제조장내 도로이설 및 제조장외 도로신설공사와 관련한 매입세액중 쟁점매입세액을 토지의 조성등을 위한 자본적 지출로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부(경정)

[주 문]

1. 평택세무서장이 94.5.17 청구법인에게 결정고지한 부가가치세 합계 329,320,430원(92년 제1기 24,843,610원, 92년 제2기 106,409,000원, 93년 제1기 108,483,220원, 93년 제2기 89,584,600원)의 부과처분은 사도신설공사 관련 매입세액불공제액128,097,119원과 OO공단연결도로공사 관련 매입세액불공제액 144,800,000원중 토공사부분 관련 매입세액(사도신설공사 28,369,053원, OO공단연결도로공사 10,174,800원) 및 그에 상응하는 간접비에 해당하는 매입세액을 제외한 나머지 매입세액은 매출세액에서 이를 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구주장은 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 경기도 OO시 OO동 OOOOOOO에 제조장을 둔 법인으로서 ’92년 제1기 부가가치세 예정신고기간부터 ’93년 제2기 부가가치세 예정신고기간 사이에 제조장과 OO공단과의 연결을 위하여 제조장내 기존도로를 다른 곳으로 옮기기 위한 도로이설공사를 하면서 관련 매입세액 443,385,098원(사도신설공사 272,099,988원, OO공단연결도로공사 144,800,000원, 환토관련 산림훼손공사 22,585,100원 및 수목이식공사 3,9000,000원이며, 이하 “관련매입세액”이라 한다)을 신고하고 이를 전액 공제받은 사실이 있다. 처분청은 청구법인의 위 도로이설공사 관련 매입세액중 299,382,219원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)은 토지조성등과 관련한 자본적지출로 보아 매입세액을 불공제하고 이에 상당하는 신고납부불성실가산세를 가산하여 94.5.17 청구법인에게 부가가치세 ’92년 제1기 24,843,610원, 92년 제2기 106,409,000원, 93년 제1기 108,483,220원, 93년 제2기 89,584,600원 합계 329,320,430원을 과세하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.7.14 심사청구를 거쳐 94.10.20 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 쟁점매입세액은 사업확장의 일환으로 제조장내의 토지위에 건축물을 증축하고자 제조장내의 기존도로를 동일제조장내의 다른 위치로 옮기기 위한 도로이설공사와, 차량진출입의 편의를 도모하기 위하여 청구법인의 제조장과 인접해 있는 OO공단을 연결하기 위한 도로공사등과 관련된 매입세액으로서 법인세법시행규칙 별표1의 3, 구축물·포장도로 관련 매입세액에 해당되고 토지조성 등을 위한 자본적지출에 해당되지 아니하고 또한 청구법인은 면세사업자가 아니므로 매출세액에서 공제되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 토지와 구분되는 구축물등의 건설공사와 관련된 매입세액은 이를 매출세액에서 공제하는 것이나, 청구법인은 토지조성등을 위한 자본적지출이 아니라고 주장만 하고 당해공사와 관련된 입증서류를 제시하지 않고 있어 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 공사인지 아니면, 사업용고정자산의 구축물에 해당되는 지 여부를 확인할 수 없고, 토지 자체가 부가가치세 면제물품으로서 쟁점공사금액은 당해토지의 취득원가를 구성하기 때문에 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 제조장내 기존도로를 동일 제조장내의 다른 곳으로 옮기기 위한 도로이설공사 관련매입세액중 쟁점매입세액을 토지의 조성등을 위한 자본적지출로 보아 매출세액에서 불공제한 처분의 당부.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제1항에서 『사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액』을 규정하고 있고, 제2항 본문에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”면서, 그 제4호에서 『제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)』을 규정하면서, 동법시행령 제60조 제6항에서 『법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액을 포함한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 청구법인의 이 건 공사별 매입세액 공제 신고현황과 처분청의 매입세액불공제현황을 관련자료에 의하여 살펴보면 다음과 같이 확인된다. 우선 도로신설공사와 관련된 사도신설공사와 OO공단연결도로공사를 살펴본다. 공사(구분) 환토관련산림훼손공사 수목이식공사 신고(공제)매입세액 불공제매입세액 신고매입세액 불공제매입세액 수목이식공사 산림훼손공사 기타(간접비) 8,057,820원 10,653,951원 3,873,329원 8,057,820원 10,653,951원 3,873,329원 3,900,000원 3,900,000원 합계 22,585,100원 22,585,100원 3,900,000원 3,900,000원 공사(구분) 사도신설공사 OO공단연결도로공사 신고(공제)매입세액 매입세액불공제액 신고매입세액 매입세액불공제액 토 공 사 배 수 공 사 포 장 공 사 구조물 공사 부 대 공 사 기타(간접비) 헬기장 공사 건 축 공 사 교 량 공 사 전기시설공사 수목이식공사 산림훼손공사 28,369,053원 81,430,710원 75,203,300원 2,921,934원 2,918,950원 52,096,215원 1,774,918원 1,885,170원 25,499,750원 28,369,053원 0 75,203,300원 0 0 24,524,766원 0 0 0 10,174,800원 26,590,023원 28,893,094원 21,783,221원 4,144,928원 27,655,770원 25,588,163원 10,174,800원 26,590,023원 28,893,094원 21,783,221원 4,144,928원 27,655,770원 25,588,163원 합 계 272,100,000원 128,097,119원 144,800,000원 144,800,000원 다음 도로신설공사와 관련된 환토관련 산림훼손공사와 수목이식공사를 살펴본다.
• 라. 쟁점매입세액을 토지의 조성등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제한 처분의 당부.

