수입씨앗의 판매가 면세에 해당하는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 서울특별시 종로구 OOO가 OOOOO에서 OO수목원(씨앗 및 묘목판매)을 경영하면서 ’93년 제1기 부가가치세 확정신고를 하였다. 처분청은 청구인이 부가가치세 신고시 면세업자 고유번호가 기재된 세금계산서를 첨부하여 매입세액공제 신고한 것을 확인하고 동 세금계산서가 사실과 다른 등록전 매입세액에 해당하는 것으로 보아 매입세액을 불공제하고 수입씨앗 공급가액 해당액을 과세공급가액으로 보아 93.8.16 청구인에게 ’93년 제1기 부가가치세 10,769,480원을 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 93.9.23 심사청구를 거쳐 93.12.23 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구인은 사업자가 사업을 개시한 후 사업자등록증(면세나 과세를 불문)을 교부 받아 사업을 하면 부가가치세법 제5조에 의하여 정당한 절차를 거친 것으로 89.6.26 면세 사업자 등록을 한 청구인에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하며, 수입씨앗은 수입시는 과세재화이나 수입 후에는 면세재화에 해당하므로 수입씨앗의 공급을 과세재화의 공급으로 본 것은 잘못이라고 주장한다. 국세청장은 청구인의 매입자료 내역 및 부가가치세 신고내역을 보면 면세사업자 고유번호로 교부 받은 매입세금계산서로서 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의 규정에 의한 사실과 다른 세금계산서에 해당하고 또한 매입세금계산서는 처분청으로부터 93.5.8 사업자 등록증을 교부받기 전의 등록전 매입세액에 해당하여 공제대상이 아니며, 청구인이 자기사업을 위하여 수입한 씨앗이므로 매입세액에서 공제하여야 한다는 주장은 과세사업자 등록 등 적법한 절차를 이행한 후에 공제할 수 있는 것이며 청구인이 수입 판매하는 씨앗은 부가가치세법 제12조 제1항 제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되지 아니하므로 처분청의 처분에는 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건의 쟁점은 면세사업자로 교부받은 세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분이 타당한지 여부와 수입씨앗의 판매가 면세에 해당하는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 이 건 시행당시의 관계법령을 보면, 부가가치세법 제17조 제2항에는 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기전의 매입세액』이라고 규정하고 있으며, 부가가치세법 제12조 제1항 제1호에는 『가공하지 아니한 식료품(식용에 공하지 아니하는 농산물·축산물·수산물과 임산물을 포함한다)및 우리나라에서 생산된 식용에 공하지 아니하는 농산물·축산물·수산물과 임산물로서 대통령령이 정하는 것의 재화와 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다』고 규정하고 있다.

• 다. 면세사업자로 교부받은 세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분이 타당한지 여부 청구인은 사업자가 사업을 개시한 후 면세나 과세를 불문하고 사업자등록증을 교부받아 사업을 하면 부가가치세법 제5조에 의하여 정당한 절차를 거친 것으로 면세사업자 등록을 한 청구인에 대하여 부가가치세를 과세한 처분이 부당하다고 주장하는 바 이를 살펴보면, 첫째, 청구인은 89.6.26 면세사업자 고유번호를 교부받은 바 있고 93.5.8 사업자 등록번호를 직권으로 교부받은 사실이 있으며, 둘째, 청구인이 93년 제1기 매입세액 세금계산서 내역 및 부가가치세 신고내역을 보면 면세사업자 고유번호로 교부 받은 매입세금계산서임이 확인되고 있다. 이상의 사실과 관계법령을 종합하여 보면 청구인이 면세사업자 고유번호가 기재된 세금계산서를 첨부하여 ’93년 1기 확정 부가가치세 신고를 한 바 있으나 이는 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 및 제5호의 규정에 의한 필요적 기재사항 중 일부가 기재되지 아니한 세금계산서에 해당하고 청구인이 처분청으로부터 93.5.8 사업자등록증을 교부받기 전의 등록전 매입세액에도 해당하여 공제대상이 아닌 것으로 판단된다.
• 라. 수입씨앗의 판매가 면세에 해당하는지 여부 청구인은 수입씨앗의 판매를 면세행위로 보아야한다고 주장하는 바 이를 살펴보면, 첫째, 93.12.31 이전에는 수입씨앗은 부가가치세법 제12조 제1항 제1호의 규정에 의하여 미가공 식료품 및 우리 나라에서 생산된 식용에 공하지 아니한 농산물·축산물·수산물과 임산물에 해당하지 아니하여 과세 품목에 해당하였으나, 94.1.1 부터는 부가가치세법 시행규칙 제10조 제1항의 미가공 식료품 범위의 별표1 미가공식료품분류표에 수입씨앗(채소씨앗)이 포함되어 면세품목에 해당하도록 규정을 개정하여 94.1.1 이후 최초로 공급하는 분부터 적용하도록 하고 있다. 둘째, 청구인이 93.1.1～6.30 과세기간 중 수입씨앗을 국내에 공급한 가액은 85,990,481원인 것이 확인된다. 이상의 사실과 관계법령을 종합하여 보면 수입씨앗 공급가액 85,990,481원을 과세재화의 공급가액으로 본 것에 잘못이 없다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.