[참조결정] 국심1989서2192 / 국심1994구0934
[주 문] 여의도세무서장이 ’93.8.1 청구법인에게 환급신고한 26,477,411원을 환급하지 아니하고 경정고지한 ’93년 1기 부가가치세 17,359,214원의 부과 처분은 처분청이 공통매입세액으로 본 114,795,545원을 건물 총면적에 대한 임대면적이 차지하는 비율을 곱하여 공제가능한 매입세액을 계산하는 것으로 재경정한다.
[이 유]
1. 처분개요 청구법인 OOO는 서울시 영등포구 OOO동 OOO에서 부가가치세면세 사업인 증권업과 과세사업인 임대업을 겸업하는 법인으로서 ’93년 1기 부가가치세 확정신고시에 청소·경비용역비등 건물유지 관리비 114,795,545원(이하 “쟁점 매입세액”이라 한다)을 위 과세사업과 면세사업에 사용되는 면적에 따라 공제 매입세액을 49,110,210원으로 계산하고 환급받을 세액을 26,477,411원으로 신고하였다. 처분청은 쟁점 매입세액은 실지 귀속이 불분명한 공통매입세액이라 하여 총 공급가액에 대한 과세 공급가액의 비율로 안분하여 공제가능 매입세액을 9,258,737원으로 계산, 매출세액에서 동 금액을 공제하여 ’93.8.1 청구법인에게 ’93년 1기확정 부가가치세 17,359,214원을 부과하였다. 청구법인은 위 처분에 불복하여 ’93.9.27 심사청구를 거쳐 ’93.12.31 심판청구를 하였다.
2. 청구법인 주장과 국세청장 의견
- 가. 청구법인 주장 과세·면세겸업자인 청구법인의 경우 건물유지관리비에 따른 매입세액은 건물관리비를 임대면적에 따라 계산하여 징구하고 있으므로 실지 귀속이 분명한 경우로서 과세·면세사업에 공하는 면적비율에 따라 관련 매입세액을 계산하여 신고한 것은 정당하고 청구법인은 ’83년에 이미 사용면적 비율에 따라 각 매입세액을 계산해야 한다는 공적인 견해표명을 받은 바 있으므로 신의성실의 원칙에 위배되는 처분이라는 주장이다.
- 나. 국세청장 의견 이 건 사실관계를 보면 쟁점이 되는 청소용역비·경비용역비·건물수리비등은 실지귀속이 분명한 경우의 비용으로 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점 매입세액을 실지귀속이 불분명한 공통 매입세액으로 보아 총공급가액에 대한 면세공급 가액의 비율로 안분하여 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 이건 심판청구의 다툼은 쟁점 매입세액을 실지귀속이 불분명한 공통 매입세액으로 보아 총공급가액에 대한 과세공급가액 비율로 공제매입세액을 계산한 처분의 당부를 가리는데 있다.
- 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에서 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제61조 제1항에서 『사업자가 과세사업과 면세사업을 겸업하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. (단서생략) 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액×』이라고 규정하고 제4항에서 『제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.
1. 총 매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정 사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율』이라고 규정하고 있다.
- 다. 쟁점매입세액중 공제가능 매입세액을 얼마로 계산할 것인지에 대하여 이건 ’93.1기 부가가치세 확정신고 및 경정 결정내용을 보면 청구법인은 ’93.1기중 발생한 총매입세액 611,525,229원에서 이 사건과 직접 관련이 없는 건물중측 관련 매입세액 174,755,742원과 전기료 간주매출에 대응하는 매입세액 60,868,638원을 제외한 375,900,849원중 면세사업인 증권업에 전용하기 위하여 지출한 OOO 전용사무실 수선유지비, 컴퓨터 수리비 관련 매입세액 261,104,904원은 면세전용 매입세액으로 신고하였고 과세전용 매입세액은 없는 것으로 하여 쟁점매입세액 114,795,545원에 총면적(1,356,628평)에 대한 임대면적(580,570평)의 비율을 곱하여 공제가능 매입세액을 계산하여 신고하였고, 처분청은 쟁점매입세액이 실지귀속이 불분명한 공통매입세액이라 하여 총공급가액에 대한 과세공급가액 비율을 곱하여 공제가능 매입세액을 계산하였음이 확인되고, 처분청이 공통매입세액으로 본 쟁점매입세액 114,795,545원의 내역을 보면 건물시설 각층의 냉·난방시설과 위생관리비등 관련 매입세액 27,729,090원, 건물의 청소용역비 관련 매입세액 15,619,866원, 경비용역비 관련 매입세액 12,278,704원, 건물의 전력사용료, 보일러실, 기계실 동력 사용비 관련 매입세액 12,443,919원, 건물 각층의 가스사용료 관련 매입세액 5,187,324원, 건물 각층과 승강기 수선보수비등 관련 매입세액 41,536,642원으로 쟁점 매입세액은 당해 건물 전체면적의 유지관리비, 수리비, 전력요금, 동력비등에 관련되어 있음을 알 수 있다. 한편, 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에서 규정한 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액, 즉 공통매입세액은 과세 및 면세사업에 관련된 매입세액을 구분 계산할 수 있는 합리적인 기준이 없는 부득이한 경우로 해석하여야 할 것이며, 이건의 경우와 같이 면세사업에 사용하는 자가사용면적과 과세에 사용하는 임대면적이 엄격하게 구분되는 경우 그 사용면적은 실지귀속, 즉 실제구분의 가장 적합한 판단기준으로 볼 수 있어서 전체 건물의 유지관리에 따라 발생하는 매입세액은 건물 사용면적에 의하여 실지 귀속이 확인되는 것으로 보아야 할 것이다(국심 89서2192 ’90.4.11, 94구0934 ’94.5.19: 같은뜻임). 그렇다면 청구법인이 신고한 ’93.1기 부가가치세 매입세액중 전체건물의 유지관리에 따라 발생한 쟁점 매입세액 114,795,545원은 면세사업에 사용하는 건물면적과 과세사업에 사용하는 임대면적에 의하여 면세사업에 관련된 매입세액과 매출세액에서 공제받을 수 있는 과세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 함에도 처분청이 쟁점매입세액을 실지귀속이 불분명한 매입세액이라고 전제하고 공제가능 매입세액을 총공급가액에 대한 과세사업의 공급가액 비율로 안분계산한 처분은 잘못된 것으로 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.