건설자금이자를 자본적 지출로 보아 취득가액에 가산하여 양도차익을 계산할 수 있는지의 여부(취소)

[주 문] 동래세무서장이 93.10.24 청구법인에게 결정고지한 91사업년 도분 법인세 106,449,260원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 처분청은 청구법인이 87.3.20 서울 송파구 OO동 OOOOOO, OO 소재 대지 1,009.6㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매입한 후 91.7.1 그 지상에 건물 4,719.4㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하여 입주한 사실도 없이 91.10.23 청구외 (주)OO종합건설에 양도하고 이에 대한 특별부가세를 신고함에 있어 쟁점건물 신축에 소요된 건설자금이자 317,670,865원(이하 “쟁점건설자금이자”라 한다)을 법인세법 제16조 제11호의 규정에 의거 자본적지출로 취득가액에 가산하고 특별부가세 과세표준을 신고한 사실을 확인하고 동 건설자금이자액을 취득가액에서 제외하고 양도차익을 계산하여 93.10.24 청구법인에게 91사업년도분 법인세 106,449,260원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.12.6 심사청구를 거쳐 94.3.21 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인은 새로이 개발한 신제품인 포도주(OOOO)의 주된 시장인 서울지역의 시장관리를 위해 쟁점건물을 서울지사 사옥으로 신축하였으나 포도주수입개방으로 인한 판매감소와 자금사정악화로 부득이 쟁점건물을 양도하게 되었는 바 처분청은 쟁점건물의 신축 및 양도경위를 따지지 아니하고 단순히 청구법인이 건물 준공후 입주하지 아니하고 양도하였다는 이유만으로 쟁점건물을 사업용 고정자산이 아닌 것으로 보아 건설자금이자를 취득가액에 가산하지 아니하고 과세함은 명백히 부당하며 설사 쟁점건물이 사업용이 아니라고 하더라도 법인세법 시행령 제124조의2 제2항에 의거 취득가액에는 건설자금이자와 자본적지출액을 가산하도록 규정하고 있음에도 처분청은 쟁점건물신축에 소요된 건설자금이자를 취득가액에 가산치 아니하고 이 건 과세함은 부당하다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점부동산을 사업용 고정자산으로 인정하여 건설자금이자상당액을 취득가액에 가산하여야 한다고 주장하나 쟁점부동산이 사업용 고정자산으로 인정되는 경우에만 자본적지출로 보아 취득가액에 가산할 수 있는 것인 바 청구법인은 쟁점건물신축후 입주도 하지 아니하고 바로 양도한 사실로 미루어 볼 때 이를 사업용 고정자산으로 볼 수 없으므로 쟁점건설자금이자를 자본적지출로서 취득가액에 가산하지 아니하고 특별부가세 과세표준을 계산하여 과세한 당초처분은 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건은 쟁점건물신축에 소요된 건설자금이자를 자본적 지출로 보아 취득가액에 가산하여 양도차익을 계산할 수 있는지의 여부를 가리는데 그 쟁점이 있다.
• 나. 관계법령 법인세법 제16조의 규정에 의하면 『다음 각호에 게기하는 손비는 내국법인의 각사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다』라고 하면서 그 제11호에서는 『법인의 차입금중 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 금액의 이자와 채권자가 불분명한 사채의 이자』라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제33조 제1항의 규정에 의하면『법 제16조 제11호에서 “건설자금에 충당한 금액의 이자”라 함은 그 명목 여하에 불구하고 해당사업용 고정자산의 매입·제작·건설(기존 고정자산의 증설·개량을 제외하며, 이하 이 조에서 “건설”이라 한다)에 소요되는 차입금에 대한 지급이자 또는 이에 유사한 성질의 지출금을 말한다』라고 규정하고 있고 제2항에서는 『제1항의 지급이자 또는 지출금은 건설이 준공된 날(토지매입의 경우에는 그 대금을 완불한 날 또는 해당 토지를 사업에 직접 제공한 날)까지 자본적지출로 하여 그 원본에 가산한다』라고 규정하고 있다. 한편 법인세법 제59조의2 제1항에서는 『특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물·부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다』라고 규정하면서 그 제2항에서는 『제1항에서 “양도”라 함은 토지 등에 대한 등기에 관계없이 매도·교환·법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 다만, 법인의 합병 또는 조직변경으로 인하여 소유권이 이전되는 경우 및 토지구획정리사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 양도로 보지 아니한다』라고 규정하고 그 제3항에서는 『제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다』라고 규정하면서 그 제1호에서 『취득가액....』이라고 규정하고 있고 같은법시행령 제124조의2 제1항의 규정에 의하면『법인이 각 사업년도에 2 이상의 자산을 양도한 경우에 있어서 법 제59조의2 제1항에 의한 특별부가세의 과세표준은 당해 사업년도에 양도한 자산별로 법 제59조의2 제3항에 의하여 계산한 양도차익을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산중 법 제59조의2 제3항 제1호 및 제2호의 합계액이 당해 자산의 양도가액을 초과하는 자산이 있는 때에는 그 초과하는 금액을 차감하여 특별부가세의 과세표준을 계산한다』라고 규정하고 그 제2항에서는 『법 제59조의2 제3항에서 “취득가액” 이라함은 제48조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액(부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다), 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적지출액을 합계한 금액을 말한다』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 처분청은 쟁점건설자금이자액이 317,670,865원이라는 사실에 대해서는 다툼이 없으나 쟁점부동산을 사업용 고정자산으로 볼 수 없으므로 쟁점건물 신축과 관련하여 발생한 건설자금이자는 쟁점부동산의 취득원가에 가산할 수 없다고 하는 바 이에 대한 타당성여부에 대하여

