매입세액의 공제여부(경정)

[주 문] 안산세무서장이 93.9.16 청구법인에게 고지한 92년 제2기분 부가가치세 132,708,080원 및 93년 제1기분 부가가치세 7,268,950원의 처분은 청구법인의 경기도 안산시 OO동 OOOOO 소재 공장부지내의 도로포장공사와 관련하여 청구법인이 92년 제2기분 부가가치세 과세기간중에 공급받은 공사금액 104,543,920원에 대한 매입세액 10,454,392원과 93년 제1기분 부가가치세 과세기간중에 공급받은 공사금액 65,722,920원에 대한 매입세액 6,572,292원을 청구법인의 부가가치세 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 세액을 결정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인이 경기도 안산시 OO동 OOOOO 소재 공장부지의 조성공사(이하 “쟁점공사”라 한다)등과 관련하여 공급받은 92.7.1 부터 92.12.31 까지의 공사금액 1,106,886,820원 및 93.1.1 부터 93.6.30 까지의 공사금액 66,081,420원에 대한 부가가치세 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 청구법인의 부가가치세 매출세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 공제하여 92년 제2기분 부가가치세 및 93년 제1기분 부가가치세를 신고한 데 대하여 처분청은 쟁점매입세액을 토지의 조성과 관련된 매입세액으로 보아 이를 매출세액에서 불공제하는 것으로 하여 93.9.16 청구법인에게 92년 제2기분 부가가치세 132,708,080원 및 93년 제1기분 부가가치세 7,268,950원을 부과하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.11.8 심사청구를 거쳐 94.2.17 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인은 제조업을 운영하는 법인으로서 청구법인의 공장을 서울시내에서 OO공업단지로 이전하기 위하여 공장부지를 분양받았는 바, 청구법인의 쟁점공사는 바다를 매립한 공장부지의 지반을 다지기 위하여 파일공사 등을 한 것으로서 토지가치를 상승시킬 목적이 아니라 공장건물을 신축하기 위한 것이므로 이에 대한 공사비를 토지조성 등과 관련한 자본적지출에 해당되는 것으로 보는 것은 부당하며, 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 규정에 의하여 불공제되는 매입세액은 어디까지나 부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액이라고 할 것이므로 쟁점매입세액은 부가가치세가 과세되는 사업인 청구법인의 제조업과 관련된 매입세액이므로 이를 불공제하는 처분은 부당하다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 제조업을 영위하는 사업자로서 공장이전을 위하여 토지를 매입한 후 공장부지의 조성을 위하여 파일공사 및 성토공사를 한 것은 “토지의 조성 등을 위한 자본적지출”임이 명백한 바, 이에 관련된 쟁점매입세액은 부가가치세법시행령 제60조 제6항의 규정에 의하여 매출세액에서 불공제 되는 매입세액에 해당되는 것이므로 처분청이 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 쟁점매입세액의 공제여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제12조 제1항 제12호의 규정에 의하면 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 93.12.31 개정전의 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 규정에 의하면 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있으며, 91.12.31 개정된 구 부가가치세법시행령 제60조 제6항에서는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 등

(1) 쟁점공사는 청구법인의 경기도 안산시 OO동 OOOOO 소재 공장신축공사중의 일부로서 쟁점공사와 관련하여 청구법인이 청구외 OO엔지니어링주식회사 등으로 부터 92년 제2기분 부가가치세 과세기간중에 건설용역으로 공급받은 공사금액은 1,106,886,820원인 바, 이 중 지반조성공사금액에 해당하는 파일자재비 및 파일항타비 등이 950,542,900원이며, 성토공사금액이 51,800,000원, 도로포장공사금액이 104,543,920원임이 쟁점공사내역서 및 처분청의 조사서에 의하여 확인되고 있으며, 쟁점공사와 관련하여 청구법인이 93년 제1기분 부가가치세 과세기간 중에 건설용역으로 공급받은 공사금액은 66,081,420원으로서 이 중 성토공사금액이 358,500원, 도로포장공사금액이 65,722,920원임이 쟁점공사내역서 및 처분청의 조사서에 의하여 확인되고 있다.

(2) 쟁점공사 중 지반조성공사 및 성토공사는 토지조성과 관련된 공사로서 이와 관련되는 공사금액은 토지의 조성 등을 위한 자본적지출에 해당된다고 할 것이므로 이에 관한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다고 할 것이나 쟁점공사 중 도로포장공사는 공장부지내의 생산물 운반등을 위한 도로포장에 관한 공사로서 법인세법시행규칙 [별표1]의 고정자산 내용년수표상 감가상각대상자산에 해당하는 구축물에 관련된 공사라고 할 것이므로 이에 관한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제되는 것이 타당할 것이다.

• 라. 적용 이와같은 사실들과 관련법령 등을 모아 볼 때, 쟁점공사중 도로포장공사는 토지의 조성과 관련된 공사가 아닌 구축물에 관련된 공사라고 할 것이므로 92년 제2기분 부가가치세 과세기간중에 청구법인이 도로포장공사에 관한 건설용역으로 공급받은 공사금액 104,543,920원에 대한 매입세액 10,454,392원과 93년 제1기분 부가가치세 과세기간중에 도로포장공사에 관한 건설용역으로 공급받은 공사금액 65,722,920원에 대한 매입세액 6,572,292원을 매출세액에서 공제함이 타당한 것으로 판단되며, 쟁점공사중 지반조성공사 및 성토공사는 토지조성과 관련된 공사로서 이와 관련되는 공사금액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당되는 것이므로 이에 대한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.