감면규정을 적용할 수 있는지 여부(경정)

[주 문] 동수원세무서장이 94.6.16 청구인에게 한 1989년도 귀속분 양도소득세 31,448,610원 및 동 방위세 6,289,720원의 부과처 분은 경기도 용인군 기흥읍 OO리 OOOOO 및 같은리 OOOOOO 소재 대지 3,771㎡와 위 지상건물 432.63㎡의 양 도소득에 OO 양도소득세 산출세액중 대지 961.4㎡ 및 건물 432.63㎡에 상당하는 양도소득세 산출세액에 신공장의 가액 (85,197,908원)이 구공장의 가액(105,949,202원)에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 소득세법 제6조(1988.12.26 개 정, 법률 제4019호) 제2항 제2호의 규정에 의한 감면세액으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인이 경기도 용인군 기흥읍 OO리 OOOOO 및 같은리 OOOOOO 소재 대지 3,771㎡와 위 지상건물 432.63㎡(이하 “구공장”이라 한다)를 취득하여 연식정구공의 제조업에 약 9년간 사용한 후 공장이전 목적으로 구공장을 89.12.21 양도하고 91.1.16 경기도 용인군 기흥읍 OO리 OOOOO 소재 대지 1,296㎡ 및 위 지상건물 336.48㎡(이하 “신공장”이라 한다)를 취득함에 따라 소득세법 제6조 제2항 제2호(88.12.26 개정, 법률 제4019호) 및 같은법시행령 제18조의 규정에 의하여 구공장에 OO 양도소득세의 면제를 신청한데 대하여 처분청은 구공장의 대지면적 중 공업배치법 제11조의 규정에 의한 기준초과용지(이하 “기준초과용지”라 한다)에 대하여는 양도소득세가 감면되지 아니하며, 청구인이 취득한 신공장용 건물의 공부상 용도가 창고 및 주택 등으로 되어 있어 위 신공장용 건물을 공장용 건물로 볼 수 없는 것으로 인정함에 따라 구공장에 OO 양도소득세가 면제되지 아니하는 것으로 보아 94.6.16 청구인에게 89년도 귀속분 양도소득세 31,448,610원 및 동 방위세 6,289,720원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 94.8.4 이의신청을, 94.9.22 심사청구를 거쳐 94.11.25 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구인은 68.7.5부터 현재까지 우리나라에서 유일하게 연식정구공의 제조업을 영위한 자로서 신공장으로 이전하기 전에 약 9년이상 사용하던 경기도 용인군 기흥읍 OO리 OOOOO 소재의 구공장을 양도하고 경기도 용인군 기흥읍 OO리 OOOOO 소재의 신공장으로 이전하여 연식정구공의 제조공장으로 사용하고 있는 바, 처분청은 청구인이 새로 취득한 신공장용 건물의 공부상 용도가 창고 및 주택 등으로 되어 있어 공장용 건물로 인정할 수 없다고 하나 이 지역은 공업배치법 등에 의거 공장건물의 신·증축이 제한된 지역으로서 공장건물로 등록이 되지 않기 때문에 공부상에는 창고(194.88㎡), 주택(84.0㎡), 소매점(57.6㎡)으로 되어 있으나 실제 연식정구공의 제조공장으로 사용되고 있음이 명확한 사실이므로 기준초과용지를 제외한 토지에 대하여는 양도소득세를 면제하여야 함에도 불구하고 처분청이 구공장의 양도소득세를 면제함이 없이 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 2년이상 계속 가동한 공장의 이전에 OO 양도소득세의 면제는 “신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적 이상이거나 신공장의 가액이 구공장의 가액 이상인 경우”의 요건을 갖춘 것에 한하여 면제되는 것인 바, 청구인은 구공장의 장부가액이 118,248,256원이고 신공장의 장부가액이 137,894,200원으로서 신공장의 가액이 구공장의 가액보다 더 크므로 구공장에 OO 양도소득세의 면제를 배제한 처분은 부당하다고 주장하나, 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적 이하인 사실이 관련기록에 의해 확인되고 있고, 청구인은 신공장의 장부가액이 구공장의 장부가액 이상이라고 주장만 할 뿐 이를 입증할 수 있는 객관적인 증빙서류를 제시하지 못하고 있으며, 또한 신공장은 구공장과 인접한 같은 용인군 기흥읍 OO리에 소재하고 있어 대지면적의 차이(3,771㎡ - 1,296㎡ = 2,475㎡)로 보아 신공장가액이 구공장가액 이상이라는 주장은 신빙성이 없으므로 처분청이 구공장에 OO 양도소득세의 면제를 배제한 처분은 잘못이 없다고 인정된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 공부상 용도가 창고 및 주택 등으로 되어 있는 신공장용 건물 등을 공장으로 볼 수 있는지 여부와 신공장의 가액 등이 2년이상 가동한 구공장의 가액 등 보다 큰 것으로 보아 구공장에 OO 양도소득세를 면제할 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호의 규정에 의하면 공장이라 함은 제조업의 물품제조공정을 형성하는 기계 또는 장치를 설치하기 위한 건축물이나 사업장으로서 대통령령이 정하는 것을 말한다고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제2조에서는 공장은 별표1 내지 별표5에 해당하는 업종의 사업을 영위하기 위한 제조시설과 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장용지안에 설치되는 부대시설을 말하는 것으로 규정하고 있다. 그리고 소득세법 제6조 제2항 제2호(88.12.26 개정, 법률 제4019호)의 규정에 의하면, 대통령령이 정하는 바에 의하여 2년이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 대통령령이 정하는 범위안의 토지와 건물을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다고 규정하면서 같은법 시행령 제18조에서는 공장용에 직접 이용되는 토지중 기준초과용지를 제외한 토지와 건물로서 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적 이상이거나 신공장의 가액이 구공장의 가액이상인 경우에는 구공장에 OO 양도소득세를 면제하며, 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적에 미달하고 신공장의 가액도 구공장의 가액에 미달하는 때에는 당해자산의 양도차익에 상당하는 소득세의 산출세액에 신공장의 가액이 구공장의 가액에 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 감면하는 것으로 규정하고 있으며, 이 경우 구공장의 가액은 구공장의 토지(기준초과용지 제외)·건물 및 기계장치의 양도가액(양도하지 아니한 자산의 경우는 장부가액)의 합계액으로 하고, 신공장의 가액은 그 공장시설의 이전비용과 이전한 공장의 토지·건물 및 기계장치의 장부가액의 합계액으로 한다고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 2년이상 계속하여 가동한 구공장을 89.12.21 양도하고 그 이전 목적으로 신공장을 취득한 데 대하여 처분청은 신공장용 건물의 공부상 용도가 창고·주택·소매점으로 되어 있어 공장용 건물에 해당되지 아니하는 것으로 인정하였으나,

