93.2.19 준공한 당초공사 관련 매입세액이 사업자등록전 매입세액에 해당하는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 경상북도 경산군 하양읍 OO리 OOOOOOO 외 2필지 및 같은 리 OOOOO에 건물 6개동(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 아래와 같이 신축(1993.2.19 준공시 에이(A)동 및 비(B)동은 각각 720㎡로 신축되었다가 1993.6.11 각각 990㎡로 증축되었으며, B동 및 씨(C)동도 당초 A동과 같이 버섯재배용 건물이었으나 1993.9.27 용도변경)하였고 그 신축에 따른 매입세액과 기타 시설 등을 위한 매입세액을 모두 공제되는 것으로 하여 1993년 제1기 부가가치세 신고시 매입세액 14,000,000원, 1993년 제2기 부가가치세 신고시 매입세액 50,728,550원을 신고하여 환급받았다(동 과세기간 중 매출세액은 없었다). 쟁 점 건 물 내 역 소 재 지 건물구분 면적(㎡) 용 도 OO리 OOOOO외 2필지 A동 B동 C동 990 990 330 버섯재배사 공장-과실 및 채소절임식품 제조 사무실, 식당, 창고 같은 리 OOOOO 1동 2동 3동 216 83.25 360 저온창고 사무실 농산물보관창고 건 물 총 면 적 2,969.25 처분청은 청구인에 대한 부가가치세 환급조사를 실시한 결과 청구인이 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자이므로 면세사업(버섯재배)용 자산인 쟁점건물중 A동 버섯재배사 신축 및 버섯재배시설의 구입·설치에 따른 매입세액과 쟁점건물중 1993.2.19 사용검사를 필한 부분에 해당하는 매입세액은 등록전 매입세액에 해당하여 공제할 수 없는 것이라 해서 1993년 제1기분 12,726,951원과 1993년 제2기분 47,574,696원을 매입세액 불공제하여 1994.3.18 청구인에게 1993.1기분 부가가치세 13,999,640원과 1993.2기분 부가가치세 52,332,160원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1994.5.6 이의신청, 1994.6.23 심사청구를 거쳐 1994.9.23 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구인은 농산물의 국제교역이 날로 증대됨에 따라 우리농산물의 경쟁력을 향상시키기 위해 병재배가 가능한 팽이버섯, 만가닥버섯, 버들송이 등의 재배·가공을 위한 최신시설을 설치하여 고품질 고부가가치의 버섯가공식품을 제조 판매할 계획으로 경산군수로부터 중소기업 창업계획의 승인을 받고 1993.5.10 처분청에 사업자등록을 한 후 공장설립을 위한 시설투자에 따른 매입세액 64,728,550원을 환급받은데 대하여 처분청은 청구인이 부가가치세 면세·과세사업의 겸영자라 하여 버섯재배 관련 투자금액에 대한 매입세액 및 등록 전 매입세액으로서 1993.1기분 12,726,951원, 1993.2기분 47,574,696원을 매입세액 불공제 하였으나,

(1) 청구인은 버섯을 가공하는 제조업자로서 원료로 쓰이는 버섯을 일부는 외부에서 공급받고 일부는 자체생산, 조달하고자 버섯을 재배하는 것이므로 재배된 버섯은 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 과세사업을 위한 원료·자재 등으로 사용소비하기 위하여 반출하는 것으로 재화의 공급에 해당하지 아니함에도 처분청이 청구인의 버섯재배를 면세사업에 대한 재화의 공급으로 보아 관련매입세액을 불공제함은 부당하며,

(2) 청구인은 동일 공장단지 안에 버섯재배사 및 가공공장을 신축함에 있어 일괄공사도급계약을 체결하고 공장전체를 준공하는 작업진행에 맞추어 대가를 지급하기로 약정하였고 다만 버섯시험재배에 사용하기 위하여 일부 완성된 건물에 대하여 준공검사를 득하여 사용하면서 나머지 공장신축공사를 계속하였는 바 청구인은 시공자와 쟁점건물 전체에 대하여 공사계약을 체결하였고 대가의 지급에 관한 확정적인 약정을 하였으므로 그 공급시기는 사업자등록일 이후임에도 불구하고 처분청이 1993.2.19 준공한 면적에 해당하는 매입세액과 기초공사와 관련한 시멘트, 벽돌, 철물, 목재, 레미콘의 매입에 따른 매입세액을 등록 전 매입세액으로 본 것은 부당하다.

