부가가치세 신고시 가공매입세금계산서상의 매입세액을 공제받았으나당해 사업연도 법인세 신고시 이를 손금으로 계상하지 아니하였음에도과세관청이 손금불산입한 처분의 당부(경정)

[주 문] 용산세무서장이 93.7.18 청구법인에게 경정고지한 ’92사업년도 법인세 7,172,690원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 처분청은 경비·청소용역업을 영위하는 청구법인이 ’92.1.1～12.31 사업년도 법인세신고시 가공매입세금계산서 가액 27,587,300원을 손금계상하였다고 보아 이를 손금불산입하여 93.7.18 청구법인에게 ’92사업년도 법인세 7,172,690원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.9.8 심사청구를 거쳐 93.12.4 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인의 경우 비록 ’92년도 부가가치세신고시 위 가공매입세금계산서 가액을 신고하여 당해 매입세액을 공제받았으나 93.3.28 법인세신고시는 이를 손금계상하지 아니하였으므로 당초처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인이 손금계상하지 않았다는 증거로서 매입매출장등을 제시하고 있으나 위 장부만 갖고는 법인결산시 비용처리했는지 여부를 확인할 수 없을 뿐만 아니라 청구주장을 뒷받침 할 만한 입증자료가 달리 제시되지 않고 있는 이상 그 주장은 받아 들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단 이 건은 가공매입세금계산서 가액 27,587,300원을 손금불산입한 당초처분의 당부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

• 가. 처분경위 쟁점사건은 청구법인에게 화장지용품을 공급하였던 청구외 OO상사를 93.3월경 조사하는 과정에서 파생된 사건인 바, 성북세무서장은 청구외 OO상사가 화장지 판매업을 하면서 90.11.1～92.21.31 기간동안 실물거래없이 2,376,926천원 상당의 세금계산서를 교부하였다는 확인서를 93.3.20 OO상사로부터 징취하는 한편 청구법인이 92.4.1～92.12.31 기간동안 OO상사한테서 수취한 36매 세금계산서가액 68,294,000원 중 14매 27,587,300원 상당이 실물거래없이 가공매입한 가액임을 확인하는 확인서를 93.3.9～3.13 경 청구법인으로부터 징취한 사실이 과세자료에 나타나 있고, 이를 92.4.28 수보한 용산세무서장(처분청)은 청구법인이 93.3.28 기히 신고한 ’92사업년도 법인세 신고내용을 부인하고 전시 가공매입액 27,587,300원을 손금불산입하여 이 건 법인세를 경정한 사실이 확인되고 있다.
• 나. 손금불산입한 당초처분의 당부

(1) 청구법인은 이 건 가공매입 사실을 확인하는 확인서를 93.3.9～3.13 경 성북세무서장에 제출한 후인 93.3.28 법인결산서등을 첨부하여 ’92사업년도 법인세를 신고하였으나, 처분청은 그후 93.4.28 위 확인서등 과세자료를 수보하자 청구법인의 결산서등 법인세 신고자료를 별달리 조사하지 아니하고 위 가공매입액 27,587,300원이 일응 손금계상되었다고 보아 그 상당액을 손금불산입한 사실이 확인되고 있다.

(2) 청구법인이 ’92사업년도 법인세신고를 위하여 처분청에 제출한 매입장등 비용관련 자료를 대사한 바에 의하면 이 건 가공매입액이 비용으로 계상된 바 없음이 확인되고, 한편 위 비용관련 자료를 분석한 바에 의하더라도 ’92사업년도의 총비용은 영업외비용 1,280,000원 포함 394,950,000원으로서 그중 인건비 성격이 313,849,000원으로 총비용의 79.5%를, 고정비성격이 25,533,000원으로 6.5%를 그리고 가변비성격이 54,287,000원으로 13.7%를 각각 점하고 있고, 위 가변비(소모품비등) 54,287,000원이 법인세 신고시의 장부상 매입액 51,007,000원과 거의 일치하고 있을 뿐만 아니라, 위 장부상 매입액 51,007,000원 또한 ’92년도분 부가가치세 매입신고액 78,680,000원 중 이 건 가공매입신고액 27,587,000원을 제외한 매입신고액 51,093,000원과도 일치하고 있으며, 아울러 청구법인의 경우 경비·청소용역업체로서 그 비용의 규모나 구조가 비교적 소액이고 단순·간단한 점을 감안할 때 이 건 가공매입액 27,587,000원이 위 총비용 394,950,000원에 분식계상되어 있을 여지는 거의 없는 것으로 인정된다.

(3) 이상을 종합하면 청구법인이 가공매입사실을 과세관청에 기히 확인(93.3.9～3.13 경)한 다음 법인세를 93.3.29 신고하였던 이 건의 경우 그 가공매입액을 비용계상하는 것이 통상적으로 어려울 뿐만 아니라 전시 결산서나 매입장부등 비용자료에도 위 가공매입액을 비용처리한 사실 또한 나타나지 않고 있어 이 건 가공매입액 27,587,300원을 법인세신고시 손금계상하지 않았다는 청구주장은 이유있는 것으로 보이고, 따라서 위 가공매입액이 손금에 계상된 사실이 없음에도 손금에 계상된 것으로 보아 손금을 부인한 당초처분은 사실조사를 그르친 부당한 처분으로 판단된다.

• 다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.