① 신공장의 건물에 OO 건축물대장(공부)상의 용도와 면적을 보면 창고의 면적이 194.88㎡, 주택의 면적이 84.0㎡, 소매점의 면적이 57.6㎡로 되어 있으나, 우리심판소에서 신공장에 출장하여 확인한 바에 의하면 공부상 창고 및 소매점에 해당하는 252.48㎡는 실제 정구공의 제조공장으로 직접 사용되고 있고 주택 84.0㎡는 청구인의 父, 청구인 및 그의 妻가 정구공의 제조업에 종사하면서 주거용으로 사용하고 있는 것으로 확인되고 있으며

② 청구인은 신공장을 정구공의 제조사업장으로 91.3.15 사업자등록을 한 사실이 있고, 신공장으로 이전한 후 현재까지 신공장에서 정구공을 제조하여 매출한 사실 등이 그 부가가치세신고서 등에 의하여 확인되고 있는 바, 신공장건물의 공부상 용도는 창고 및 주택 등으로 되어 있으나 그 실제 용도는 정구공의 제조공장으로 사용되고 있는 경우로서 신공장을 사실상의 공장으로 보아 소득세법 제6조 및 같은법 시행령 제18조의 규정을 적용함이 타당한 것으로 판단된다.

(2) 구공장의 양도로 인하여 발생한 소득에 OO 양도소득세의 면제요건(이하 “면제요건”이라 한다) 중 이 건 관련 다툼이 되고 있는 면제요건에 관한 규정을 보면, 공업배치법 제11조의 규정에 의한 기준초과용지를 제외한 신공장의 대지면적이 구공장의 대지면적 이상이거나 신공장의 가액이 구공장의 가액이상인 경우로 규정하고 있는 바, 이의 해당여부를 살펴본다.

