비업무용부동산으로 보아 손금부인한 제세공과금중에 업무용부동산에 관련된 재산세등이 포함되어 있는지 여부(경정)

[주 문]

1. 서인천세무서장이 ’93.10.18 청구법인에게 부과한 ’91.1.1～ 12.31 사업년도 법인세 183,098,400원, ’92.1.1～12.31 사업년도 법인세 100,718,230원의 처분은 인천광역시 남동구 OO동 OOO 외 소재 토지와 남동구 OO동 OOOOO 소재 토지에 대한 ’91년도 및 ’92년도 종합토지세 중에서 업무용과 비업무용으로 구분하여 업무용 종합토지세는 손익산입하도록 재조사 결정한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 사실 및 처분개요 청구법인은 74.1.16 OOOO공업주식회사라는 상호로 설립된 후 82.3.31 주식회사 OO주택을 흡수합병하여 87.11.18 주식회사 OO개발로 상호를 변경하였고 88.3.31 주식회사 OO주택을 흡수합병한 법인이다. 처분청은 청구법인이 86.8.10 취득한 인천광역시 북구 OO동 OOOOO 임야 96,490㎡와 같은 동 O OOOO 임야 5,207㎡, 88.8.29 취득한 같은 동 O OO 임야 288,398㎡ 및 88.11.30 취득한 같은 시 서구 OO동 O OOO 외 18필지의 임야 1,195,040㎡ (합계 1,585,135㎡, 이하 “쟁점1토지”라 한다), 주식회사 OO주택이 84.11.15 취득한 인천광역시 남동구 OO동 OOOOO 등 대지 23,283㎡(이하 “쟁점2토지”라 한다), 86.2.14 청구법인, 주식회사 OO주택(88.3.31 청구법인에 피합병된 회사임), 청구외 OOOO 주식회사가 각각 1/3의 지분으로 공동취득한 광주광역시 동구 OO동 O OOOO 임야 14,678㎡, 같은 동 O OOOO 임야 1,884㎡, 같은 동 전 18,787㎡ 합계35,349㎡중 2/3 지분에 해당하는 23,566㎡(이하 “쟁점3토지”라 한다)를 각각 취득한 후 2년이 경과한 때부터 비업무용부동산으로 보아 ’90.1.1～12.31 사업년도의 지급이자 및 쟁점토지 관련 제세공과금 176,184,901원, ’91.1.1～12.31 사업년도의 지급이자 및 쟁점토지 관련 제세공과금 449,617,954원, ’92.1.1～12.31 사업년도의 지급이자 및 쟁점토지 관련 제세공과금 355,683,210원을 각각 손금불산입하여 ’93.10.16 청구법인에게 ’90.1.1～12.31 사업년도 법인세(추가분) 5,151,670원 및 동 방위세(추가분) 10,077,530원 및 ’91.1.1～12.31 사업년도 법인세 183,098,400원과 ’92.1.1～12.31 사업년도 법인세 100,718,230원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ’93.12.17 심사청구를 거쳐 ’94.4.12 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

