나. 처분청은 청구인이 법률상 자격을 구비하지 아니하고 기계설계 용역을 공급하는 자이므로 부가가치세 면제대상이 아니라고 보아 94.1.3 청구인에게 90년분 부가가치세 5,732,280원, 91년분 부가가치세 6,841,850원, 92년분 부가가치세 8,898,650원을 부과하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 94.2.4 심사청구를 거쳐 94. 5.20 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
가. 청구인은 부가가치세 면세사업자로 사업자등록증을 교부받아 면세사업자로서 수입금액 신고를 하였는 바, 처분청이 이제와서 부가가치세 과세사업자라 하여 부가가치세를 과세한 것은 국세기본법 제15조의 신의성실의 원칙에 위배된 처분으로 취소되어야 한다는 주장이다.
나. 국세청장은 소득세법 제197조의 2 및 부가가치세법 제5조의 규정에 의한 사업자등록은 단순한 사업사실의 신고행위이고 사업자등록증의 교부는 그러한 등록사실을 증명하는 증서를 교부한 것에 불과한 것이므로 청구인에게 면세사업자등록증이 교부되었다 하여 그것이 곧 청구인이 영위하는 부가가치세 과세사업등 모든 사업에 대하여 과세관청이 면세적용을 하겠다는 견해를 표시한 것이라 할 수는 없다 할 것이고, 소득세법 제114조의 2의 규정에 의한 사업장별 수입금액 결정은 소득세 결정을 위한 과세관청의 내부절차로서 납세자의 권리의무에 영향을 미치는 대외적 처분이 아니므로 동 결정을 청구인의 사업에 대하여 부가가치세를 과세하지 아니하겠다는 과세관청의 공적견해 표명으로 인정할 수 없다 할 것이므로 이 건 처분이 신의성실의 원칙이나 소급과세금지원칙에 위배된 처분이라는 청구주장은 받아들 수 없다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
가. 부가가치세 면세사업자로 등록하고 수입금액 신고한 사업자를 과세사업에 해당된다고 하여 부가가치세를 과세한 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부에 다툼이 있다.
나. 국세기본법 제15조에서 “납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 의무를 수행함에 있어서도 또한 같다”고 규정하고 있어 신의성실의 원칙은 세무공무원 뿐만 아니라 납세자에게도 공통적으로 요구되는 것임을 알 수 있는데 처분청이 청구인에게 면세사업용 사업자등록증을 교부해주었던 것은 청구인이 영위하는 사업이 과세사업인데도 면세사업자로 사업자등록을 신청함으로써 신의에 좇아 하지 아니한 청구인의 사업자등록 신청을 그대로 신뢰한 데 기인한 것이라 인정되며, 또한 처분청이 청구인에게 이와 같이 사업자등록증을 교부한 것이 청구인의 사업이 부가가치세가 면제되는 것이라고 처분청이 공정인 견해를 표명한것도 아니라 하겠다. 국세기본법 제26조의 2 제1호는 부가가치세의 경우 국세부과의 제척기간을 5년으로 규정하고 있고, 부가가치세법 제21조에서는 사업자가 부가가치세 과세표준과 세액을 확정신고하지 아니한 때에는 경정하여야 하고 또 경정한 과세표준과 세액에 오류 또는 탈루가 있는 경우에는 재경정을 하여야 한다고 규정하고 있는 바, 이상의 내용을 종합하여 볼 때 처분청이 청구인에게 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부해주었던 사실에도 불구하고 이 건 부과처분은 신의성실의 원칙에 위배되거나 위법한 처분이라 할 수 없다 하겠다(국심 93서2951, 94.2.16외 다수 같은 뜻임).
다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.