(1) 부가가치세법시행령 제60조 제6항은 91.12.31 신설된 규정으로서 그 신설이유를 보면, 토지는 부가가치세 면세재화이므로 토지에 관련하여 지출한 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하고 취득원가로 계상되어야 된다는 것을 명확히 하려는 것이 이 규정의 취지(재무부 예규 부가 46015-21, 93.1.29 같은 뜻임)인 바, 법인세법시행규칙 [별표 1]의 고정자산 내용년수표상 감가상각대상자산에 관련된 공사는 당해토지의 조성과 관련된 것으로 보기어렵다 할 것이므로 그 공사비에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하여야 할 것이나 골프장부지조성등을 위한 성토 및 절토공사의 예와 같이 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 공사비에 대한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 이를 공제하는 것이 타당하다 할 것이다(국심 94부 4077, 94.9.30 같은 뜻임). (2). 공사별로 토지조성을 위한 자본적지출에 해당하는 지 여부를 살펴보면, 첫째, 환토관련산림훼손공사 및 수목이식공사는 도로이설을 하기 위한 기초단계의 공사로서 도로부지조성을 위한 공사이며 당해 공사금액은 토지조성을 위한 자본적지출에 해당하는 것으로 보이므로 처분청이 관련매입세액을 불공제한 것은 정당하다고 판단된다. 둘째, 사도신설공사와 OO공단연결도로공사를 살펴보면 토공사·배수공사·포장공사·구조물공사·부대공사·건축공사·교량공사 및 전기설비공사등으로 구성되어 있는데, 처분청은 사도신설공사에서 토공사·포장공사 및 이에 상응하는 간접비 관련 매입세액을 토지조성을 위한 자본적지출로 보아 불공제하고 있고, OO공단연결도로공사 관련 매입세액은 구체적인 증빙을 제시하지 않는다 하여 전액을 불공제하고 있는 바, 전시한 바와 같이 각 공사금액 및 관련매입세액은 당심판소에 제시된 도급계약서와 기성내역서 및 장부등에 의하여 확인되고 있어 구체적으로 어느 부분의 공사가 토지조성을 위한 자본적지출에 해당되는 지 여부를 살펴본다. 우선, 사도신설공사와 OO공단연결도로공사중 토공사부분과 포장공사부분을 제외한 배수공사·구조물공사 및 이에 상응하는 기타 간접비 관련 매입세액은 처분청이 사도신설공사시 매출세액에서 공제하고 있는 것을 보아도 알 수 있듯이 법인세법시행규칙 [별표 1]에서 규정하고 있는 감가상각대상자산인 구축물 관련 공사매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하는 것에 대하여는 다툼이 없다고 판단된다. 다만, 국세청 심사결정에서 OO공단연결도로공사의 경우 구체적증빙을 제출하지 않아 불명확하다 하여 관련매입세액 전액을 불공제하였으나 전시한 바와 같이 확인되므로 토공사 및 포장공사 관련 매입세액을 제외한 매입세액은 매출세액에서 이를 공제하여야 할 것으로 판단된다. 다음, 처분청에서 사도신설공사중 토공사와 포장공사 및 이에 상응하는 기타 간접비 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하였는 바 이를 살펴보면, 토공사는 이를 세분하면 성토·절토 및 흙운반등과 관련된 공사로서 토지조성을 위한 자본적지출에 해당하는 것으로 보이므로 토공사 및 이에 상응하는 기타 간접비 관련매입세액은 이를 불공제하는 것이 타당하다고 판단된다(국심 93전 2704, 94.2.21 같은 뜻임). 다만, 포장공사는 법인세법시행규칙 [별표 1]의 고정자산 내용연수표에서 포장도로·포장도로면을 감가상각대상자산인 구축물로 규정하고 있으므로 사도신설공사와 OO공단연결도로공사에서 포장공사와 이에 상응하는 기타 간접비 관련 매입세액은 매출세액에서 이를 공제하여야 한다고 판단된다.(국심 93전 2704, 94.2.21 같은 뜻임) 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.