• 가. 청구법인은 공원사업을 추진하기 위하여 86.8.10부터 90.10.10까지 쟁점1토지를 포함하여 도시계획상 공원용지인 인천광역시 북구 OO동 및 같은 시 서구 OO동 일원의 토지 총 1,818,031㎡를 취득하였다. 청구법인은 공원사업을 하기 위하여 90.9.3 기본계획설계를 발주한 후 관계 허가관청의 각종 지시사항을 이행하면서 수차에 걸쳐 도시공원조성승인신청을 하였으나, 인천광역시는 각종 보완지시와 신청서반려등으로 승인을 지연시킬 뿐만 아니라 91.8.1 환경정책기본법이 개정되어 도시공원조성도 환경영향평가 대상사업으로 규정되어 청구법인의 공원사업에 새로운 제한을 받게 되었다. 도시공원사업은 장기간이 소요될 뿐만 아니라 도시계획법, 도시공원법, 환경정책기본법, 도시교통정비촉진법의 소정절차를 이행하여야 하고 그 제한을 받게 되는데, 처분청은 건축법에 의한 건축제한 여부만 검토하여 비업무용부동산으로 본 것이다. 청구법인은 쟁점1토지 등 공원사업용토지를 취득한 후 기본설계용역비, 환경영향평가용역비, 교통영향평가용역비 등 막대한 재원을 투자하면서 일체의 단절이나 투기목적 없이 오직 목적사업인 공원사업에 전념하여 온 바 동 공원사업용토지는 비업무용부동산이 아니다.
• 나. 청구법인은 쟁점2토지를 목적사업인 주택신축부지로 84.4.11 취득한 후 85.7말 인천광역시에 주택건설사업계획 입지심의를 신청하였으나, 급수불가지역 등의 사유로 반려되었다. 청구법인은 그후 수차례 사업계획을 보완 신청하였음에도 86.9.30 주택건설입지심의 부결 통보되었다. 또한 청구법인이 쟁점2토지를 취득한 후인 87.1.30 인천광역시가 도시계획입안지구로 고시하여 당해 토지의 사용을 일체 금지하였다가 89.11.8 인천광역시 고시 제1588호로 도시계획시설을 결정고시한 후에야 도시계획 입안지구를 해제하였다. 그러므로 쟁점2토지는 그 사용이 금지 또는 제한된 날부터 그 금지 또한 제한이 해제된 후 2년까지는 비업무용부동산에 해당하지 아니한다.
• 다. 쟁점3토지는 청구법인이 주택사업용토지로서 86.2.20 취득하였으나, 87.10.27 광주광역시 훈령 제387호로 광주광역시 토지형질변경등 행위허가사무취급규정이 제정되었고, 쟁점3토지가 동 규정 제5조(행위허가등) 제2호에서 규정한 “출원지가 경사도 30퍼센트 이상 지역”에 해당하여 토지의 형질변경이 불가능하게 되었다. 그러므로 쟁점3토지도 그 사용이 금지 또는 제한된 날부터 그 금지 또는 제한이 해제된 후 2년까지는 비업무용부동산에 해당하지 아니한다.
• 라. 쟁점토지들이 비업무용부동산에 해당된다 하더라도 지급이자에 비업무용부동산의 가액이 총차입금에서 차지하는 비율을 곱하여 지급이자손금불산입액을 OO함에 있어서 동 총차입금에 청구법인이 주주·임원으로부터 차입한 단기차입금도 포함하여야 하며, ’91사업년도 및 ’92사업년도 법인세 경정결의시 손금불산입한 재산세 및 제세공과금 중에는 청구법인의 현재 임대용 건물, 사택, 공장등과 관련된 재산세 및 제세공과금이 포함되어 있으므로 부당하게 경정결정된 법인세 경정결정은 취소되어야 한다.

3. 국세청장 의견 쟁점1토지는 건축물 또는 시설물이 없는 토지이고 취득 후 1년이상 경과된 부동산으로서 청구법인의 업무에 직접사용하지 아니하였으며 건축법에 의하여 건축제한을 받은 사실이 없는 부동산으로 확인되는 바, 단지 공원조성허가승인을 신청하여 환경영향평가 및 교통영향평가중에 있다는 이유로 사용이 제한된 토지라는 청구주장은 신빙성이 없으며, 쟁점2토지는 도시계획입안중에 있다가 도시계획입안지구에서 해제된 토지로서 이는 토지의 사용금지 또는 제한을 하지 아니한 단순 도시계획입안중인 경우일 뿐이므로 도시계획입안으로 사용이 금지 또는 제한되었다는 청구주장은 신빙성이 없으며, 쟁점3토지는 86.2.20 취득한 임야등으로서 1년이상 경과된 부동산으로 청구법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산이어서 감사원 감사에서 비업무용토지로 보아 취득세를 중과한 사실 등으로 볼 때 사용의 금지 또는 제한을 직접적으로 받았다고 볼 수 없는 부동산인 바, 청구인이 단순히 토지형질변경이 불가능한 사유를 들어 사용이 금지·제한된 부동산이라는 주장은 신빙성이 없어 보인다. 위 사실을 모아 보거나 청구법인의 목적사업이 부동산매매업, 주택건설업, 축산업 등임을 볼 때 쟁점토지들을 비업무용부동산으로 보아 이 건 법인세등을 부과한 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