(1) 쟁점부동산이 사업용 고정자산에 해당되는지 여부를 본다. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득하여 건물신축후 입주도 하지 아니하고 바로 양도하였으므로 이를 사업용 고정자산으로 볼 수 없다고 하나 청구법인의 쟁점부동산 취득경위를 살펴보면 청구법인은 포도주판매의 주된 시장인 수도권지역의 판매확장을 위하여 사옥을 건립할 목적으로 87.3.20 쟁점토지 1,009.6㎡를 한국토지개발공사로부터 업무용지로 취득한 사실이 쟁점부동산 매매계약서에 의해 확인되고 있으며, 쟁점건물을 청구법인의 서울지사 사옥용으로 사용하기 위하여 신축한 사실이 청구법인의 이사회 회의록 및 쟁점건물 신축도급계약서에 의해 확인되고 있는 점 등을 감안할 때 쟁점토지는 청구법인의 업무용 사옥부지로 매입하였고 그 지상에 신축된 건물은 청구법인의 서울지사 사옥으로 사용하기 위해 건축된 것으로 보인다. 한편 쟁점부동산의 양도경위를 살펴보면 청구법인은 포도주 수입개방과 판매부진으로 인한 자금사정악화로 91.10.23 쟁점부동산을 4,552,000,000원에 (주)OO종합건설에 양도하였고 92.8.25에는 포도주공장 및 농장 등 일체를 (주)OO에 매각한 사실이 인정된다. 위의 사실들을 종합하여 보면 청구법인이 양도한 쟁점부동산은 청구법인의 사업용고정자산으로 보는 것이 타당하며 처분청이 쟁점부동산의 취득 및 양도경위를 고려함이 없이 단순히 쟁점건물 준공후 청구법인이 입주한 사실이 없었다는 이유만으로 쟁점부동산을 사업용 고정자산이 아니라고 본 것은 사실 판단을 그르친 것이라고 판단된다.

(2) 쟁점건물신축에 투입된 쟁점건설자금이자를 쟁점부동산 취득가액에 가산하여 양도차익을 계산할 수 있는지의 여부를 본다. 먼저 관련법령을 살펴보면 법인세법 제16조와 같은법시행령 제33조의 규정에 의하면 건설자금에 충당한 금액의 이자는 사업용 고정자산의 건설에 소요된 차입금에 대한 지급이자로 보고 있고, 이 건설자금이자는 당해 건물이 준공된 날까지 자본적지출로 하여 원본에 가산하도록 규정하고 있으며 이를 각 사업년도의 소득금액계산상 손금에 산입하지 못하도록 규정하고 있고 법인세법 제59조의2와 같은법시행령 제124조의2의 규정에 의하면 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적지출액은 특별부가세 과세표준을 계산함에 있어 취득가액에 가산하여 양도차익을 계산하도록 규정하고 있다. 따라서 청구법인은 위 규정에 의거 쟁점건설 자금이자를 소득금액계산상 손금에 산입하지 아니하고 쟁점건물의 취득원가에 가산하여 자본적지출로 처리하였음을 알 수 있다. 그렇다면 청구법인이 쟁점건설자금이자액을 쟁점부동산 취득가액에 가산하여 특별부가세 과세표준을 계산한데는 잘못이 없는 것으로 보인다. 위의 사실들을 종합하여 보면 쟁점건설자금이자는 쟁점건물에 대한 자본적지출로서 그 취득원가에 가산하여 양도차익을 계산하는 것이 타당하고 처분청이 이를 사업용 고정자산이 아니라는 이유만으로 특별부가세 과세표준계산에 있어서 쟁점건설자금이자공제를 부인한 것은 잘못된 처분이라고 판단된다. 따라서 이 건 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.