매각토지의 양도에 대한 법인세 특별부가세 감면배제 처분의 당부(취소)

[주 문] 김포세무서장이 93.10.16 청구법인에게 결정고지한 92.1.1-92.12.31 사업년도분 법인세 특별부가세 702,444,360원 의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 92-93 사업년도중 경기도 부천시 남구 OO동 OOO 대지 867.8㎡외 24필지 계 9,912.8㎡(이하 “매각토지”라 함)를 5,357,665,000원에 매각하고 92 사업년도(1.1-12.31) 법인세 과세표준 및 세액신고시 조세감면규제법 제67조의13에 의하여 법인세 특별부가세 감면면제 신청을 하였다. 처분청은 위 매각토지에 대한 대체취득자산이 농어민지원 시설과 무관한 임대용 부동산이라 하여 감면배제 하고 93.10.16 청구법인에게 법인세 특별부가세 895,410,570원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.12.7 심사청구를 하였고, 국세청장은 위 매각분중 716,050,000원은 청구법인이 93 사업년도 매각분을 착오로 신고한 것으로 보아 위 고지세액중 192,966,207원은 감액 경정하였다. 청구법인은 나머지 세액에 대하여 94.3.16 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장

1. 청구법인은 대체자산취득과 업무에 직접사용 여부는 양도시기 이후 3년이 되는 95 사업년도에 가서 판단하여야 할 것임에도 3년이 도래하기 전의 일부 비업무용 자산취득사실 하나만 보고 업무용자산이 아니라 하여 법인세 특별부가세 감면을 배제한 처분은 위법이며

2. 청구법인은 매각 토지를 양도한 92 사업년도중 2,685,333,981원 상당의 농어민지원 시설을 취득하였으며 93.9 수정신고시에 3년내 취득할 대체자산취득계획서(54억 7천 5백만원 상당)를 제출하였고

3. 92.12.31 현재 예금잔고가 274억 2억 5천만원이 조성되어 있음에도 92.12.30자로 263억원 상당의 수익사업용 건물을 취득하였다 하여 (대금지급은 ’92:131억 5천만원, ’93:131억 5천만원) 이를 매각토지 양도대금으로 취득한 것으로 단정하는 것은 청구법인의 자율적이고 효율적인 자금운용에 비추어 부당한 판단이라고 주장한다.

• 나. 국세청장 의견 국세청장은 일반기업체와 달리 OOOO조합은 자금의 운용이 한정되어 있어 매각토지의 양도후 임대용 자산을 취득하였다면 양도대금의 일시 전용이라기 보다는 그 양도대금으로 임대용 건물을 취득한 것으로 밖에 볼 수 없으므로 법인세 특별부가세 감면요건을 위배한 것으로 보아야 한다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건의 쟁점은 매각토지의 양도에 대한 법인세 특별부가세 감면배제 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 조세감면규제법 제67조의13 제1항은 “법인이 5년이상 계속하여 업무용으로 직접 사용한 토지등으로서 대통령령이 정하는 토지등은 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도하므로서 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다”고 규정하고 동조 제2항 본문 및 제1호의 규정에 의하면 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 법인이 대통령령이 정하는 바에 의하여 고정자산을 취득하지 아니하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액을 추징하되 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하도록 규정하고 있다. 동법 시행령 제55조의11 제1항은 “법 제67조의13 제1항의 규정에 의하여 특별부가세가 면제되는 토지등은 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다. 1 및 2 (생략)

3. 재무부령이 정하는 농어민지원 시설을 이전할 목적으로 양도하는 경우의 당해 토지등”으로 규정하고 동조 제3항은 “법 제67조의13 제1항 규정에 의한 특별부가세의 면제는 토지등의 양도가액에 상당하는 금액으로 토지등의 양도일로부터 3년이내에 다음 각호의 1에 해당하는 고정자산(이하 이 조에서 “대체취득자산”이라 한다)을 취득하고 이는 당해법인의 업무용으로 직접사용한 경우에 한한다. (단서생략) 1 및 2 (생략)

3. 제1항 제3호의 경우에는 재무부령이 정하는 농어민지원시설” 이라고 규정하고 있다. 한편 동법 시행규칙 제20조의9 제2항은 “령 55조의 11 제1항 제3호 및 제3항 제3호에서 『재무부령이 정하는 농어민지원시설』이라 함은 법 별표 제34호 내지 제36호 및 제40호의 법인과 농촌근대화촉진법에 의하여 설립된 OOOO조합 또는 동 조합연합회가 소유하는 토지등으로서 법령이나 정관 또는 법인등기부에 목적사업으로 정하여 진 사업용 토지등을 말한다. (단서생략)”고 규정하고 있다. 또한 동법시행령 제55조의11 제4항은 “법 제67조의13 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 토지등의 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 양도명세서 및 취득명세(계획)서를 첨부하여 제출하여야 하며 새로운 대체취득 자산의 취득일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 취득명세서 및 양도명세(계획)서를 제출하여야 한다”고 규정하고 있다.

• 다. 청구법인이 양도한 매각토지가 전시 조세감면규제법시행령 제55조의11 제1항 제3호에 해당되어 특별부가세 면제대상 토지임에는 다툼이 없고, 청구법인이 매입하여 92.12.30자로 소유권등기 이전한 서울시 강남구 OOOOOO, OO, OO, OO 대지 2,164㎡ 건물 지상 11층 지하 3층 업무시설 연건평 16,835.44㎡가 수익사업용 임대용 부동산으로서 조세감면규제법 시행령 제55조의11 제3항 제3호에 해당되지 아니하는 자산임에도 다툼이 없다. 또한 청구법인은 92 사업년도 법인세 과세표준신고시 이 건 특별부가세 면제신청서와 양도명세서를 제출하였고 93.9.23 수정신고시 대체자산취득계획서를 제출하였음이 확인된다. 다툼이 되는 사항은 전시 조세감면규제법 제67조의13 제2항에 의한 특별부가세 추징의 시기로서 이에 대하여 보면, 조세감면규제법 시행령 제55조의11 제3항 등에서 토지등을 양도후 취득하는 대체자산은 토지등의 양도일로부터 3년이내에 취득하여 업무용으로 직접 사용하는 경우에 한 하도록 규정하고 있고, 새로운 대체취득 자산을 취득한 경우 그 취득일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 취득명세서를 첨부하여 제출하도록 규정하고 있으므로 토지등의 양도후 3년이 경과하지 아니하였더라도 대체취득 자산의 취득신고가 있는 경우에는 이에 따라 특별부가세 면제요건의 이행여부를 판단하여야 하나 이와 같은 대체취득 자산의 취득신고가 없는 경우에는 양도일로부터 3년이 경과한 후에 특별부가세 면제요건의 이행여부를 판단하여야 할 것이다. 이 건의 경우 5년 이상 사용한 토지의 양도일로부터 3년이 경과하지 아니한 시점에서 처분청은 대체취득 자산의 취득신고가 없는 청구법인의 특정취득 부동산에 대하여 대체취득 자산으로서의 적법성여부, 업무용으로 직접 사용하였는지 여부등 특별부가세 면제요건의 이행여부를 판단하였는 바 이는 전시법령에 비추어 볼 때 관계법리를 오해한 부당한 처분이라고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.