[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인(학교법인)은 청구외 주식회사 해운대 OO호텔(이하 “체납법인”이라 한다)의 발행주식 100%를 소유하였던 과점주주로서 90.3.26 체납법인의 청산시 체납법인이 소유하였던 부산직할시 해운대구 O동 OOOOOO외 1필지 토지 3,309평 및 건물 3,735평(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 양도하고 받은 매각대금 25,180,000,000원 등 총 잔여재산 25,227,692,147원 O에서 은행부채 등을 변제하고 남은 19,662,270,000원을 체납법인의 청산인으로부터 분배받은 사실이 있다. 처분청은 체납법인에 부과한 90.2.1～90.3.26 사업년도분 법인세(위 체납법인 소유 부동산의 양도에 대한 특별부가세) 3,573,558,950원 및 동 가산금 893,389,640원이 체납되자 93.8.25 국세기본법 제39조에 의거 청구법인을 위 체납액에 대한 제2차 납세의무자로 지정하고 납부통지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.10.12 심사청구를 거쳐 93.12.22 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 법인세법 제1조 및 조세감면규제법 제67조의3의 규정에 의하면 사립학교법 제10조에 의하여 설립된 법인은 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과하고 학교법인의 토지 등에 대한 특별부가세를 면제하게 되어 있는 바, 청구법인은 학교법인으로서 체납법인의 발행주식 100%를 소유하였고 쟁점부동산의 매각대금의 대부분을 분배받은 점으로 볼 때 쟁점부동산의 실질적인 소유자는 청구법인으로 볼 수 있으므로 위 법인세법과 조세감면규제법의 취지상 쟁점부동산의 양도에 대하여는 특별부가세가 면제되어야 할 것이므로 이 건 제2차 납세의무자지정 및 납부통지는 취소되어야 한다는 주장이다.
- 나. 국세청장 의견 체납법인이 소유하였던 쟁점부동산은 청구법인이 양도한 것이 아니고 영리법인인 체납법인이 양도한 것이므로 청구법인이 주장하는 특별부가세 면제규정은 적용할 수 없으며, 따라서 체납법인의 발행주식 100%를 소유한 청구법인을 이 건 체납액에 대한 제2차 납세의무자로 지정하고 납부통지한 처분은 정당하다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 이 건은 청구법인을 주식회사 해운대 OO호텔(체납법인)의 체납액에 대한 제2차 납세의무자로 지정하고 납부통지한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 다툼이 있다.
- 나. 관련법령 국세기본법 제39조에서 “법인의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무의 성립일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다”고 규정하면서 그 제2호에서 “주주 또는 유한책임사원 1인과 그외 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들로서 그들의 소유주식금액 또는 출자액의 합계액이 당해 법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자”라고 규정하고 있다.
- 다. 사실관계 첫째, 청구법인은 이 건 납세의무성립일 현재 체납법인의 발행주식 100%를 소유하고 있었고, 체납법인의 운영을 실질적으로 지배하였던 과점주주라는 사실에 대하여는 다툼이 없다. 둘째, 쟁점부동산의 양도대금 등 체납법인의 잔여재산가액은 25,227,692,147원이었으나 체납법인의 청산과정에서 은행부채 1,600,672,000원을 포함한 5,565,422,147원을 채무 등으로 변제하고 남은 19,662,270,000원을 청구법인이 분배받은 관계로 이 건 제2차 납세의무자지정통지일 현재에는 체납법인이 소유하고 있는 재산은 전혀 없는 것으로 확인된다. 셋째, 쟁점부동산 양도에 대하여 청구법인은 법인세(특별부가세)가 면제되어야 한다는 주장이나, 이는 영리법인인 체납법인의 소유였던 부동산을 양도한 것으로서 그 양도소득은 체납법인에 귀속되는 것이므로 조세감면규제법 제67조의3에서 정한 학교법인이 소유하는 토지양도에 대한 특별부가세 면제규정은 적용될 여지가 없다. (동지: 대법원 93누12275, 93.8.27) 위 법규정과 사실을 종합하여 보면, 체납법인에게 부과된 법인세(특별부가세)가 면제되어야 한다는 청구주장은 이유없고 체납법인의 과점주주인 청구법인을 이 건 체납액에 대한 제2차 납세의무자로 지정하고 납부통지한 처분은 적법한 것으로 판단된다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.