• 나. 국세청장 의견

(1) 청구인은 자체생산한 버섯을 외부에 판매하지 아니하고 버섯가공식품을 만들기 위한 원료로 사용하기 위한 것이므로 버섯재배와 관련한 매입세액은 공제되어야 한다고 주장하고 있으나, 1993년 4월 경산군수로부터 과실 및 채소절임식품 제조업 사업계획을 승인받고 사업에 착수하였지만 현재까지 버섯재배시설만 완성되어 재배하고 있을 뿐 가공시설은 설치하지 아니하였고 추후에 가공시설을 설치한다 하더라도 과세사업인 버섯가공시설과 면세사업인 버섯재배시설은 구분이 명확하므로 면세관련 매입세액을 불공제한 처분은 정당하며,

(2) 쟁점건물의 공사에 따른 매입세금계산서는 판넬공사에 대하여 1993.10.31 공급가액 51,000,000원, 철골공사에 대하여는 1993.5.24 공급가액 100,000,000원, 1993.5.31 공급가액 40,000,000원에 대한 세금계산서를 교부받았으나 쟁점건물은 증축부분을 제외한 면적에 대하여 1993.2.19 준공된 것으로 확인되어 실제 용역공급은 1993.2.19 완료된 것이므로 위 세금계산서의 매입세액과 기초공사를 위한 자재매입에 따른 매입세액은 사업자등록전 매입세액에 해당하므로 처분청이 이를 매입세액 불공제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단 이 건 심판청구는 ①청구인이 면세사업을 영위한다 하여 그에 해당하는 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부(쟁점1)와 ②쟁점건물중 1993.2.19 준공한 부분의 신축에 따른 매입세액이 등록전 매입세액에 해당된다 하여 이를 불공제하고 과세한 처분의 당부(쟁점2)에 다툼이 있다.

