[주 문] 성남세무서장이 94.3.31 청구인에게 경정·고지한 ’93년도 제1기 부가가치세 19,920,340원은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구인은 경기도 성남시 OOO동 OOOOO 사업장에서 82.1.9 사업자 등록을 하고 폐지판매업을 영위하여 오면서 88.7.14 위 사업장에 대하여 서울환경지청장으로부터 파지ㆍ고철의 수거ㆍ분리ㆍ재생업체로 폐기물재생이용인정을 받은바 있으며, 93.3.10 서울특별시 서초구 OO동 OOOO 소재 사업장에서 서울특별시 서초구청장에게 폐기물재활용 신고를 이행하고 93.1.1～93.6.30 사업기간중 폐지판매에 대한 부가가치세 의제매입세액 17,364,807원을 공제가능한 매입세액으로 신고한 사실이 있다. 처분청은 폐기물관리법에 의한 사업장의 신고는 당해 사업장을 관할하는 시ㆍ도지사에게 하여야 함에도 청구인은 서울시 OO동 소재 사업장만 신고를 하고 쟁점매입세액의 사업장 관할인 성남시장이나 경기도지사에게는 신고를 이행하지 아니하여 부가가치세 의제매입세액(이하 “쟁점의제매입세액”이라 한다)의 공제대상 범위에 해당하지 아니하는 것으로 보아 94.3.31 청구인에게 93년 제1기 부가가치세 19,920,340원을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 94.5.23 심사청구를 거쳐 94.8.16 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구인은 82.1.9부터 성남시 중원구 OOO동 OOOOO에 사업장을 두고 경기도 및 서울시 일대의 폐지류를 수집하여 제지회사에 판매하여 오다가 서울시 일대의 폐지류를 성남시까지 운반하기 불편하여 91.5.1부터 서울시 OO동 OOOO에 집하장을 설치하여 사용하고 있고, 88.7.14 경기도 성남시 중원구 OOO동 OOOOO 사업장에 대하여 서울환경지청장으로부터 파지ㆍ고철의 수거ㆍ분리ㆍ재생업체로 폐기물의 재생이용 인정을 받은바 있으며, 93.3.10 서울특별시 서초구 OO동 OOOO의 집하장을 사업장으로 하여 일반폐기물재활용신고를 서울특별시에 하였는 바, 처분청은 위 일반폐기물재활용 신고가 청구인이 사업자등록을 한 경기도 성남시 중원구 OOO동 OOOOO에서 행하여진 것이 아니므로 이를 인정할 수 없다고 하나 조세감면규제법 시행령 제58조의 2 제2항에 의하면 의제매입세액 공제를 받을 수 있는 사업자를 “폐기물관리법에 의하여 폐기물의 재활용신고를 한 자”라고 규정하고 있어 사업장마다 신고를 하지 아니하여도 된다고 할 것이고, 재활용 물품을 선별ㆍ분리할 시설이 설치된 장소를 주사업장으로 보아야 한다면 성남시 중원구 OOO동 OOOOO 소재 작업장이 주사업장이 아니고 재활용 물품을 선별ㆍ분리할 시설이 설치되어 있는 서울특별시 서초구 OO동 OOOO의 OO동 사업장을 주사업장으로 보아야 하므로 이 건 관할 관청은 성남세무서장이 아니고 서초세무서장이므로 서초세무서장이 과세하여야 할 것이며 성남세무서장이 이 건 의제매입세액의 공제는 부인하면서 매출세액은 청구인의 신고대로 인정하는 것은 실질과세의 원칙에 위배되는 것이므로 이 건 처분은 취소하여야 한다고 주장하고, 국세청장은 조세감면규제법 제74조의 3 제1항 및 같은법 시행령 제58조의 2 제2항의 규정에서는 재활용 폐자원 등에 대한 부가가치세 의제매입세액공제를 받을 수 있는 사업자는 조세감면규제법 새행령 제58조의 2 제2항에 규정하는 제1호 내지 제5호에 규정하는 사업자로 한정하고 있고 그 제5호의 “기타 재활용폐자원 등을 수집하는 사업자로서 재무부령이 정하는 자”는 이 건 부가가치세 과세기간 종료일인 93.6.30까지 재무부령을 규정하지 아니하여 실제적으로 제1호 내지 제4호에 규정하는 사업자에 한하는 것이며, 재활용 폐자원 및 중고품을 수집하여 판매하는 경우에는 재활용되는 물품을 선별ㆍ분리ㆍ보관하는 시설이 설치된 작업장을 사업장으로 하여 각 사업장마다 사업자등록 및 일판폐기물재활용신고를 하여야 한다고 할 것이고, 이 건의 경우 청구인이 서초구 OO동 OOOO 소재의 사업장에서 일반폐기물 재활용신고를 하였다고 하여 성남시 중원구 OOO동 OOOOO의 사업장에서도 일반폐기물재활용 신고를 하였다고할 수 없다 할 것이므로 조세감면규제법 시행령 제58조의 2 제2항 제2호에 규정하는 “폐기물관리법에 의하여 폐기물의 재활용신고를 한 자”에 해당하지 아니하여 재활용 폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제를 배제한 처분에 잘못이 없다고 한다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 이 건은 쟁점의제매입세액을 부가가치세법상 공제 불가능한 의제매입세액으로 본 처분이 타당한지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.
