쟁점기계의 매입세금계산서를 그 공급시기로부터 3개월 후에 교부받은 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분이 타당한지 여부(경정)

[주 문] 여의도세무서장이 93.10.16 청구법인에게 경정고지한 ’92년도 제2기 부가가치세 290,296,720원은 그 과세표준을 24,888,025,757원(26,390,311,165원 - 1,502,285,408원)으로 하여 재경정결정한다.

[이 유]

1. 원처분내용 청구법인이 인천직할시 북구 OO동 OOOOO, OOO 대지 1,070.45㎡ 및 건물 3,146.83㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 청구외 주식회사 OOO(이하“청구외법인”이라한다)에 92.12.28. 750,000,000원에 양도하였다하여 처분청은 쟁점부동산의 양도당시의 OO감정원의 감정가액이 3,068,000,000원임에도 불구하고 청구법인이 특수관계자인 청구외 법인에게 시가보다 저가로 양도한 것으로 보아 쟁점부동산 중 건물부분 저가양도 해당액 1,502,285,408원과 기타 공급가액누락 및 매입세액 불공제등(쟁점외)을 가감하여 93.10.16 청구법인에게 ’92년 제2기 부가가치세 290,296,720원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.12.14 심사청구를 거쳐 94.3.11 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장

(1) 청구법인이 쟁점부동산을 청구외법인에게 양도한 것으로 소유권이전등기하게된 경위는 쟁점부동산이 임대전업부동산으로서 금융기관의 여신관리규정에 의거 청구법인이 금융기관에서 대출을 받기 위한 담보로 제공될 수가 없어 부득이 청구외 법인에게 소유권을 이전하고 청구외법인이 쟁점부동산을 담보로 제공하는 형식을 취하여 청구법인은 92.12.29 OO은행 OO지점으로부터 25억원을 대출받은 것이나, 실제로는 쟁점부동산의 양도양수에 관하여 대금의 수수는 없었던 것이고(미수금과 미지급금을 계상), 또한 청구법인이 쟁점부동산을 청구외법인에게 소유권이전등기하기전에 청구법인과 청구외법인간에 명의신탁약정을 하였고, 등기이전에 관련된 제비용은 청구법인이 전부 부담하였던 것이며, 그 이후 여신관리규정의 변경으로 인하여 93.8.3 매매계약해제를 원인으로하여 쟁점부동산의 소유권이 청구외법인에게 이전등기(92.12.28) 된 것이 93.9.23 말소되어 다시 그 소유권이 청구법인에게 환원된 것으로

(2) 처분청은 청구법인이 특수관계자인 청구외법인에게 쟁점부동산을 부당하게 낮은 대가를 받고 양도하였다고하여 부가가치세를 경정하였으나 위에서 본바와 같이 그 실질적인 내용은 청구법인이 아무런 대가없이 쟁점부동산의 소유권을 청구외법인에게 이전하였다가 다시 그 소유권이전등기가 말소된 것이므로 이는 부가가치세법상의 재화의 공급에 해당되지 않는데도 처분청은 청구법인이 특수관계자에게 부당하게 낮은 가액으로 재화를 공급하였다고하여 부가가치세를 경정한 것은 부당하다고 주장한다.