① 구공장의 건물면적은 432.63㎡이며, 86.6.4 상공부장관이 고시한 연식정구공 등의 운동용구제조업에 OO 공장기준면적율(이하 “공장기준면적율”이라 한다)을 보면 그 대지의 면적이 3,000㎡ 미만인 경우는 40%이고, 3,000㎡ 이상인 경우는 45%인 바, 구공장의 전체 대지면적 3,771㎡ 중 공장기준면적율에 해당하는 면적(이하 “기준면적”이라 한다)은 961.4㎡(구공장의 건물면적 432.63㎡ ÷ 45%)이며, 나머지 2,809.6㎡는 기준초과용지로서 양도소득세의 면제대상에서 제외되며 면제요건의 해당여부를 가리는 공장대지면적이나 공장가액의 계산에서 제외된다.

② 신공장의 전체 대지면적은 1,296㎡이며, 그 지상의 전체 건물면적은 336.48㎡로 이중 주택으로 사용되고 있는 면적 84㎡를 제외한 252.48㎡에 OO 공장기준 면적율(40%)을 적용하면 신공장의 기준면적은 631.2㎡로 산출되고 그 기준초과용지는 664.8㎡로 산출되며, 그 기준초과용지에 대하여는 면제요건의 해당여부를 가리는 공장 대지면적이나 공장가액의 계산에서 제외된다고 할 것인 바, 구공장의 기준면적(961.4㎡)이 신공장의 기준면적(631.2㎡)보다 큰 관계로 공장대지면적에 의한 면제요건에는 해당되지 아니함을 알 수 있다.

③ 다음으로 구공장가액과 신공장가액에 대하여 살펴본다. ㉮ 소득세법시행령 제18조 제2항(89.12.30 개정전의 것)의 규정에 의하면, 구공장의 가액은 토지 및 건물 등의 양도가액에 의하되 양도하지 아니한 자산의 경우는 그 장부가액에 의하고, 신공장의 가액은 공장시설의 이전비용과 토지 및 건물등의 장부가액에 의하는 것으로 규정하고 있다. ㉯ 청구인이 제시한 구공장의 토지 및 건물에 OO 양도계약서에 의하면 그 양도가액이 205,000,000원으로 확인되고 있는 바, 이를 구공장의 토지 및 건물의 기준시가(토지기준시가 88,572,116원, 건물기준시가: 26,933,500원)에 의하여 안분계산하면 구공장의 전체토지분 양도가액이 으로, 건물분 양도가액이 47,801,723원으로 산출되고, 다시 전체토지분 양도가액중 기준면적(961.4㎡)에 OO 토지양도가액을 계산하면 40,077,015원 (전체 토지 양도가액) 으로 산출되며, 양도하지 아니한 구공장의 기계장치에 OO 장부가액은 18,070,464원인 바, 이들 구공장의 기준면적에 OO 토지양도가액 및 건물양도가액과 기계장치의 장부가액을 합계한 구공장가액은 105,949,202원으로 산출된다. ㉰ 동수원세무서장이 발급한 89년도 및 90년도의 재무제표증명원에 의하면 신공장의 전체토지(1,296㎡) 중 기준면적(631.2㎡)에 해당하는 장부가액은 35,466,524원 (전체토지의 장부가액)이며, 전체건물의 장부가액은 46,019,077원으로 이 중 주택부분(84㎡)을 제외하면 34,530,719원으로 산출되고, 기계장치의 장부가액은 15,200,665원이므로 신공장가액은 85,197,908원으로 산출된다. ㉱ 따라서 신공장의 가액(85,197,908원)이 구공장의 가액(105,949,202원)에 미달하는 경우에는 구공장의 양도에 대하여 그 양도당시에 적용되는 소득세법시행령 제18조 제2항(88.12.31 개정, 대통령령 제12564호)의 규정에 의하여 구공장의 대지면적(3,771㎡)중 그 기준면적에 해당하는 961.4㎡와 그 건물면적 432.63㎡에 상당하는 양도소득세의 산출세액에 신공장의 가액(85,197,908원)이 구공장의 가액(105,949,202원)에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 감면하여야 하는 것임에도 불구하고 처분청이 이를 감면하지 아니하고 전체에 대하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

(3) 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.