- 나. 관계법령 조세감면규제법 제74조의 3 제1항에 의하면 『재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다』고 규정하고 있으며, 같은조 제2항에 의하면 『제1항의 규정을 적용함에 있어서 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법, 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다』고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제58조의 2 제1항에 의하면 『법 제74조의 3 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액”이라 함은 재활용폐자원 및 중고품(이하 “재활용폐자원 등”이라 한다)의 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 말한다』고 규정하고 있으며, 같은조 제2항 제2호 및 제5호에 의하면 『2. 폐기물관리법에 의하여 폐기물의 재활용신고를 한 자. 5. 기타 재활용폐자원등을 수집하는 사업자로서 재무부령이 정하는 자』라고 규정하고 있고, 같은조 제3항에 의하면 『법 제74조의 3 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고품의 범위는 다음과 같다. 1. 고철 2. 폐지』라고 규정하고 있으며, 94.4.13 재무부령 제1970호로 시행된 같은법 시행규칙 제52조에 의하면 『영 제97조 제2항 제5호에서 “재무부령이 정하는 자”라 함은 재생재료수집 및 판매를 주된 사업으로 하는 자를 말한다.』라고 규정하고 있고 동 시행규칙 부칙 제5조에 의하면 『제52조 및 제53조의 개정 규정은 이 규칙 시행후 최초로 신고하는 분부터 적용한다』고 규정하고 있고, 부가가치세법 제17조 제1항에 의하면 『사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세 납부세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액을 환급받을 환급세액으로 한다.』라고 규정하고 있으며, 국세기본법 제44조에 의하면 『국세의 과세표준과 세액의 결정 또는 경정결정은 그 처분 당시 당해 납세지를 관할하는 세무서장이 행한다』라고 규정하고 있다.
- 다. 사실관계 및 판단 청구인은 폐기물관리법에 의하여 재활용신고를 한 자 및 재생재료를 수집 및 판매한 자에 해당하므로 청구인에게 부과한 이 건은 취소하여야 한다고 주장하는 바 이를 살펴보면, 첫째, 청구인은 폐지수집판매업을 영위하는 자로서 82.1.9 경기도 성남시 OOO동 OOOOO 소재 사업장에서 폐지ㆍ고철을 종목으로 처분청에 사업자등록을 하고 사업을 영위하다가 94.1.27 서울특별시 서초구 OO동 OOOO 소재 영업장을 사업장으로 하여 서초세무서로 세적을 이전한 사실이 있고, 성남세무서장인 처분청은 93.3.31 청구인에게 이 건을 과세하였으나 청구인의 납세지를 관할하는 세무서장은 국세기본법 제44의 규정에 의하여 이 건 처분당시(94.3.16) 사업장 관할세무서장인 서초세무서장이므로 관할권이 없는 성남세무서장이 한 이 건 처분은 위법한 것으로 판단되며, 둘째, 조세감면규제법상 폐자원등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례 제도는 폐자원이나 중고품을 수집하여 재생업체에 판매하는 사업자에 대하여 세부담을 경감함으로써 폐자원등의 수집활동을 보다 원활히 이루어질 수 있도록 지원하기 위하여 92.12.8 신설한 부가가치세 의제매입세액공제제도로서 부가가치세법상 의제매입세액의 세율인 103분의 3보다 더높은 110분의 10을 적용하고 있고, 청구인은 성남시장이나 경기도지사에게 폐기물재활용신고를 이행하지는 아니하였으나 93.3.10 서울특별시 서초구청장 관할 구역내인 OO동의 사업장에서 폐기물재활용 신고를 이행한 사실이 확인되고 있으며, 조세감면규제법상 의제매입세액의 공제 대상자는 “폐기물관리법에 의하여 폐기물의 재활용신고를 한 자”로 규정하고 있고 폐기물관리법 시행령 제31조 제1항에서는 일반폐기물재활용신고를 당해 사업장을 관할하는 시ㆍ도지사에게 하도록 규정하고 있는 바 폐기물재활용신고를 사업장마다 하여야 한다고 규정하고 있지 아니하므로 청구인이 서울특별시 서초구청장에게 폐기물재활용 신고를 한 후 서울특별시 및 성남시에서 폐지의 수집판매업을 행하였다고 하여 조세감면규제법상 의제매입세액의 공제를 부인한 처분은 관련법리를 오인한 것으로 판단된다. 위 사실과 관계법령을 종합하여 보면, 처분청의 이 건 과세는 관할세무서장이 아닌 성남세무서장이 한 것으로 권한 없는 자의 처분이므로 그 효력이 없다 할 것이고(동지: 국세기본법통칙 5-1-04-44), 또한 청구인은 위에서 본 바와 같이 조세감면규제법 제74조의3 제1항 및 제2항과 그 시행령 제58조의2 제2항 제2호의 규정에 의하여 폐기물관리법상 매입세액 공제를 받을 수 있는 사업자에 해당한다 할 것이므로 이 건 처분은 취소하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.