아파트 취득시기를 등기접수일로 보아 1세대 1주택의 비과세 요건에 해당하지 아니하는 것으로 양도소득세를 과세한 처분은 부당함(취소)

[주 문]

1. 개포세무서장이 93.9.16 청구인에게 결정고지한 ’92년도 과 세기간 양도소득세 9,524,050원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 처분청은 청구인이 90.10.13 청구외 OOO으로 부터 서울특별시 송파구 OO동 OOO OOOOO OO OOOOO 대지 46.64㎡ 아파트 108.11㎡(32평형 이하 “쟁점아파트 라 한다)를 취득하고 92.7.25 청구외 OOO에게 양도한 것으로 보고 청구인의 쟁점아파트 보유기간이 2년 6개월로 1세대 1OO 비과세 요건을 충족하지 못한다 하여 93.9.16 청구인에게 92년도 과세기간 양도소득세 9,254,050원을 결정·고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 93.10.16 심사청구를 거쳐 94.1.27 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구인은 쟁점아파트를 89.2.25 OO조합아파트 조합원인 청구외 OOO으로 부터 분양권리를 양수받아 분양잔금을 89.5.13 청구외 OOO 명의로 납부하고 89.6.9 쟁점아파트에 입주하였으며, 청구인의 쟁점아파트보유 및 거주기간은 89.6.9 부터 92.7.25로 3년 1월이 경과하여 1세대1OO의 비과세 요건을 충족하였으므로 처분청이 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하고, 국세청장은 청구인이 쟁점아파트를 취득한 부동산 매매계약서만을 제시하고 잔금청산에 관련된 금융자료등을 제시하지 아니하고 있고 쟁점아파트의 등기부등본에는 청구인이 권리자로 90.1.13 매매예약을 원인으로 90.1.19 소유권이전 청구권 가등기를 한 것으로 되어있으나 청구인의 주장대로 89.6.9 이후 소유권을 취득한 후 거주하였지만 조합아파트이므로 소유권이전등기가 불가능하였다면 소유권보존등기와 동시에 소유권이전가등기를 하였어야 할 것이나 이를 이행하지 않은 것으로 보아도 청구주장은 이를 신뢰할 수 없다고 한다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 쟁점아파트 취득시기를 등기접수일로 보아 1세대 1OO의 비과세 요건에 해당하지 아니하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분이 타당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령

(1) 소득세법 제27조 및 같은법 시행령 제53조 제1항 제1호에 의하면 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하고 있으며 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금약정일로 하고 다만, 잔금 약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급 약정일로 부터 등기접수일 까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있다.

(2) 소득세법 제5조 제6호 자목에 의하면 대통령령이 정하는 1세대 1OO에 대하여는 양도소득세를 비과세하도록 규정하고 있고 같은법 시행령 제15조 제1항 및 같은항 제3호에 의하면 법 제5조 제6호 자목에서 “1세대 1OO 이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 OO을 소유하고 3년 이상 거주하는 것으로 하고 재무부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 거주기간의 제한을 받지 아니한다고 규정하고 있고 같은법 시행규칙 제6조 제4항 및 같은항 제1호의 규정에 의하면 영 제15조 제1항 제3호에서 “재무부령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우 라 함은 취학, 질병의 요양, 근무 또는 사업상의 형편으로 세대원이 다른 시(서울특별시 및 직할시를 포함한다)·읍·면으로 퇴거하는 경우에는 당해 주소 또는 거소에서 3년 이상 거주하지 못하게 되는 경우에 해당하는 것으로 규정하고 있고 같은조 제5항 제3호에 의하면 근무형편으로 퇴거하는 경우에 해당하는지 여부는 당해 근무처의 장이 발행하는 재직증명서에 의한 서류와 주민등록표등본에 의하여 확인하도록 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 청구인은 쟁점아파트의 잔금을 89.5.13 납부하고 89.6.7 청구외 OOO 명의로 소유권보존등기한 후 89.6.9 최초입주하여 92.7.25 양도시 까지 3년 이상 거주하고 보유하였으므로 1세대 1OO의 비과세 요건을 충족하였다고 주장하는 바 이를 살펴보면, 첫째, 거주기간을 보면 청구인의 주민등록등본에 의하면 청구인은 89.6.9 쟁점아파트에 입주하여 쟁점아파트를 양도한 92.7.25 까지 3년 1개월 거주한 것으로 되어 있으며, 청구인이 쟁점아파트에 89.6.16 입주한 것이 통반 적부에 의하여 확인되고 있는 사실, 청구인의 자 OOO이가 쟁점아파트 인근에 있는 OO미술학원에 입학한 사실 청구인은 쟁점아파트의 거주기간 중인 90.3.1 부터 91.2.28 까지 캐나다의 OO대학에 객원교수로 근무한 사실이 OO대학교총장의 해외파견 증명서에 의하여 확인되고 있는 사실등으로 미루어 보아 세대원이 근무형편상 해외로 이주하였다가 귀국하여 당해 OO에 재입주하여 양도한 것으로 인정된다. 따라서 직장의 사정으로 해외에 거주한 기간은 1세대1OO 거주기간에 합산하여야 할 것이다. (국세청 재일46070-238, 93.2.4 같은 뜻임) 둘째, 청구인의 쟁점아파트 취득시기를 보면 청구인과 청구외 OOO에 작성된 매매계약서에 의하면 청구인은 쟁점아파트를 89.1.7 매매계약하고 같은날 계약금 3,000,000원, 89.1.30 중도금 10,000,000원, 89.2.25 분양잔금을 지급하되 명의 이전은 준공후 3년후에 하는 것으로 하고 매수자는 가등기하며 총분양금액 39,046,000원에서 기납부한 25,300,000원을 제외한 분양잔금 13,746,000원은 매수인이 OOOO조합에 납부한다고 되어 있는 바, 청구인은 동 매매계약서에 의하여 쟁점아파트의 분양잔금을 89.5.13 OO은행 청구외 OOO 구좌에서 7,000,000원을 인출하여 양도자인 청구외 OOO의 명의 OO은행의 OOOO조합 구좌에 7,100,000원을 입금한 사실이 관련은행의 예금통장 사본에 의하여 확인되고 있는데 청구외 OOO은 청구인이 전세 입주하고 있던 서울특별시 성북구 OO동 OOOO OOO 단독OO 소유자로서 89.5.13 현재 청구인과 동일 주소지에 거주하던 자임이 확인되고 있으므로 동 7,000,000원은 청구인의 현금인 것으로 보인다. 또한 통상 아파트의 입주는 입주이전에 입주 잔금이 완불되어야 입주가 허용되는 점에 비추어 볼 때 청구인은 쟁점아파트에 입주한 89.6.9 이전에 잔금이 청산된 것으로 보인다. 따라서 입주일인 89.6.9 부터 양도일인 92.7.25 까지는 3년이상 소유하고 거주한 것으로 판단된다. 셋째, 청구인의 전산자료에 의하면 청구인은 쟁점아파트이외에 다른 OO을 보유한 사실이 확인되지 아니한다. 위 사실과 관계법령을 종합하여 보면, 등기부상 청구인이 90.10.13 쟁점아파트를 취득한 후 92.7.25 양도한 것으로 되어 있으나 청구인은 쟁점아파트를 89.5.13 에 취득하여 89.6.9 부터 92.7.25 까지 3년 1월기간중 소유하고 거주한 후 양도하여 1세대 1OO의 비과세 요건을 충족하게 된 것으로 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.