• 가. 쟁점1에 대하여 살펴본다. 먼저 관련법령을 살펴보면, 부가가치세법 제17조 제2항에서 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』고 하고 제4호에서 『제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)』을 규정하고 있다. 처분청은 청구인이 부가가치세 면세사업인 버섯재배업과 과세사업인 버섯가공업을 겸영하는 것으로 보고 쟁점건물 중 버섯재배사인 A동과 버섯재배시설 설치공사에 따른 매입이 면세사업과 관련된 자산의 매입에 해당한다 하여 쟁점건물의 신축을 위한 철골공사와 판넬공사에 따른 매입세액중 쟁점건물 전체면적에 대한 A동 면적의 비율로 안분계산한 매입세액과 버섯재배시설 설치공사에 따른 매입세액을 불공제하였으며, 이에 대하여 청구인은 경산군수로부터 승인받은 중소기업창업계획에 청구인이 재배한 버섯 전량을 버섯가공에 사용하기로 한데 근거하여 면세사업은 영위하지 아니하고 과세사업만 영위하므로 처분청의 매입세액 불공제는 부당하다고 주장한다. 살피건대 청구인은 부가가치세 면세사업을 영위하지 아니한다고 주장하고 있으나, ①쟁점건물중 1993.2.19 사용검사를 필한 쟁점건물부분은 물론 1993.3.8 증축허가에 의한 증축당시에도 쟁점건물중 A, B, C동은 그 용도가 버섯재배사였고 버섯가공용 건물은 없었으며, ②처분청의 이 건 조사시까지 버섯가공용 시설공사를 한 사실이 없고 단지 버섯재배사인 A동만 가동하여 버섯을 재배하였으며, ③쟁점건물 A동 전체에서 버섯을 재배하였고 그 재배한 버섯의 생육기간과 재배면적을 감안할 때 다량의 버섯을 생산하였음에도 불구하고 생산한 버섯을 버섯가공시설의 설치·가동시까지 저장하고 있지도 아니하며 저장도 불가능하므로 이를 판매처분한 것으로 보아야 하는 점 등을 종합하여 보면 청구인은 부가가치세 면세사업을 영위한 것으로 봄이 타당한 것으로 인정된다. 그렇다면 처분청이 부가가치세 면세사업에 관련된 매입세액을 불공제하고 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
• 나. 쟁점2에 대하여 살펴본다. 부가가치세법 제17조 제2항에서 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』고 하고 제5호에서 『제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기전의 매입세액』을 규정하고 같은 법 시행령 제60조 제7항에서 『법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.』고 규정하고 있다. 한편, 같은 법 제9조 제2항에서 『용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.』고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제22조에서 『법 제9조 제2항에 규정한 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급·중간지급·연불 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때』라고 규정하고 있다. 사실관계를 보면, 첫째, 청구인은 1993.5.10 제조·버섯가공의 업종으로 사업자등록을 신청하여 부가가치세 과세사업자로 등록하였으며, 둘째, 쟁점건물은 1992.8.22 A동과 B동을 각각 720㎡로 하고 위 두동의 건물과 C동의 용도를 버섯재배사로 한 것을 포함하여 나머지 쟁점건물의 건축허가를 받아 공사를 진행하여 1993.2.19 사용검사를 필하였고, 1993.3.8 쟁점건물중 A동과 B동을 각각 270㎡씩 증축하는데 따른 건축허가를 받아 1993.6.11 사용검사를 필하였으며, 1993.8.17 쟁점건물중 B동의 용도를 과실 및 채소절임식품 제조공장용으로, C동의 용도를 사무실, 식당, 창고용으로 변경하는 용도변경허가를 받아 1993.9.27 용도변경에 따른 사용검사를 필한 사실이 관련증빙에 의하여 확인되며, 셋째, 청구인은 처분청이 심리자료로 제출한 계약서와는 다른 철골공사 및 판넬공사에 따른 도급계약서를 제시하고 있으나, 처분청과 청구인이 제시하는 계약서 모두 대금지급조건에 대한 특별한 약정이 없어 전시한 부가가치세법 시행령 제22조 제1호의 용역공급(통상적인 용역공급)에 해당된다 하겠고, 넷째, 청구인은 청구외 (주)OO건설로부터 철골공사에 따른 매입세금계산서를 1993.5.24과 1993.5.31에 각각 교부받았으며, 판넬공사에 따른 매입세금계산서를 1993.10.31 청구외 OOO로부터 교부받았고, 건축자재구입에 따른 세금계산서 17매를 1993.7.10～12.30 청구외 (주)OO레미콘 등으로부터 교부받아 부가가치세 신고와 함께 제출하였으며, 다섯째, 처분청은 쟁점건물중 1993.2.19 준공된 부분의 신축용역의 공급시기는 그 공사가 준공된 날이므로 당해 부분 신축에 따른 매입은 1993.5.10 청구인이 사업자등록신청을 하기 이전에 거래한 것이므로 당해 매입세액이 공제대상에 해당되지 않는다 해서 이를 불공제하여 과세한 사실이 관련증빙에 의하여 확인된다. 살피건대 ①쟁점건물의 신축에 따른 용역공급은 당초 건물신축에 따른 건축허가를 1992.8.22에 받아 1993.2.19 사용검사를 받음으로서 완료되었고 그후 1993.3.8 증축에 따른 건축허가를 받아 추가공사를 진행하였으므로 당초공사와 증축공사는 각각 별개의 용역공급에 해당하며 당초공사에 대한 용역의 공급시기는 그 사용검사를 받은 1993.2.19로 보아야 할 것이기 때문에 당해 공사에 따른 매입세액은 1993.5.10 청구인의 사업자등록이전에 한 매입으로 매입세액 불공제대상이라고 판단되며, ②청구외 (주)OO레미콘 등으로부터 교부받은 건축자재구입에 따른 17매의 세금계산서의 경우 구입한 자재의 내용이 기초공사와 관련된 매입이고 기초공사는 1993.2.19 준공된 당초 공사에 포함된 것으로 보아야 할 것이므로 이 또한 사업자등록 이전에 한 매입이라고 판단된다. 그렇다면 처분청이 등록전 매입세액에 대하여 매입세액 불공제하고 과세한 이 건 부과처분은 잘못이 없다고 판단되는 반면, 당해 처분이 부당하다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

• 다. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.