• 가. 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점토지가 비업무용부동산에 해당하는지 여부와 지급이자손금불산입액을 OO함에 있어서 총차입금에 주주·임원으로부터의(이자를 지급하지 아니하는) 단기차입금을 포함하는 것인지 여부 및 종합토지세 등 제세공과금의 손금불산입액을 OO함에 있어서 업무용 토지에 대한 종합토지세가 포함되어 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 법인세법 제18조의3(지급이자의 손금불산입) 제1항, 같은 법 시행령 제43조의2(지급이자의 손금불산입) 제1항 및 제5항의 규정을 모아보면, 비업무용부동산을 보유하고 있는 내국법인이 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 다음 산식에 의하여 OO한 금액은 사업년도의 소득금액OO상 이를 손금에 산입하지 아니하도록 규정하고 있다. 지급이자×지급이자× 또한, 같은 법 제16조 제7호, 제18조의 3 제1항 제1호, 같은법 시행령 제30조 제1호를 모아보면, 비업무용 부동산에 대한 재산세, 도시계획세, 종합토지세 등 비업무용 부동산을 취득관리함에 따른 제세공과금은 손금불산입 하도록 규정하고 있다. 그리고 비업무용부동산에 관하여 같은 법 시행규칙 제18조(지급이자의 손금불산입) 제3항에서 『영 제43조의2 제5항에서 “비업무용부동산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.

1. 취득후 6월(건축물 또는 시설물이 없는 토지는 2년)이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산(매매사업용부동산을 포함한다) 2·3(생략)

4. 임업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 임야. 다만, 산림법에 의한 의무조림대상법인이 조림용으로 소유하고 있는 토지로서 산림법 시행규칙 별표7의 규정에 의한 산업비림 소유기준상의 최소면적이내의 토지는 제외한다.

5. 농경지·묘포장용부동산·목장용부동산. 다만, 다음에 해당하는 부동산으로서 1년간 수입금액이 부동산가액의 100분의 4이상인 것을 제외한다.

• 가. 농업 또는 축산업을 주업(축산물을 당해법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하는 경우를 포함한다)으로 하는 법인이 소유하는 부동산
• 나. (생략)

6. ～13(생략)』으로 규정하고, 그 제4항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 부동산은 제3항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다.

1. 당해 부동산취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것과 그 금지 또는 제한이 해제된 날로부터 2년이 경과되지 아니한 것

2. ～11(생략)”으로 규정하고, 그 제5항에서 “제3항에 규정하는 토지가액·부동산가액·주업의 판정 및 수입금액의 OO 등은 다음에 의한다.

1. 토지가액 또는 부동산가액은 취득가액이나 당해사업년도 종료일(사업년도중 양도한 경우는 양도일)현재의 장부가액 또는 지방세법상의 과세시가표준액 중 많은 금액으로 한다.

2. 겸업시의 주업판정은 수입금액이 큰 사업을 주업으로 본다.

3. 임대용부동산의 수입금액을 OO함에 있어서 임대에 관련하여 전세금 또는 보증금을 받은 경우에는 영 제12조 제1항 제1호단서의 규정을 준용하여 OO한 금액을 수입금액으로 합산한다.”고 규정하고 있다.

