중간검사신청서 및 중간검사필증상의 시공자와 실제 시공자가 서로 다른경우 실제 시공자명의로 교부된 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가아님(경정)

[주 문]

1. 나주세무서장이 94.5.11 청구법인에게 경정고지한 93년 제2기 예정분 부가가치세 6,600,000원의 처분은 이를 취소한다.

2. 나주세무서장이 94.5.11 청구법인에게 94년 제1기 확정분 부가가치세 14,370,600원을 환급결정한 처분은 매입세액 10,000,000원을 매출세액에서 추가로 공제하고 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 원처분의 개요 청구법인은 전라남도 함평군 학교면 OO리 OOOOOO에 사업장을 둔 법인(개업일:93.4.1, 제빙기제조업)으로 청구법인의 신축건물 공사와 관련, 청구외 OO건설(주)와 93.9.16 사무실 및 부대시설공사계약을 체결하고, 동계약에 따른 세금계산서를 교부받아 ’93 제2기 부가가치세 확정신고시 매입세금계산서를 제출(공급가액:60,000,000원)하여 환급받았고 ’94 제1기 부가가치세 예정신고시 매입세금계산서(공급가액:100,000,000원)를 제출하여 이를 환급받는 세액으로 신고하였다. 처분청은 청구법인의 신축공장건물과 이건 사무실 및 부대시설에 대한 “중간검사신청서 및 중간검사필증”과 “사용검사신청서 및 사용검사필증”상 시공자가 OO건설(주)가 아닌 OO기업(주)로 되어 있고 설사 청구주장과 같이 사무실 및 부대시설 신축공사는 OO건설(주)가 시공하였다 하더라도 이는 청구법인이 93.8.2 OO기업(주)와 전체공사계약을 하였다하여 이건 사무실 및 부대시설공사를 OO기업(주)의 외주가공공사로 보아 위 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 하고 매입세액 불공제하여 94.5.11자로 청구법인에게 93년 제2기 예정분 부가가치세 6,600,000원을 고지하고, 94년 제1기분 확정분 환급세액으로 14,370,600원만 환급하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.7.6 이의신청, 94.9.7 심사청구를 거쳐 94.11.3 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청 장 국 세 청 장 의 견

• 93.7.26 OO기업(주)와 민간건설공사 표준도급계약(가계약)을 체결(공급가액1억6천만원: 기초 및 철골공사)한 후 93.8.2 전체공사계약을 체결(공급가액 352,100,000원)하여 공사를 하던

• 청구법인이 제시하고 있는 공사대금지급증빙 서류는 청구법인이 직접 OO건설(주)에 지급되었는지 중 시공회사 자체내의 문제로 공사가 지연되어 위 OO기업(주)와는 기초 및 철골공사만 하기로 하고, 93.9.16 OO건설(주)와 사무실 및 부대공사를 하기로 계약(공급가액:1억 6천만원)한 후 공사를 하여 93.12.31에 6,600만원(현금 및 수표) 94.3.10에 8,260만원 94.5.30에 잔금 2,740만원을 지급한 사실이 확인되고 있으므로 환급결정함이 타당하다. 의 여부가 불분명하고, 반면 이건 공장신축과 관련된 건축허가, 착공계, 사용검사승인신청서 부속서류 등에 의하면 쟁점공사를 OO기업(주)가 시공한 것으로 되어 있으므로, 이는 공급자가 상이한 사실과 다른 세금계산서로 미 환급결정함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 교부받은 세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액공제배제한 당초처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법·령 부가가치세법 제16조 제1항에서 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조 제1항 및 제2항에 규정하는 시기에 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 등을 기재한 세금계산서를 공급을 받는자에게 교부하여야 한다고 규정하고 있고, 같은법 제17조 제1항에서는 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 “매출세액”에서 “매입세액”을 공제한 금액으로 하되 다만 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급세액으로 한다고 규정하고 있으며, 같은조 제2항에서는 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적기재사항(법 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 내용을 말함)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액 등은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계

1. 청구법인의 신축·건물 개요 청구법인은 93.4.1 제빙기제조를 목적으로 개업한 법인으로 신축건물은 공장건물(1316.8942㎡, 이하 “가”동 건물이라 한다)과 사무실 및 기타 부대시설인 식당, 기숙사건물(329.442㎡ 이하 “나”동 건물이라 한다)임이 관계서류에 의하여 확인되고 있다.

