1) 청구법인이 주장하는 공사에 대한 원가상당액을 손금용인 할 수 있는지와2) 이를 인정할 수 없는 경우에는 수입금액이 누락된 사업년도의 소득금액을 추계조사 결정하여야 하는지 및3) 청구법인의 법인세과세표준이 경정되는 경우에는 원천징수되는 상여처분소득세도 경정되어야 하는지 여부(경정)

[주 문]

1. 남인천세무서장이 93.6.16 청구법인에게 결정고지한 91.3.1- 91.12.31 사업년도 법인세 61,186,860원의 처분은 동 사업년도 의 과세소득금액을 법인세법시행령 제93조 제2항에 의하여 추계 결정하여 동 세액을 경정한다.

2. 남인천세무서장이 93.8.2 청구법인에게 고지한 91년 과세기 간 원천징수분 갑종근로소득세 115,295,250원은 법인세법 시 행령 제94조의 2 제2항에 의하여 산출된 금액을 원천징수대 상 상여금액으로 하여 동 세액을 경정한다.

3. 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 91.3.1부터 건설업을 영위한 법인으로서 91.3.1-91.12.31 사업년도(이하 “91 사업년도”라 한다)와 92.1.1-92.12.31 사업년도(이하 “92 사업년도”라 한다)의 법인세를 신고·납부한 바 있다. 처분청은 청구법인이 청구외 인천직할시 서구 OO동 O OOO O OO실업고등학교에 대한 교실증축 및 옹벽공사(이하 “쟁점공사”라 한다)에 따른 수입금액중 ’91 사업년도에 205,890,909원, ’92 사업년도에 35,454,545원 합계 241,345,454원(처분청 익금가산함에 있어서 부가가치세가 포함된 금액을 익금가산 하였다가 부가가치세 상당액을 손금산입하는 방법으로 경정함)의 누락이 있었다 하여 이에 대한 ’91 사업년도 법인세 61,186,800원, ’92 사업년도 법인세 16,906,510원을 93.6.16 청구법인에게 경정고지 하고 동 수입금액 누락액(부가가치세 포함된 금액임)을 대표이사에 상여 처분하여 원천분 갑종근로소득세 91년도 귀속분 115,295,250원, 92년도 귀속분 679,920원을 원천징수의무자인 청구법인에게 93.8.2 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.8.5 이의신청, 93.11.3 심사청구를 거쳐 94.2.2 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

• 가. 청구법인은 쟁점공사를 하면서 종합건설업 면허가 없어 타 회사의 면허를 빌려 시공하는 과정에서 공사수입금액을 계상하지 아니함에 따라 동 공사원가도 결산서상 손금으로 처리하지 아니하였으나 누락된 공사수입금액에 대응하는 원자재, 노무비등의 공사원가를 손금용인 하여야 하며 대표이사에 대한 상여 처분금액 역시 공사수입금액에서 공사원가를 공제한 나머지 금액으로 하여야 한다.
• 나. 설사 청구법인이 제출한 제증빙에 의하여 누락된 공사수입금액에 대응하는 공사원가를 인정할 수 없다면 공사원가의 투입 없는 공사수입이란 있을 수 없는 것이므로 법인세법 제32조 제3항 단서 및 동법시행령 제93조 제1항 제1호의 규정에 의거 청구법인의 과세표준 및 세액을 추계조사 결정하여야 한다.

3. 국세청장 의견 청구법인은 처분청이 적출한 공사수입누락 금액에 대하여는 다툼이 없고 이에 대한 공사원가에 대하여 청구법인이 작성한 지출명세서 청구외 OO실업고등학교 앞으로 발행된 납품업체의 보관용 세금계산서·주문서·입금표·간이세금계산서등을 제시하면서 이들이 쟁점공사에 투입된 공사원가의 거증이므로 이를 쟁점공사의 공사원가로 인정하여야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인은 처분청이 이건에 대한 경정조사 시점부터 공사원가에 대한 거증제시를 요구하였는데도 경정고지일까지 이를 제시하지 못하였고, 쟁점공사 원가에 대한 거증으로 제시한 지출명세서등도 청구법인이 작성한 것으로서 신빙성이 없어 보이고 금융자료등과 같은 신빙성 있는 증빙도 제시하지 아니하므로 청구주장을 받아 들일 수 없다는 의견이다.

