양도당시의 현황을 나대지로 인정하여 장기보유특별공제를 배제한 처분이 타당한지 여부(경정)

[주 문] 노원세무서장이 93.7.16 청구인에게 과세한 ’91년도분 양도소득세 210,139,700원은 경기도 파주군 OO읍 OO리 O OOOO 임야 2,479㎡ 및 같은 리 O OOOO 임야 5,653㎡의 양도차익에서 소득세법 제23조 제2항 제2호 (나)목의 규정에 의한 장기보유특별공제액을 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 70.1.18 취득한 경기도 파주군 OO읍 OO리 OOOOO 대지 1,676㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다), 같은 리 O OOOO 임야 2,479㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다) 및 같은리 O OOOO 임야 5,653㎡(이하 “쟁점③토지”라 한다)를 91.5.30 OO건설주식회사에 양도하고 92.5.30 소득세과세표준확정신고시 장기보유특별공제액 291,855,003원을 양도차익에서 공제하여 산출된 세액 369,312,580원을 자진납부하였다. 처분청은 쟁점토지들의 소재지역이 도시계획확인원상 주거지역으로 되어 있으므로 양도당시 쟁점토지들이 나대지였다고 인정하여 장기보유특별공제를 배제하고 93.7.16 청구인에게 ’91년도분 양도소득세 210,139,700원을 추가로 과세하였다. 청구인은 이에 불복하여 93.9.11 심사청구를 거쳐 93.11.29 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 양도당시 쟁점①토지는 주택의 부수토지 및 과수원이었고, 쟁점②토지는 소나무가 울창하여 과수원의 방풍림 역할을 하고 있었으며, 쟁점③토지는 쟁점①토지와 함께 과수원으로 사용되고 있었음이 92.4 촬영한 사진, 마을이장 등의 확인서, 파주군청의 공문 등에 의하여 확인할 수 있음에도 불구하고 단지 도시계획확인원상 주거지역이라는 이유로 나대지로 인정하여 장기보유특별공제를 부인함은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점토지는 현재 OO건설주식회사에서 주택신축공사중에 있어서 양도일 현재 주택의 부속토지, 과수원, 임야 등으로 사용중이었는지가 불분명하므로 처분청의 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건 심판청구는 이 건 양도소득세 과세표준의 계산에 있어 양도 당시 쟁점토지들을 나대지로 인정하여 장기보유특별공제를 배제한 처분이 타당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제23조 제2항 제2호 (나)목에서 “대통령령이 정하는 토지”를 제외한 토지를 10년이상 보유하다 양도한 경우 그 양도소득계산에 있어 양도차익의 100분의30을 공제하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제46조의3에서는 위 “대통령령이 정하는 토지”를 나대지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해건축물의 바닥면적에 일정배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 부분의 토지로서 토지초과이득세법상 유휴토지에 해당하는 토지를 말한다고 규정하고 있다.
• 다. 쟁점①토지를 양도당시 나대지로 인정하여 장기보유특별공제를 배제한 처분의 당부

(1) 토지대장등본 및 등기부등본을 보면, 쟁점①토지는 그 지목이 대지이고 그 지상에 주택이 정착된 사실이 확인되지 않는다.

(2) 청구인은 쟁점①토지가 양도당시 나대지가 아닌 주택의 부수토지 및 과수원이었다고 주장하면서, 92.4 에 촬영하였다는 사진, 양수자인 OO건설주식회사의 확인서 및 현장사무소 작업일지, 임차인인 청구외 OOO과의 임대차계약서 및 OOO의 주택인도 각서, 청구인의 영농일지, 쟁점토지들 소재마을 이장의 인우보증서등을 제시하고 있으나 건축물대장 및 농지원부등 공적증빙에 의하여 뒷받침되지 못하므로 청구인의 주장이 사실이라고 받아 들이기 어렵다.

(3) 심사청구 심리 중 국세청의 요구에 따라 파주군청이 회신한 93.11.8 자 공문을 보면, 쟁점토지 3필지의 공동주택사업시행전 이용상황이 임야 및 과수원이었다고 회신하고 있을 뿐 쟁점①토지에 주택이 있었고 그 나머지는 과수원이었다는 청구인의 주장과 일치하지 않는다. 이상의 사실로 미루어 볼 때 양도당시 쟁점①토지를 나대지로 인정한 것은 잘못이 아니라고 판단된다.

• 라. 쟁점②③토지들을 양도당시 나대지로 인정하여 장기보유특별공제를 배제한 처분의 당부

(1) 임야대장 및 등기부등본에 쟁점②③토지는 임야로 등재되어 있고, 양수자인 OO건설주식회사는 위 임야의 산림전용에 따른 대체조림비 및 전용부담금을 부담한 사실이 그 납부영수증 및 당심판소의 심리자료 요구에 대한 경기도청의 공문(산림52364-584, 94.3.11)에 의하여 확인된다.

(2) OO건설주식회사의 공사현장 작업일지를 보면 93.3.3 에 3인이 벌목하였다고 기재되어 있고, ’72년부터 ’88년까지의 청구인의 영농일지를 보면 복숭아등 과수재배를 한 사실을 알 수 있으며, 파주군청도 공동주택사업 시행이전 쟁점토지는 임야 및 과수원으로 이용되었던 토지라고 확인하고 있는 점 등으로 미루어 볼 때 쟁점②토지는 실제로 임야였고 쟁점③토지는 과수원이었다는 청구인의 주장은 신빙성이 있다.

(3) 위 내용을 종합해 보면, 쟁점토지들의 소재지역이 도시계획확인원상 주거지역이었다는 이유만으로 양도당시 쟁점②③토지를 나대지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 이 건 과세처분은 사실조사 소홀의 잘못이 있다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.