청구법인이 산업폐기물 처리업을 영위하기 위해 대전시 소재 ○○○상사 (대표 ○○○)로부터 차량을 임차하고 지급하였다는 지급수수료 9,250만원을 처분청이 가공거래로 보아 "89사업년도 각 사업년도 소득계산시 손금불산입한 처분이 타당한지 여부(경정)

[주 문] 부천세무서장이 94.5.19 청구법인에게 고지한 89사업년도(89.1.1 ~ 89.12.31) 법인세 46,982,130원 및 동 방위세 6,660,000원의 부과처분은 89.7.1 ~ 89.10.31 기간에 청구외 OO상사에 지급한 자동차 임차료 47,500,000원을 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 경기도 부천시 OO구 OO동 OOOOO 소재에 본점을 두고 산업폐기물처리 및 재생산등을 영위하는 법인으로서 89사업년도(89.1.1 ~ 89.12.31)에 대전광역시로부터 대전지역 일원의 일반산업폐기물의 청소용역을 의뢰받고 이를 수행하기 위해 89.1.21 같은시 중구 OO동 OOOOOO 소재 청구외 OO상사 대표 OOO(이하 “OO상사”라 한다)로부터 청소차량 3대(OO OOOOOO 8톤, OO OOOOOO 8톤, OO OOOOOO 11톤)를 임차하여 89.1.1 ~ 6.30 기간에 45,000,000원, 89.7.1 ~ 89.10.31 기간에 47,500,000원 합계 92,500,000원(이하 “쟁점지급수수료”라 한다) 상당액의 임차료를 지급하고 이를 손금산입한 후 89사업년도 법인세과세표준 및 세액을 신고 납부하였다. 처분청은 청구법인의 대표이사 OOO과 OO상사 대표 OOO가 91.6.18과 93.10월 쟁점지급수수료는 가공거래라고 확인한 사실이 있으므로 동 금액을 손금불산입하고 94.5.19 청구법인에게 89사업년도 법인세 46,982,130원 및 동 방위세 6,660,000원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.7.16 심사청구를 거쳐 94.11.2 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인은 부천시에 본사를 두고 경기도 일원의 산업폐기물을 처리하는 청소용역 업체로서 대전시로부터 수탁받은 대전지역 일원의 일반산업폐기물의 운반을 위하여 89.1월 OO상사와 폐기물차량 임대계약을 체결하고 대전지역 업무관리는 청구인의 직원인 OOO(부장)를 파견시켜 89.1월부터 10월까지 영업을 한 결과 차량임차수수료 92,500,000원과 그에 대응되는 영업수익 157,845,345원 상당액의 세금계산서 및 장부등을 정리하여 89년 제1기 및 제2기 부가가치세와 89사업년도의 법인세를 신고 납부하였는데 처분청이 거래상대방인 OO상사 대표자 OOO가 조세회피 목적으로 위 거래사실을 부인한 확인서에 의하여 이 건 거래를 가공거래로 인정하고 처분하였는 바, 청구법인의 사업은 산업폐기물처리사업으로서 그 청소대상 사업체가 OO화학공업주식회사등 대부분 법인이고, 수입금액 및 쟁점지급수수료가 임대차계약서, 신고시 제출한 세금계산서, 장부등에 의하여 확인되며, 또한 서대전세무서가 89년 제2기 불명전산자료일람표상에 OO상사가 청구법인으로부터 수령한 임대료 47,500,000원이 신고누락되었음을 확인하고 94.12.15 OO상사에게 추가로 부가가치세를 과세한 사실이 있으므로 청구법인이 OO상사로부터 교부받은 세금계산서 92,500,000원 중 89.2기분 47,500,000원은 사실거래로 확인되는 점등을 미루어 볼 때 청구법인의 법인세신고내용 중 수입금액만 인정하고 쟁점지급수수료는 인정하지 않는 것은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 OO상사 대표 OOO 및 청구법인의 이사 OOO의 확인서에 의하면 쟁점지급수수료는 실거래없이 세금계산서를 수취하여 장부상에 허위로 기재한 사실이 확인되므로 손금불산입한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 OO상사에 지급하였다는 쟁점지급수수료를 가공거래금액으로 보아 청구법인의 89사업년도 각사업년도소득계산시 손금불산입한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제9조 제1항 및 제3항의 규정에 의하면 내국법인의 각 사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 이익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 하고, 여기서 『손금』이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다고 규정하고 있다.
• 다. 쟁점지급수수료가 가공거래금액인지 여부

(1) 당심판소가 서대전세무서장에게 조회하여 회신받은 공문(부가 46410 - 46, 95.1.11)에 의하면 서대전세무서장은 OO상사가 89.7.1 ~ 89.10.31 기간에 청구법인(사업자등록번호: OOOOOOOOOOOO)으로부터 자동차 임대료 47,500,000원 상당액을 수령하고 세금계산서를 교부한 후 부가가치세를 신고하지 아니한 사실을 OO상사의 89년 제2기분 불명전산자료 일람표에 의하여 확인하고 94.12.16 OO상사 OOO에게 89년 제2기분 부가가치세 6,045,620원을 결정고지한 사실이 확인되므로, 청구법인이 89사업년도 법인세과세표준신고시 손금산입한 쟁점지급수수료 92,500,000원 중 89.7.1 ~ 89.10.31 기간에 지급한 임차료 47,500,000원 상당액은 가공원가가 아님을 알 수 있다.

(2) 청구법인은 89.1.1 ~ 89.6.30 기간에 쟁점지급수수료 중 45,000,000원을 지급하였다고 주장하면서 차량임대차계약서, 차량임차료를 지급하고 교부받은 세금계산서 및 일반산업폐기물을 청소해 주고 발행해 준 세금계산서 등을 제시하고 있으나, 89년 제1기에는 불명전산자료 일람표가 출력되지 아니 하였기 때문에 불부합근거가 없음이 서대전세무서장의 회신내용에 의하여 확인되고, 91.6.18 OO상사 대표 OOO의 확인서에 의하면 청구법인이 89.1월부터 89.6월까지 기간에 OO상사에 지급하였다는 자동차 임대료 45,000,000원 상당액은 거래사실이 없다고 확인하고 있으며, 93.10월 청구법인의 이사 OOO은 청구법인이 89사업년도에 OO상사로부터 차량임대료에 대한 매입세금계산서를 실물거래없이 수취하여 부가가치세 매입세액을 공제받았으며, 매입사실을 현금지급 또는 미지급으로 계상하여 미지급금 반제시 가공의 상호를 기재하여 현금으로 지급처리 하였음을 확인하고 있는 점등을 미루어 볼 때 이부분 청구주장은 신빙성이 없다. 위의 사실을 종합하여 볼 때 쟁점지급수수료 중 89.7.1 ~ 89.10.31 기간에 지급된 47,500,000원 상당액은 사실거래로 보여지므로 89사업년도 청구법인의 각 사업년도 소득 결정시 손금산입함이 타당한 반면, 89.1.1 ~ 89.6.30 기간에 지급된 45,000,000원 상당액은 가공거래로 보여지므로 손금불산입한 처분청의 처분이 타당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.