4. 심리 및 판단

• 가. 이 건 심판청구는

1. 청구법인이 주장하는 쟁점공사에 대한 원가상당액을 손금용인 할 수 있는지와

2. 이를 인정할 수 없는 경우에는 쟁점 수입금액이 누락된 사업년도의 소득금액을 추계조사 결정하여야 하는지 및

3. 청구법인의 법인세과세표준이 경정되는 경우에는 원천징수되는 상여처분소득세도 경정되어야 하는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 청구법인이 주장하는 원가상당액을 손금용인 할 수 있는지에 대하여 청구법인은 쟁점공사에 대한 원가라고 주장하면서 벽돌, 콘크리트, 철근, 레미콘, 시멘트등의 원자재, 노무비 및 기타 경비등에 대한 지출명세서와 이에 대한 증빙으로 간이세금계산서·입금표·영수증등의 증빙과 청구법인이 아닌 OO실업고등학교를 공급받는자로 한 세금계산서등을 제시하고 있으나, 첫째, 청구법인의 거래내용이 간이세금계산서가 수수되어야 할 거래가 아닌 세금계산서가 교부되었어야 할 거래가 대부분인 점. 둘째, 거래상대방이 청구법인과의 이건 거래에 대하여 관할세무서장에게 매출액으로 신고된 바가 없는 점. 셋째, 이들 거래사실에 따른 대금의 지급사실을 확인할 만한 아무런 거증이 없는 점등을 종합하여 보면 청구법인이 제시하는 전시 증빙은 실지거래시에 청구법인이 교부받은 것이라기 보다는 쟁점공사에 대한 수입금액 누락사실이 적출된 후에 청구법인의 주장사실을 입증하기 위하여 작성된 것으로 인정되므로 이를 근거로 손금용인 하기는 어렵다 하겠다.
• 다. 청구법인의 소득금액을 추계 결정하여야 하는지에 대하여

1. 법인세의 과세표준과 세액에 대한 결정과 경정에 관하여 정한 법인세법 제32조 제2항 제1호에서 정부는 제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 당해 법인의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다고 규정하고 있고 동조 제3항에서는 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙을 근거로 하도록 하면서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있도록 규정하고 있다. 이에 따라서 법인세법시행령 제93조는 제1항에서 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때 등 추계결정사유에 대하여 규정하면서 동조 제2항에서는 추계 결정방법에 대하여 제1호 및 제2호에 걸쳐 규정하고 있다.

2. 청구법인은 처분청이 수입금액 누락으로 적출한 쟁점공사를 2개 사업년도에 걸쳐서 하였으며, 누락한 수입금액도 각 사업년도에 따라 다를 뿐만 아니라 청구법인도 각 사업년도 별로 구분하여 기장하고 있으므로 소득금액의 추계 결정 여부 또한 각 사업년도별로 나누어 살펴보기로 한다.

3. 청구법인의 결산서상의 공사수입금액·공사원가·일반관리비 및 과세소득금액등을 처분청에 제출된 법인세신고서 및 동 부속서류등에 의하여 살펴보면 다음과 같다. 다 음 (단위: 원) 구 분 91 사업년도 92 사업년도 공사수입금액 공 사 원 가 일반관리비 결산서상 당기순이익 과 세 소 득 269,597,618 247,691,628 57,243,545 △35,383,964 △33,966,699 719,013,340 580,095,079 106,024,709 29,884,756 32,034,707

4. 청구법인이 위와같은 법인세신고를 하게 된 장부에 의하면 공사수입금액·공사원가·일반관리비등은 위 신고내용과 동일하다. 그러하지만 쟁점공사에 대한 수입금액누락과 관련하여 청구법인이 기장한 공사수입금액 및 공사원가에 대하여 구체적으로 살펴보도록 한다.

