[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 처분개요 청구인은 OOO 및 OOO(이하 “청구인들”이라 한다)은 ’88.9.9 주식회사 OO주택(이하 “OO주택”이라 한다)를 부산직할시 남구 OO동 O OOOO 및 O OO 임야 22,815㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 국민주택 건설용지로 양도하였고, ’89.5.24 양수자인 OO주택은 당초 사업승인시의 국민주택비율 62%로 양도소득세 감면신청하여 감면받았으나 OO주택은 그 후 국민주택 비율을 80.06%로 사업변경승인 받아 ’93.6.4 준공하였으며, ’93.8 청구인들은 변경 승인된 국민주택비율 80.06%에 따른 양도소득세 추가 감면세액 298,866,920원을 신청하였다. 처분청은 ’94.3.22 청구인들의 양도소득세 추가감면세액 신청을 거부하는 처분을 하였다. 청구인들은 이에 불복하여 ’94.5.19 심사청구를 거쳐 ’94.8.9 심판청구하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 청구인들이 ’88.9.9자로 쟁점토지를 OO주택에 국민주택 건설용지로 양도하고, 양수자인 OO주택이 국민주택 비율을 당초 62%로 사업승인을 받아 확정신고 기간내에 양도소득세 감면신청을 하여 사전 감면을 받았는 바, 그 후 국민주택 비율을 80.06%로 변경하는 내용으로 건설부장관으로부터 변경승인을 받아 준공하였다. 양도세 감면시 적용되는 국민주택비율은 통상적으로 승인된 사업계획에 의하는 것이나 이것이 건설부장관의 승인에 의하여 변경된 경우에는 당초 건설부장관의 사업계획승인이 변경된 승인내용과 일체되어 단일의 사업계획 승인이 되는 것이고 그에 관련된 모든 세법상의 처분을 비롯한 행정처분도 그 변경된 사업계획에 따라야 하는 것이다. 따라서 변경된 국민주택 비율 80.06%에 대하여 양도소득세를 감면하여야 하므로, 청구인들이 추가 감면분에 대하여 적법하게 환급신청을 하였으나, 처분청이 이를 거부한 처분은 부당하다.
- 나. 국세청장 의견 청구인들은 변경된 국민주택 비율 80.06%를 적용하여 양도소득세를 감면하여 기납부세액은 환급하여 줄 것을 요구하나, 조세감면규제법 관련규정을 적용하여 보면 이건 부동산에 대한 확정신고 기한까지 양수자인 OO주택이 면제 신청한 국민주택 건설비율 62%에 대하여만 양도소득세를 면제한 처분은 잘못이 없고, 이건의 경우와 같이 추후, 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의하여 승인을 얻은 사업계획 또는 준공검사서상의 국민주택비율등이 조세감면규제법 제19조 제4항의 국민주택 비율등을 초과하는 경우에 그 초과하는 부분에 대한 세액을 환급하지 아니하는 것으로 재무부가 유권해석하고 있는 바(같은뜻: 재무부 재산 46014-58, ’94.2.2), 처분청이 청구인들의 이 건 환급청구에 대하여 거부한 처분은 달리 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 당초 사업계획승인된 국민주택비율이 사업변경승인으로 증가된 경우 변경된 국민주택비율에 따라 양도소득세를 추가감면할 수 있는지를 가리는 데 있다.
- 나. 관련법령 조세감면규제법(’89.12.30 개정전의 것) 제62조 제1항에서 “내국인이 토지를 국민주택의 건설용지로 양도하고 이를 취득한 자가 대통령령이 정하는 기한내에 국민주택을 건축한 경우에는 당해 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 그 토지를 양도한 내국인에게 환급한다. 다만, 한국토지개발공사 기타 대통령령이 정하는 실수요자에게 양도하는 경우에는 양도소득세를 면제한다”고 규정하고 같은법시행령 제50조 제3항 제2호에서 “대통령령이 정하는 실수요자”는 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자를 규정하고, 제8항에서 “실수요자가 주택을 건설함에 있어서는 국민주택과 그 이외의 주택을 함께 건설하는 경우의 면제세액 계산에 관하여는 재무부령으로 정한다”고 규정하였다. 또한 같은법 제62조 제3항에서 “제1항의 규정은 토지를 양도한 내국인이 대통령령이 정하는 바에 의하여 신청하는 경우에 한하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 단서의 경우에는 그 매입자가 신청하여야 한다”고 규정하고 있고, 같은법시행규칙 제19조 제4항에서 “령 제50조 제10항의 규정에 의한 신청일까지 사업계획의 승인을 얻지 못한 때에는 대한주택공사등이 작성한 사업계획에 의하여 신청하는 공공시설용지 비율과 국민주택 비율에 의한다.”고 규정되어 있다.
- 다. 이건 사실관계를 보면,
(1) 청구인들은 쟁점토지를 ’88.9.9. 국민주택건설등록 사업자인 OO주택에 아파트 건설용지로 양도하였고, OO주택은 ’89.3.11 쟁점토지중 16,441㎡에 대하여 국민주택비율 62%로 하여 주택건설사업계획승인을 받은 다음 ’89.5.24 국민주택 건설비율을 62%로 하여 처분청에 양도소득세 면제신청서를 제출하였으며, 청구인들도 양도소득세를 동 비율로 감면받아 납부한 사실이 확인되고,
(2) OO주택은 ’90.1.25 착공한 다음 ’90.9.21 및 ’90.9.25 다른토지를 취득하여 사업대상토지를 24,293㎡로 확장하고 당초의 국민주텍 비율 62%를 80.06%로 변경하여 건설부장관의 사업승인을 받아 ’93.6.4 아파트를 준공하였음이 확인된다.
- 라. 사업변경 승인으로 증가된 국민주택비율에 따라 추가로 양도소득세를 감면 할 수 있는지에 대하여 청구인들은 양도소득세 감면시 적용되는 국민주택 비율은 통상적으로 승인된 사업계획에 의하는 것이나, 당초 건설부장관의 사업계획승인이 변경된 경우에는 당초 사업계획승인은 변경승인된 내용을 포함하여 단일의 사업계획승인이 되는 것이므로 변경된 국민주택비율에 따라 양도소득세를 감면하여야 한다고 주장하나, 첫째, OO주택이 쟁점토지에 대하여 추가로 국민주택비율을 증가시키는 사업계획변경승인을 받은 것이 아니라 쟁점토지의 인근토지를 취득하여 국민주택을 건축하는 사업변경승인을 받음으로써 쟁점토지를 포함한 사업대상 토지전체의 국민주택 비율이 증가한 것이므로 쟁점토지에 대한 국민주택 비율은 변동이 없다고 보여지고, 둘째, 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의하여 승인을 얻은 사업계획 또는 준공검사서상의 국민주택비율등이 조세감면규제법 시행규칙 제19조 제4항의 국민주택 비율등을 초과하는 경우에는 청구인들의 소득세과세표준확정신고 기한이 경과되어 추가로 양도소득세 감면신청을 할 수 없으므로 그 초과하는 부분에 대한 세액을 환급할 수 있는 방법이 없다. 그러므로 변경된 국민주택비율에 의하여 추가로 양도소득세를 감면하라는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.