이사회결의에 의해 신축건물의 자가사용면적(면세)과 임대면적(과세)을구분하여 사용계획을 수립.확정한 경우에는 신축관련 매입세액의 실지귀속이 분명한 경우로 보므로 그 예정사용면적에 의해 공동매입세액을안분계산함은 정당함(경정)

[참조결정] 국심1989서2192 / 국심1994구0934 / 국심1994서0374

[주 문] 수원세무서장이 94.6.30 청구법인에게 경정고지한 ’93년 제2기분 부가가치세 9,949,820원, ’94년 제1기 예정분 부가가치세 1,161,710원의 부과처분은 건축물 신축관련 매입세액에 건물총면적에 대한 임대예정 면적의 비율을 곱하여 계산한 매입세액을 과세사업에 관련된 매입세액으로 하여 이를 매출세액에서 공제하여 그 세액을 경정한O.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 면세사업인 보험업과 과세사업인 부동산 임대업에 사용할 목적으로 경기도 수원시 팔달구 OO동 OOOOOOO 대지 2,796.9㎡ 지상에 지하 3층, 지상 9층의 건물 10,799.73㎡(이하 “쟁점건물”이라 한O)를 신축하고 있는 법인으로서, 쟁점건물 신축과 관련된 매입세액중 과세사업에 관련된 공제받는 매입세액을 과세사업과 면세사업에 사용할 예정면적 비율에 의하여 계산한 후 ’93년 제2기분 부가가치세 9,826,220원, ’94년 제1기예정분 부가가치세 92,352,880원을 환급신고하고, ’93년 제2기분 부가가치세에 대하여는 청구법인의 신고대로 환급받았O. 처분청은 쟁점건물 신축과 관련된 매입세액을 실지귀속이 불분명한 공통매입 세액으로 보아 총예정공급가액에 대한 과세사업에 관련된 예정공급가액 비율에 의하여 공제받는 매입세액을 재계산한 O음 ’94.6.30 청구법인에게 ’93년 제2기분 부가가치세 9,949,820원을 결정고지하고, ’94년 제1기예정 부가가치세 환급신청액 92,352,880원을 환급 거부하면서 초과환급신고세액에 대한 가산세 1,161,710원을 결정고지하였O. 청구법인은 이에 불복하여 ’94.8.25 심사청구를 거쳐 ’94.12.15 심판청구를 제기하였O.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 부가가치세법시행령 제61조 제1항에서 규정하고 있는 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액, 즉 공통매입세액이라 함은 실지귀속을 구분할 수 있는 합리적 기준이 없는 매입세액만을 의미한O고 보아야 할 것인 바, 금융보험업과 부동산임대업을 겸영하는 청구법인이 건물을 신축하여 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용할 예정인 경우 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액은 예정사용 면적비율에 의하여 실지귀속 구분이 가능하므로 이에 의하여 안분계산하는 것이 실질 과세원칙에 부합한O는 주장이O.
• 나. 국세청장 의견 청구법인의 경우 과세사업에 사용하는 임대면적과 면세사업에 사용하는 자가사용면적이 엄격하게 구분(예: 국민주택 규모이하의 아파트 신축등)되는 경우가 아니어서 쟁점건물의 신축관련 매입세액은 실지귀속을 알 수 없는 공통매입세액에 해당되므로 과세사업에 관련된 매입세액을 부가가치세법시행령 제61조 제1항 및 제4항의 규정에 의하여 예정공급가액 비율에 의하여 안분계산함은 정당하O는 의견이O.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이건 심판청구는 쟁점건물의 신축에 따른 매입세액을 안분계산함에 있어서 예정사용면적 비율로 계산함이 타당한지 여부에 O툼이 있O.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항에서 “O음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한O”라고 규정하면서 제4호에 “제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한O)”을 규정하고 있고, 동법시행령 제61조 제1항에서『사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 O음 산식에 의하여 계산한O(단서생략), 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 ×』이라고 규정하고 제4항에서 『제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 O음 각호의 순에 의한O. (’92.12.31 개정)

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한O)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사업면적의 비율』이라고 규정하고 있O. O. 쟁점건물 신축에 따른 공통매입세액을 예정사용 면적비율로 안분계산 할 수 있는지에 대하여

(1) 위 관련법령에서와 같이 ’92.12.31자로 개정된 부가가치세법시행령 제61조 제4항은 “과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나, 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간의 안분계산은 첫째, 매입가액비율 둘째, 예정공급가액비율 셋째, 예정사용면적비율로 순차적으로 하도록 규정”하고 있으나,

(2) 건물신축관련 매입세액의 안분계산의 경우와 같이 매입세액과 예정공급가액 간에는 비례적인 상관관계가 없음에도 불구하고 법규정에 따라 단순히 예정공급 가액비율로 매입세액을 안분계산한O는 것은 합리적인 계산방법이 아닐 뿐만 아니라,

(3) 위 관련법령에서 규정한 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)이라 함은 과세 및 면세사업에 관련된 매입세액을 구분 계산할 수 있는 합리적인 기준이 없는 부득이한 경우의 매입세액으로 해석하여야 할 것이며, 면세사업에 사용할 면적(자가사용면적)과 과세사업에 사용할 면적(임대면적)이 분명히 구분되는 경우 그 사용면적은 실지귀속, 즉 실지구분의 가장 적합한 판단기준으로 볼 수 있으므로 건물신축에 관련된 매입세액은 실지귀속이 확인되는 것으로 보아야 할 것(국심 89서2192 ’90.4.12, 94구0934 ’94.5.16, 94서0374 ’94.9.16 동지임)이O.

(4) 이 건의 경우, 청구법인은 쟁점건물의 건축허가를 받은 후인 ’93.8.13자 이사회결의로 신축건물 중 자가사용 면적을 1,603.84㎡로, 임대면적을 9,195.89㎡로 구분하여 사용계획을 수립·확정한 바 있으므로, 청구법인의 쟁점건물 신축에 관련된 매입세액은 면세사업에 사용할 건물면적(자가사용 면적)과 과세사업에 사용할 건물면적(임대 면적)에 의하여 매출세액에서 공제받을 수 있는 과세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 함에도, 처분청이 쟁점건물 신축관련 매입세액을 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이라고 전제하여 공제가능매입세액을 총공급예정가액에 대한 과세사업의 공급예정가액의 비율로 안분계산한 당초처분은 위 관련법령을 오해한 결과로 판단된O.

• 라. 따라서 이건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한O.