청구인이 93.6.28과 93.6.30에 교부받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제되는지 여부(경정)

[주 문] 부천세무서장이 93.8.16 청구인에게 고지한 93년 제1기 부가 가치세 1,680,480원의 처분은 93.6.30 공급가액 200,000,000원 의 세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 그 세 액을 경정한다.

[이 유]

1. 사실 청구인은 임대사업을 영위하기 위하여 경기도 부천시 OOO OO동 OOOO O외 1필지의 토지위에 상가건물 2,782.52㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하였다. 청구인은 93.6.22 사업자등록을 신청하고 쟁점건물을 시공한 청구외 OO종합건설 주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 공급가액 100,000,000원, 200,000,000원인 세금계산서를 93.6.28과 93.6.30에 교부받아 93년 제1기 부가가치세 신고시 매입세액 공제신청 하였다. 처분청은 쟁점건물에 대한 공사비 소요액을 사업자등록일을 기준으로 구분하여 사업자등록전에 소요된 공사비에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다 하여 청구인이 공제신청한 매입세액 30,000,000원의 공제를 배제하여 93.8.16 청구인에게 93년 제1기 부가가치세 1,680,480원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 93.10.14 이의신청, 93.12.31 심사청구를 거쳐 94.4.22 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 청구인은 부동산임대업을 영위하기 위한 사업자등록증을 교부받은 후에 청구외 법인에게 공사기성고에 따라 지급하기로 한 공사대금을 지급하고 세금계산서를 교부받았으므로 청구인이 교부받은 세금계산서의 매입세액을 등록전 매입세액으로 보아 공제배제한 처분은 부당하다.

3. 국세청장 의견 쟁점건물은 청구인의 부(夫) OOO 명의로 건축중에 청구인 앞으로 건축주를 변경하였는 바 쟁점건물의 착공일부터 건축허가 변경일까지 기성고 확인이나 이에 대한 세금계산서의 수수도 없었으며 공사대금은 임대보증금으로 대체한다고 약정하였다면 이는 중간지급조건부 거래임에도 이러한 조건에 따라 세금계산서를 교부받은 사실이 확인되지 아니하고 있어 처분청이 청구인의 사업자등록 신청일인 93.6.22 이후의 공사실적을 확인하고 쟁점건물의 신축공사와 관련하여 교부받은 세금계산서상의 매입세액에서 사업자등록 신청후의 공사실적에 상당하는 세금계산서상의 매입세액을 차감하여 이를 등록전 매입세액으로 보아 불공제한 처분은 잘못이 없다는 의견이다.

4. 심리 및 판단

• 가. 이 건 심판청구는 청구인이 93.6.28과 93.6.30에 교부받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 부가가치세법 제9조 제2항 및 동법시행령 제22조 제2호에서는 용역의 공급시기는 완성도기준ㆍ중간지급ㆍ연불 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급 단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때라고 규정하고 있으며 부가가치세법 제5조 제1항은 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 사업개시일부터 20일내에 정부에 등록하도록 하면서, 동법 제17조 제2항 제5호는 등록하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있다. 그런데 등록하기 전의 매입세액인지 여부는 부가가치세법이 정한 세금계산서의 교부시기인 재화 또는 용역의 공급시기가 사업자 등록하지 전인지 여부에 의하여 가려야 할 것이다.
• 다. 1) 청구의 부(夫) OOO는 부천시 OOO청장으로부터 쟁점건물에 대한 건축허가를 받아 건축중에 부도가 나게 됨에 따라서 93.5.12 건축주를 청구인으로 변경하여 청구인이 건축주인 청구외 법인과 추가 건축계약을 체결하고 공사를 진행하면서 93.6.22 처분청에 사업자등록을 하였음이 처분청의 조사내용 및 청구인이 제출한 관련증빙에 의하여 확인되고 이 부분에 대하여는 다툼이 없다.

2. 청구인과 청구외 법인 및 청구인의 부(夫) OOO와 청구외 법인간의 쟁점건물에 대한 건설공사 계약서에 의하면 공사대금은 임대보증금으로 대체한다고 하는 “대금지급일을 청구인의 임대보증금 수령일”로 하였으므로 쟁점건물에 대한 건설용역의 공급은 중간지급조건부 거래에 해당한다. 따라서 임대보증금 수령일이 쟁점건물에 대한 건설용역의 공급시기가 된다 하겠다.(부가가치세법 시행령 제22조 제2호)

3. 청구인은 사업자등록신청일 이전에 (주)OO은행으로부터 임대보증금을 지급받은 사실이 있지만 이를 공사대금으로 청구법인에 지급하고 세금계산서를 교부받은 바가 없으며 이와 관련한 매입세액의 공제신청을 한 바도 없으나 93.6.22 청구인 명의로 사업자등록을 한 후인 93.6.26 (주)OO생명으로부터 200,000,000원의 임대보증금을 지급받은 바 있다. 청구인은 앞서 본 바와같이 93.6.28에 100,000,000원, 93.6.30에 200,000,000원의 세금계산서를 청구외 법인으로부터 교부받아 이를 처분청에 제출하였는데 위 세금계산서중 93.6.30의 세금계산서는 거래금액 교부일자등에 비추어 보면 청구인이 (주)OO생명으로부터 93.6.26 지급받은 200,000,000원이 청구인을 거쳐서 청구외 법인에게 지급된 것으로 보인다. 그러하다면 위 200,000,000원의 세금계산서는 청구인과 청구외 법인과의 중간지급조건부에 의한 공사계약서에 따라서 그 공급시기가 정해진 임대보증금의 수령일에 청구인이 청구외 법인으로부터 교부받은 세금계산서에 해당한다 하겠으므로 이의 매입세액은 청구인의 사업자등록일 이후의 적법한 공급시기에 교부된 것이라 하겠으므로 이의 매입세액은 공제되어야 할 것이다. 그러나 93.6.28 100,000,000원의 세금계산서는 동 세금계산서가 교부되는 시기에 청구인이 임대보증금을 받은 바 없음을 볼 때에 적법한 공급시기에 교부된 세금계산서로 보기는 어렵다 하겠으므로 등록전 매입세액으로서 이의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다 하겠다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.