• 나. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점부동산의 소유권이 단순히 여신관리 규정에 의하여 담보제공 목적으로 부득이 특수관계법인에게 이전되었다가 그 담보제공으로 금융기관으로 부터 자금을 융통하였다고 하지만, 쟁점부동산의 매매계약서를 보면 부가가치세는 별도로 하여 매매계약이 체결된 사실을 알 수 있고, 청구법인과 청구외법인간의 장부에도 그 대가가 각각 미수금과 미지급금으로 계상된 바 있으며, 쟁점부동산의 등기부에도 92.12.28 매매를 원인으로 소유권이전된 사실이 있는 것으로 보아 단순히 여신관리규정 때문에 부득이 소유권이전등기했다는 청구주장은 받아들일 수 없으며, 청구법인은 쟁점부동산을 750,000,000원에 양도하였으나 쟁점부동산의 92.11.30 자 감정가액이 3,068,000,000원이므로 이는 부가가치세법 제13조 제1항 제3호 및 같은법 시행령 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 재화를 낮은 가액으로 공급한 경우에 해당되므로 그 시가에 의한 금액을 공급가액으로 보아 과세한 것은 정당하다는 의견을 제시하고 있다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이건은 청구법인이 쟁점부동산을 특수관계자인 청구외법인에게 저가로 양도한 것으로 보아 그 건물부분 해당공급가액에 대한 부가가치세를 경정한 것이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제6조 제1항에는 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도한 것으로 한다고 규정하고 있다. 같은법 제13조 제1항에서는 『재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액으로 한다』고 규정하고 있고 그 각호에서는 『 1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가 2. 금전이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 3. 부당하게 낮은대가를 받거나 대가를 받지아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 4. 폐업하는 경우의 재고 재화에 대하여는 시가』라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제52조 제1항에서는 『법 제13조 제1항 제3호에 규정하는 부당하게 낮은대가는 사업자가 그와 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 재화와 용역의 공급가액에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 시가보다 현저하게 낮은 대가로 한다』고 규정하고 있고, 또한 같은법 시행령 제50조 제1항에는 『법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 사업자와 특수관계있는자외의 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가액으로 한다』고 규정하고 있다.
• 다. 청구법인이 쟁점부동산을 특수관계자인 청구외법인에게 저가로 양도한 것으로 보아 그 건물부분해당공급가액에 대한 부가가치세를 경정한 것이 정당한지 여부