• 다. 청구법인은 1944.1.8 공원으로 결정된 인천광역시 북구 OO동 및 서구 OO동 소재 OO산일원의 쟁점1토지 등을 취득한 후 89.3.2 인천광역시에 OO공원조성 참여 요청을 하여 89.3.9 인천광역시로부터 “OO공원조성기본계획은 입안절차중에 있으며, 청구법인의 공원조성참여계획은 도시공원법 제2조 및 동법시행규칙 제2조에 의한 공원시설 이외의 시설(골프장, 클럽하우스 등)이 포함되어 있어 검토대상이 되지 않으나, 그외의 공원법상 가능한 휴양시설로서 공원기본계획에 반영된 시설에는 참여할 수 있다”는 회신을 받고, 90.8.20부터 91.3.4까지 수차에 걸쳐 OO공원의 도시계획사업(비행정청의 도시공원 및 공원시설의 설치관리)허가신청을 하였으나, 인천광역시장은 수차에 걸친 보완지시 끝에 그 신청사업내용이 89.7.27 건설부고시 423호로 결정·고시된 공원조성기본계획에 적합하지 아니하고, 청구인의 민자사업을 수용하기 위하여 동 공원조성기본계획을 변경하는 것이 적절하지 아니하다고 하여 94.7.8 최종적으로 청구법인의 공원조성허가신청관련서류 일체를 반송하였으며, 이에 대한 청구법인의 행정심판청구에 대하여 재결청인 건설교통부장관은 “도시계획관계법령상 청구인에게는 공원조성기본계획변경결정에 대한 입안권 내지 신청권등의 제반권리가 주어져 있지 않다는 점을 고려하면 피청구인(인천광역시장)의 94.7.8자 회신이 청구인의 권리를 침해하는 행정처분이라고 볼 수 없다 할 것이므로, 청구인의 본건 청구는 행정심판의 대상을 행정청의 처분 또는 부작위로 제한하고 있는 행정심판법 제3조 제1항에 위배되는 부적법한 것으로서 각하의 대상이라 할 것이다”라고 하여 각하하였다. 위와 같이 청구법인은 쟁점1토지등에 공원을 조성하기 위하여 89.3.2 인천광역시에 OO공원조성계획참여요청을 하고, 90.8.20부터 91.3.4까지 수차에 걸쳐 OO공원의 도시계획사업(비행정청의 도시공원 및 공원시설의 설치관리)허가신청을 한 바 있으나 이러한 허가신청 등만으로는 청구법인이 쟁점토지를 청구법인의 업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 없으므로 쟁점1토지는 전시한 법인세시행규칙 제18조(지급이자의 손금불산입) 제3항 제1호에서 규정한 부동산에 해당하며, 또한 청구법인이 임업을 주업으로 하지 아니하는 법인인 사실과 쟁점1토지가 산림법에 의한 의무조림대상법인이 조림용으로 소유하고 있는 토지가 아닌 사실에 대하여는 당사자간에 다툼이 없으므로 쟁점1토지는 동항 제4호에서 규정한 임야에 해당한다. 그리고 청구법인은 이미 공원용지로 지정되어 있는 임야인 쟁점1토지를 취득한 것이므로, 전시한 법인세법시행규칙 제18조(지급이자의 손금불산입) 제4항 제1호에서 규정한 “당해 부동산 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것”에 해당하지 아니한다.
• 라. 쟁점2토지는 88.3.31 청구법인에 흡수합병된 주식회사OO주택(이하에서는 따로 구분하지 아니하고 “청구법인”이라 한다)이 84.11.15 취득한 것으로서, 청구법인은 쟁점토지에 공동주택을 신축하기 위하여 85.7부터 수차에 걸쳐 인천광역시와 인천광역시 남구청에 주택건설사업계획 입지심의신청을 하였으나, 당해지역이 상수도 급수불가지역 등의 사유로 입지심의를 얻지 못하고 있던 중 87.1.31부터 89.11.8까지는 도시계획입안지역에 해당하게 되었다. 동 도시계획입안기간중에 청구법인이 인천광역시 남구청에 건축허가가능여부를 질의한 데 대하여 인천광역시 남구청은 87.7.14 “쟁점2토지는 동 대지에 접한 도로가 확장될 예정인 도시계획입안중인 지역으로서 현 지적상으로는 계획도로 확장에 따른 지적고시시 근소한 변경이 있을 수 있으므로 도시계획시설 확정시까지 건축허가가 불가하며, 도시계획 확장예정선에서 상당한 거리를 후퇴하여 토지분할후 건축시 건축법상에는 건축허가가 가능하나 현재 상수도 급수불가지역으로서 공공상수도 설치시까지 대안이 없는 한 건축허가가 불가능하다”고 회신하였다. 따라서 쟁점2토지에 건축허가가 제한된 주된 사유는 당해 지역이 상수도 급수불가지역이었기 때문인 것으로 판단되며, 그러한 사유는 청구법인이 쟁점2토지를 취득한 후에 새로이 발생한 것이 아니므로 쟁점2토지는 전시한 법인세법시행규칙 제18조(지급이자의 손금불산입) 제4항 제1호에서 규정한 “당해부동산 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것”에 해당하지 아니한다.
