쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요

• 가. 청구인은 광주직할시 서구 OOO동 OOOOO에서 OO약국(소매/양약)을 경영하는 사업자로서 청구외 OO무약(자) 대표 OOO로부터 90년 2기～92년 1기 4과세기간 동안 거래금액 53,960,940원(90년 2기 13,907,240원, 91년 1기 17,795,500원, 91년 2기 4,600,000원, 92년 1기 17,658,200원)에 대한 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 매입세금 5,396,090원(90년 2기 1,390,720원, 91년 1기 1,779,550원, 91년 2기 4,600,000원, 92년 1기 1,765,820원)을 공제하여 부가가치세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 위 사실에 대하여 실물거래가 없는 가공매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하고 93.11.1 청구인에게 90년 제2기～92년 제1기분 부가가치세 5,497,350원을 결정 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 94.2.23 심사청구를 거쳐 94.6.3 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구인은 90.2기～92.1기 과세기간 동안의 거래는 OO무약과 OO약품간의 거래이고, OO약품에서 OO무약이 발행한 같은 날자에 같은 금액의 감액세금계산서를 발행하여 청구인에게 교부하여서 청구인은 각 과세기간에 OO무약의 매입세금계산서와 OO약품의 감액세금계산서를 첨부하여 부가가치세를 신고함으로써 매입세액을 공제받은 사실이 없음에도 가공매입세액을 공제한 것으로 추정하여 추징한 과세처분은 위법한 처분이며, 처분청이 OO약품은 동일한 건물에 입주하여 거래하는 주 매입처이므로 OO약품이 발행한 감액세금계산서는 청구인과의 평소 거래분에 대한 반품계산서로 보아야 하며 감액세금계산서의 매입세액경정 여부는 별론으로 하고 서로 상계할 수 있는 성질의 세금계산서가 아니라고 하였으나, OO무약이 발행한 매입사실 없는 매입세금계산서와 OO약품이 발행한 감액(반품)세금계산서를 세무서에 제출 신고한 것은 OO약품과 임대차관계에 있는 약자인 임차자로서 임대인의 요구에 따라 세법상 아무런 문제 없다는 말을 믿고 따랐을 뿐이며 OO약품이 발행한 감액(반품)세금계산서가 평소 거래분에 대한 반품계산서라면 당초 거래시 당연히 발행해야 할 OO약품의 같은 날자에 같은 품목 같은 수량의 매출세금계산서가 판매처인 OO약품과 매입처인 청구인의 매입세금계산서가 다 같이 누락되었으므로 이 부분에 대한 사실여부를 당연히 조사하여 결정하여야 함에도 이 부분에 대한 아무런 조사가 없이 일방적인 추정은 명백히 위법한 처분이므로 이 부분에 대한 부가가치세를 취소하여야 한다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 처분청 조사사항에 의하면 청구인이 OO무약에서 받은 세금계산서의 매입세액과 청구인의 매입처인 OO약품에서 받은 감액세금계산서의 매입세액은 OO약품이 동일한 건물에 입주하여 거래하는 청구인의 주요 매입처이므로 OO약품이 발행한 세금계산서는 청구인과의 평소 거래분에 대한 반품세금계산서로 보아야 하며 그렇다면 감액세금계산서의 매입세액 경정여부는 별론으로 하고 서로 상계할 수 있는 성질의 세금계산서가 아님을 알 수 있다. 따라서 처분청 조사시 가공매입으로 확인된 90.2기～92.1기 가공매입금액 54,023,994원에 대하여 부가가치세를 과세한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항 제1호에 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제59조에서 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 수정신고 기한내에 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다라고 규정하고 있다.
• 다. 이 건 처분이 정당한지 여부 먼저 처분청의 이 건 과세근거를 살펴보면, 쟁점세금계산서는 OO무약(자) 대표 OOO로부터 실물거래없이 세금계산서만 발행하였다는 내용의 확인서를 징취하고 이를 근거로 위 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 공제하지 아니하였음을 알 수 있다. 이 건은 처분청이 위와 같은 근거로 과세한 데 대하여 청구인은 OO무약(자)와 실물거래를 한 OO약품(주) 대표 OOO로부터 OO무약(자)에서 쟁점세금계산서를 발행한 같은 날자에 같은 금액의 수정감액세금계산서를 수취하고 쟁점세금계산서에 수정감액세금계산서를 첨부하여 부가가치세를 신고함으로써 매입세액을 공제받은 사실이 없다는 주장이나, 위 관련법령에서 본 바와 같이 수정감액세금계산서는 세금계산서를 교부한 후 당초의 공급가액에 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있도록 규정되어 있는 바, OO무약(자)에서 발행한 쟁점세금계산서와 OO약품(주)에서 발행한 수정감액세금계산서는 서로 상계할 수 있는 성질의 세금계산서가 아님을 알 수 있으므로 청구주장은 받아들일 수 없다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.