• 가) 공사수입금액에 대하여 청구법인은 공사일자 및 거래선인 공사발주자별로 수입금액을 기장하고 있으며, 쟁점공사와 관련하여서는 91.5.31자에 23,200,000원, 91.8.31자에 80,000,000원의 수입이 있은 것으로 기장되고 있으며 처분청도 위 기장내용을 근거로 하여 청구법인의 누락수입금액을 적출하여 이를 과세소득금액에 합산하였으며 이에 대하여는 다툼이 없다.
• 나) 수입금액이 기장된 매입·매출장에 공사원가 또한 수입금액과 동일하게 공사일자 및 거래선 별로 기장되어 있는데 쟁점공사에 대한 공사원가는 기장되어 있지 아니하다. 그러나 청구법인이 개인사업자로서 건설업을 영위한 것이라 하여 공사별로 수입금액과 지출금액을 기장한 장부에 의하면 쟁점공사와 관련하여 지출한 금액이 기장되어 있다.
• 다) 건설업법상 종합건설업 면허가 있어야 쟁점공사를 시공할 수 있음에도 토목공사 단종 면허만을 가지고 있는 청구법인이 쟁점공사를 한데 대하여 건설업법 위반으로 91.11.25 인천지방검찰청으로부터 벌과금 통보를 받은 사실을 미루어 보면, 청구법인이 쟁점공사에 따른 일부 공사수입금액을 기장하고 나머지 공사수입금액과 공사원가를 누락시킨 것으로 보이는 이 건의 경우 누락수입금액만을 과세소득금액에 합산하게 되면 적정한 과세소득이 산출될 수 없다 할 것이고 청구법인이 처분청에 신고한 소득금액의 기초가 되는 장부 이외의 타장부상의 금액을 모두 공사원가로 인정하기도 어려운 이 건의 경우에 있어서 각 사업년도 별로 구분하여 처분청에 신고된 소득금액의 산출 근거되는 장부에 의하여 당해 사업년도의 소득금액을 산출 할 수 있는지 여부를 보아야 할 것이다.
• 라) 쟁점공사는 91 사업년도와 92 사업년도에 걸쳐서 이루어진 것 같이 보이지만 실지공사는 91 사업년도에 완료되었음이 청구법인이 비치한 제 장부에 의하여 인정될 뿐만 아니라 처분청이 92 사업년도 누락 수입금액으로 과세한 35,454,545원은 92 사업년도에 행한 공사에 따른 수입금액이 아니라 91 사업년도에 행한 공사에 따른 수입금액으로서 단지 대금을 92 사업년도에 수령하였다 하여 92년 사업년도 누락 수입금액으로 하였음이 처분청의 조사서에 의하여 인정되고 있으므로 쟁점공사에 대한 대부분의 원가는 91 사업년도에 발생하였다고 하여야 할 것이다. 그러하다면 처분청의 과세처분은 91 사업년도의 법인소득금액을 결정함에 있어서는 그 공사원가가 전혀 반영되지 아니하였다 하겠으나 92 사업년도에는 쟁점공사와 관련하여 추가로 손비 인정할 부분은 있지 아니하다 하겠다.
• 마) 이와같은 점에서 볼 때에 92 사업년도 법인세 소득금액은 청구법인이 비치·기장한 장부 및 증빙에 의하여 실지조사 결정하여야 한다 하겠으나 91 사업년도에는 신고 수입금액이 269,597,618원인데 비하여 누락한 수입금액이 이 금액과 거의 같은 205,890,909원이며 이에 대한 공사원가 또한 기장되지 아니하였다 하겠으므로 청구법인이 비치기장한 장부에 의하여는 소득금액을 실지조사 결정하기 어렵다 하겠다. 그러하다면 91 사업년도 소득금액은 전시 법인세법 제32조 제2항 및 동법 시행령 제93조 제2항의 규정에 의하여 추계 결정하여야 할 것이다.
• 라. 대표자에 대한 상여처분 금액에 대하여 법인세법시행령 제94조의2 제2항은 법인세과세표준을 동법시행령 제93조 제2항의 규정에 의하여 추계결정하는 경우에는 추계결정된 법인세과세표준과 법인의 대차대조표상의 당기순이익과의 차액은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 하도록 규정하고 있다. 그러하다면 앞서 다에서 본 바와 같이 청구법인의 91사업년도 과세소득금액은 법인세법 제32조 제2항 및 동법시행령 제93조 제2항의 규정에 의하여 추계 결정되어야 하므로 이에 따른 대표자에 대한 상여처분 금액은 전시법인세법 시행령 제94조의2 제2항에 의하여 산출되어야 할 것이다.
• 마. 따라서 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.