• 마. 청구법인은 주택사업용토지로서 86.2.20 쟁점3토지를 취득하였으나, 쟁점3토지가 87.10.27 제정된 광주광역시 훈령 제387호 광주광역시토지형질변경등 행위허가사무취급규정 제5조(행위허가등) 제1항 제2호에서 규정한 “출원지가 경사도 30퍼센트 이상 지역”에 해당하여 토지의 형질변경이 불가능하게 된 것이라고 주장하나, 당국세심판소에서 광주광역시 동구에 확인한 바, 동 훈령제정전에는 토지의 형질변경등 행위허가기준등에 관한 규칙(건설교통부령 제353호, 83.1.29)에 의하여 형질변경허가를 하였으며, 동 규칙 제4조(행위허가등) 제1항 제1호에서 “당해 사업의 시행으로 인하여 주변의 환경·풍치·미관등이 크게 손상될 우려가 있는 지역”에서는 토지의 형질변경등을 허가하지 아니하도록 규정하고 있었다. 한편 광주광역시 동구 토지형질변경 허가제한지역 및 행위허가 기준고시(광주광역시동구고시 제1994-22호, 94.12.29)에 의하면 쟁점3토지는 토지형질변경 허가제한지역인 OO유원지 주변의 “주요 관광지 주변과 환경, 풍치, 미관이 손상되는 지역”에 해당함을 알 수 있다. 따라서 쟁점3토지는 위 광주광역시 훈령 제387호 광주광역시 토지형질변경등 행위허가사무취급규정 제5조(행위허가등) 제1항 제2호의 규정에 의하여 토지의 형질변경이 불가능하게 된 것으로 보기 어렵고, 그 이전에 위 토지의 형질변경등 행위허가기준등에 관한 규칙(건설교통부령 제353호, 83.1.29) 제4조(행위허가등) 제1항 제1호의 규정에 의하여 토지의 형질변경이 제한되는 지역에 위치함으로 인하여 토지의 형질변경이 불가능하였던 것으로 판단되므로, 쟁점3토지는 전시한 법인세법시행규칙 제18조(지급이자의 손금불산입) 제4항 제1호에서 규정한 “당해 부동산 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것”에 해당하지 아니한다.
• 바. 법인세법 제18조의3(지급이자의 손금불산입) 제1항, 같은 법 시행령 제43조의2(지급이자의 손금불산입) 제1항에서 비업무용부동산을 보유하고 있는 내국법인이 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 다음 산식에 의하여 OO한 금액은 각 사업년도의 소득금액OO상 이를 손금에 산입하지 아니하도록 규정하고 있다. 지급이자×지급이자× 처분청은 위 총차입금에 청구법인의 지급이자 및 할인료를 부담하는 부채만을 포함하였는 바, 청구법인은 주주·임원으로부터의(이자를 지급하지 아니하는) 단기차입금도 포함하여야 한다는 주장이나, 위 규정은 지급이자중 비업무용부동산가액에 상당하는 차입금에 대한 지급이자를 손금불산입하는 규정이므로 위 총차입금은 지급이자 또는 할인료를 부담하는 차입금만을 의미하는 것으로 봄이 타당하다고 판단된다.
• 사. 청구법인은 처분청이 ’91사업년도 법인세 경정결의시 손금불산입한 제세공과금 51,763,880원 중에 쟁점2 토지인 인천시 남동구 OO동 OOOOO 외 토지에 대한 종합토지에 2,833,990원, 쟁점토지가 아닌 인천광역시 남구 OO동 OOOOO 토지에 대한 종합토지세 1,065,620원 계 3,899,610원과 ’92사업년도 법인세 경정결의시 손금불산입한 제세공과금 38,106,420원 중에 위 OO동 소재 토지에 대한 종합토지세 4,356,210원, 위 OO동 소재 토지에 대한 종합토지세, 224,020원 계 4,580,230원은 상가, 공장 등 업무용으로 사용하는 토지에 대한 종합토지세가 포함되어 있으므로 이를 손금산입하라는 주장을 하면서 처분청의 ’90사업년도～’92사업년도 법인세 경정결의서 및 부속서류인 “비업무용 부동산현황”과 청구법인의 ’91년 및 ’92년도 종합토지세 납부영수증 등을 제시하고 있는 바, 위 “비업무용 부동산현황”을 보면 위 OO동 소재 토지중 비업무용 토지는 ’90년도 18,860㎡이었으나 ’91년 및 ’92년도에는 15,034㎡로 줄었고, OO동 소재 토지는 당초 비업무용 토지에 포함되지 않았음이 확인되고 있고, 종합토지세는 업무용과 비업무용의 구별없이 전체면적에 과세되는 점에 비추어 이 부분 청구법인 주장은 신빙성이 있어 보이나 위 토지들은 취득후 분할과 병합이 많이 이루어져 업무용과 비업무용으로 구분하기 어려우므로 위 종합토지세중 업무용에 해당하는 세액을 확정하기 위하여 처분청의 정밀한 재조사가 필요하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.