2. 청구법인의 공사계약 경위는 다음과 같다. <단위:천원> 계약일 도급업체 도 급 금 액 93.7.26 OO기업(주) 160,000 (부가가치세 별도) 93.8.2 〃 352,100 (부가가치세 별도) 93.9.16 OO건설(주) 160,000 (부가가치세 별도) 94.1.5 OO기업(주) 220,000 (부가가치세 포함)

3. 청구법인이 교부받은 세금계산서는 아래와 같다. <단위:원> 공 급 자 발 행 일 공급가액 부가가치세 OO기업(주) 93.11.13 94.1.24 94.4.30 51,000 100,000 49,000 5,100 10,000 4,900 소 계 200,000 20,000 OO건설(주) 93.12.31 94.2.28 60,000 100,000 6,000 10,000 소 계 160,000 16,000

4. 청구법인의 대금지급관계 청구법인이 OO기업(주)에게 지급한 공사대금은 OO은행 시설자금대출금으로 전액 지급된 사실에는 다툼이 없고, 청구법인은 OO건설(주)의 공사대금을 93.12.31 현금 및 수표로 66,000,000원, 94.1.28 약속어음(발행일:94.1.28, 만기일:94.3.10)으로 82,600,000원을 지급하였으며 잔금 27,400,000원중 7,400,000원은 94.5.20에, 나머지 20,000,000원은 94.5.30 지급하였다고 주장하고 있어 이를 조사한바 ㉮ 청구법인이 94.1.28 채권자를 OO건설(주)로 하여 발행한 약속어음 82,600,000원(지급기일:94.3.10)은 94.1.28 OO합동법률사무소에서 공증되었음이 확인되고 있고 ㉯ 위 금액이 결제되지 못하여 위 OO건설(주)는 이건 약속어음금액(82,600,000원)을 청구법인이 약속어음지급기일(94.3.10)까지 지급치 않아 이를 독촉한 바 지급기일을 94.10.30까지 연장하여 지급키로 한 각서를 94.5.2 제출하여 연장을 승인하였으며 94.10.30 이후에는 즉시 법적강제집행을 행하겠으니 기일엄수 지체없이 입금하여 달라는 내용증명을 94.10.26 발송한 사실이 확인되고 있고 ㉰ 이에따라 OO지방법원 집달관(OOO)은 94.11.8, 94.11.21, 94.12.16 3차례에 걸쳐 채권자인 OO건설(주)가 94.11.7 압류한 물건에 대하여 경매한다는 내용의 동산경매기일 통지서를 청구법인에게 발송한 사실이 확인되고 있으며 ㉱ 잔금 27,400,000원 중 20,000,000원은 94.5.30 OO은행 OO지점에서 인출하여 이를 OO건설(주) 경리과장(OOO) 앞으로 입금처리하였음이 예금청구서 및 예금입금표에 의하여 확인되고 있고 7,400,000원은 94.5.20 지급하였음이 보관증에 의하여 확인되고 있으며 ㉲ OO건설(주) 대표이사 OOO은 청구법인의 신축공사에 관한 위 사실관계를 OO제94-6호(94.6.16)로 처분청의 법인세과로 사실확인하였음이 확인되고 있다.

• 라. 판단 위 관련법·령과 사실관계를 종합할 때 청구법인은 93.7.26 OO기업(주)와 가계약을 체결하고 93.8.2 정식으로 총공사계약(“가”동 및 “나”동)을 하였으나 위 OO기업(주)의 공사지연으로 93.9.16 OO건설(주)와 이건 “나”동 건축계약을 체결하고 94.1.5 OO기업(주)와는 “판넬공사”를 포함하여 공장부분(“가”동)만의 전체시공계약을 하였으며 93.8.2 OO기업(주)와 계약체결이후 공사를 하면서 모든 행정처리(건축허가, 중간검사)를 OO기업(주)가 하였고 OO기업(주)가 종합건설 면허업체이어서 이건 신축공사를 OO기업(주)로 하였을 뿐이라는 청구주장은 신빙성이 있으므로 처분청이 이건 세금계산서상의 공급자를 OO기업(주)로 보고 이를 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액을 공제 배제한 처분은 잘못이라고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.