(1) 사실관계 (가) 청구법인과 청구외법인간에 특수관계가 있는지를 보면 청구법인의 대표이사겸 주주인 청구외 OOO이 청구외 법인의 주식을 30% 소유하고 있는 등 위 양법인인 간에는 특수관계에 있고 쟁점 부동산에 대한 92.11.30 자 OO감정원의 감정가액은 3,068,000,000원임이 확인되고 이에는 다툼이 없다. (나) 쟁점 부동산의 등기부내용을 보면 청구법인의 소유인 쟁점부동산은 90.1.16 매매를 원인으로 92.12.28 청구외법인에 소유권이전 등기되었다가 93.8.3 위 매매계약해제를 원인으로 93.9.23 위 소유권이전이 말소등기된 사실이 확인된다. 또한, 채무자를 청구법인으로 하고 근저당권자를 주식회사 OO은행 OO지점으로 하여 92.12.29 근저당권 설정(채권 최고액 28억원) 되었으며, 동근저당권은 쟁점부동산의 소유권 변동으로 인하여 93.9.27 해지를 원인으로 하여 같은날 근저당권 말소되었다가 새로운 설정계약으로 같은날 같은내용의 근저당권이 설정된 사실을 알 수 있다. (다) 쟁점부동산에 대한 소유권이전등기를 위하여 작성된 청구법인과 청구외법인간에 매매계약서(검인계약서)의 내용을 보면 총매매대금은 750,000,000원으로 하고 그 대금지급조건은 90.3.16. 75,000,000원, 그 이후 90.9.16 부터 92.12.26 까지 6회에 걸쳐 매회 112,500,000원씩 분할지급하도록 되어있고 청구법인은 계약과 동시에 위 부동산을 청구외법인에게 인도하기로 되어 있고, 그 소유권은 잔대금지급기일에 청구법인으로부터 청구외법인에게 이전하도록 되어있으며 매매계약체결일은 90.1.18 로 되어 있음을 알 수 있다. 또한 청구법인이 제출한 청구법인과 청구외법인간에 92.12.28 작성된 명의신탁약정서의 내용을 보면 청구법인의 소유인 쟁점부동산을 “신탁물건”으로 하고 청구법인이 금융기관으로부터 차입을 하기 위하여 청구외법인에게 신탁등기 하기로 하고 위 등기에 대한 제비용은 청구법인이 부담하며 청구법인의 차입금변제가 완료된 경우에는 즉시 명의신탁해지키로 약정한 사실이 확인된다. (라) 쟁점부동산의 소유권을 청구외법인에게 이전된 것과 관련하여 청구법인이 위에서 본 매매계약서상의 매매대금수수사실이 있었지를 보면 청구법인은 92.12.31 쟁점부동산 매매계약서상의 총 대금 750,000,000원을 미수금으로 계상한 사실이 확인되고 위 미수금은 93.8.3 매매계약해지로 인하여 그 미수금 기장내용을 정정한 사실이 확인되고, 위 매매대금이 실지로 수수된 사실은 없었던 것이 확인되며, 쟁점부동산의 소유권이전등기와 관련한 등록세, 취득세 등은 전액 청구법인이 부담한 사실이 장부에 의하여 확인된다. (마) 쟁점부동산의 금융기관 담보취득제한 내용을 보면 금융기관 여신운용규정(90.6.1 개정시행)제3조의 2의 규정에 의하면 연면적이 ½이상 임대되고 있는 건물 및 당해 대지는 금융기관이 여신취급시 담보취득을 금지하도록 규정하고 있고, 또한 제3자 명의의 부동산도 담보취득을 금지하도록 규정하고 있으나, 제3자 명의 부동산의 경우에는 동운용규정 세칙 제4조의 2에서 중소기업에 대한 운전자금대출 및 지급보증에 관하여 제3자 명의부동산(여신금지업종에 제공되는 부동산등은 제외)이 92.7.16 이전에 취득한 부동산인 경우에는 담보취득이 가능하도록 규정하고 있으며 담보취득과 관련된 부동산의 취득일은 연불조건거래인 경우 계약상의 인도일로 규정하고 있다. 또한, 위 담보취득제한내용이 93.4.1 부터 시행된 신경제 100일 금융규제완화조치로 중소기업이 소유하고 있는 부동산에 대하여는 연면적의 ½ 이상이 임대되고 있는 자기 소유의 부동산인 경우에도 담보취득이 가능하도록 되었다. (바) 쟁점부동산의 경우에는 청구법인이 청구외법인에게 전부 임대하고 있었던 사실이 확인되고, 따라서 청구법인이 금융기관으로부터 차입할 때에 담보로 제공될 수 없어 청구외법인에게 92.12.28 소유권이전 (쟁점부동산의 매매계약서상에는 계약일인 90.1.18 동부동산을 인도하는 것으로 되어있음)하여 다음날인 92.12.29 청구법인이 OO은행 OO지점으로부터 25억원을 차입하면서 청구외법인으로 소유권이전된 쟁점부동산을 담보로 제공하였으며, 위에서 본 담보취득제한내용의 완화조치로 93.4.1 부터는 임대용 부동산의 경우에도 담보취득이 가능하여 다시 매매계약해지를 원인으로 청구외법인 앞으로 소유권이전되었던 것이 93.9.23 말소등기된 것임을 알 수 있다.

(2) 적용 및 판단 관계법령과 위의 사실관계를 종합해보면 먼저 쟁점부동산의 소유권이 청구외법인 앞으로 이전 등기된 것이 부가가치세법상의 재화의 공급에 해당되는지를 보면, 재화의 공급이라함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 규정하고 있는바 이건의 경우 그 실질내용을 보면 쟁점부동산을 담보로 제공할 목적으로 부득이 청구외법인에게 소유권이전등기하였다가, 금융규제조치가 완화되자 그 이전등기가 말소된 점, 청구법인과 청구외법인간에 명의신탁약정한 점과 소유권이전등기와 관련하여 실질적인 대가의 수수가 없었던 점으로 보면 쟁점부동산이 형식적으로 청구외법인에게 그 소유권이전등기 되었다고는 하나 동부동산이 실질적으로 청구외법인에게 양도된 것으로는 볼 수 없다고 판단된다. 따라서 그 매매계약서상의 금액이 7억5천만원이고 감정가액이 3,068,000,000원이라고 하여 이를 특수관계자에게 시가보다 현저하게 낮은 대가로 재화를 공급하였다고 보아 그건물부분해당액에 대한 부가가치세를 과세한 것은 부당하다고 판단된다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.