가가치세 매입세액을 공제할 수 있는지 여부에 있다. 관계법령을 보면 부가가치세법 제17조 제1항에서 사업자가 정부에 납부하여야할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다라고 규정하고, 제1호에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액을 매입세액으로 규정하고 있으며, 같은조 제2항에서는 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 하고 제4호에서는 부가가치세법 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 공제받지 못하는 매입세액으로 규정하고 있다. 그리고 같은법 시행령 제61조는 매입세액의 안분계산에 관한 규정으로서 제1항에서는 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 면세공급가액이 차지하는 비율을 공통매입세액에 곱하여 면세사업에 관련된 매입세액으로 계산한다. 다만 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고 확정신고를 하는 때에 정산한다고 규정하고, 동조 제4항에서는 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 제1호 총매입세액에 대한 면세사업에 관련된 매입세액의 비율 제2호 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율 제3호 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율이라고 규정하여 공통매입세액의 안분계산에 관하여 규정하고 있다. 사실관계를 보면

① 청구법인은 주택개량재개발을 사업목적으로 설립되어 1990.6.29 서울특별시 동작구청장으로부터 주택개량재개발조합 설립인가를 받아 같은 날을 개업일자로 하여 동작세무서장에게 1991.12.31 사업자등록을 한 사실이 서울특별시 동작구청장이 발행한 주택개량재개발조합설립인가필증 및 동작세무서장 발행 사업자등록증에 의하여 확인된다.

② 주택개량재개발사업시행계획에 따라 새로 아파트를 신축하기 위한 사업시행지구내의 기존건물 및 지장물 철거를 위해 1990년 9월 청구외 OO개발주식회사와 철거공사도급계약을 체결하였으며 청구법인은 철거공사에 따른 세금계산서로서 1992.2.29 공급가액 352,000,000원, 1993.1.15 공급가액 98,000,000원, 1993.2.18 공급가액 30,000,000원을 각각 교부받아 1992년 제1기 부가가치세 예정신고시에는 매입세액을 35,200,000원으로 하여 신고하였고, 1993년 제1기 부가가치세 예정신고시에는 총매입세액 12,800,000원중에서 총건축예정면적에서 국민주택규모 초과아파트 및 상가신축예정면적의 비율을 곱하여 계산한 금액을 뺀 차액 5,329,178원을 매입세액으로 하여 신고한 사실이 부가가치세 신고서류에 의하여 확인된다.

③ 재개발사업지구내의 대지조성 공사와 아파트의 신축공사는 청구외 (주)OO과 1990.9.21 체결한 주택개량재개발사업참여계약서와 1993.6.11 작성된 변경계약약정서에 의하여 청구외 (주)OO이 맡아 하였고, 위의 지구내의 건물과 지장물철거는 1990년 9월 청구외 OO개발주식회사와 별도 계약을 체결하고 동 회사가 담당하였으며, 동 OO개발주식회사는 주택개량 재개발사업에 따른 기존건물 및 지장물철거, 무허가 건물 신축방지, 특별경비 전문법인임이 동 법인의 사업실적등에 의하여 확인되고 있다. 위의 사실을 종합하여 볼 때 쟁점공사는 청구법인이 주택개량재개발을 위하여 기존건물과 지장물을 철거한 경우로서 자기소유의 토지상에 있는 기존건물을 용도변경, 개량확정 및 증설을 목적으로 철거하는 경우 기존건물의 장부가액과 철거비용은 용도변경, 개량, 확장 및 증설된 건축물에 대한 자O적지출에 해당하며(동지:법인세법 기O통칙 2-15-1......21), 또한 청구법인이 국세청장에게 질의하여 통보받은 회신문(부가46015-2342, 1993.9.28)에 사업자가 기존건물을 철거하고 부가가치세가 과세되는 새 건물을 신축하는 경우에 기존건물철거와 관련하여 교부받은 매입세금계산서상의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제받을 수 있는 것임을 명백히 하고 있는 점등으로 보아 청구법인의 기존건물의 철거에 따른 비용은 신축건물에 대한 자O적지출로 보아야 할 것이므로 청구법인이 청구외 OO개발(주)로부터 수취한 매입세금계산서상의 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 하는 것이지만 이 건의 경우 과세사업과 면세사업을 겸영하였으므로 과세사업인 국민주택규모 초과 아파트 및 상가를 일반인에 분양한 것에 한하여 부가가치세법 제61조 제1항 및 제4항의 규정에 의하여 안분계산한후 과세사업 해당 매입세액을 매출세액에서 공제함이 마땅하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기O법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.