겸영(과세사업과 면세사업)사업을 하는 경우, 공동매입세액에서 면세에 해당되는 매입세액을 안분계산한 당초 처분의 당부(경정)

[주 문] 춘천세무서장이 93.11.12 청구인에게 경정고지한 92년 제2기분 부가가치세 10,398,990원의 과세처분은 매입세액중 과세사업(관청공사)에 관련된 매입세액 22,474,968원은 이를 매출세액에서 공제하고, 나머지 매입세액중 과세사업과 면세사업에 공통되는 매입세액 3,982,723원과 관리비 관련 매입세액 747,657원을 공통매입세액으로 하여 당해 과세기간의 공급가액(면세와 과세사업분)에 비례하여 안분계산하여 과세사업 관련 매입세액을 공제하여 이를 경정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 전문건설업체로 면세사업(국민주택규모이하 아파트 건설)과 과세사업을 겸영하는 법인으로, 92년 제2기 부가가치세 신고시 면세공급가액 828,171,847원, 과세공급가액 1,469,805,155원으로 신고하면서 이와 관련된 매입세액 28,204,898원중 불공제매입세액 1,465,129원을 제외한 27,204,898원 전액 매입세액 공제신고하였는 바, 처분청은 위 매입세액 27,204,898원을 과세 및 면세의 겸영사업과 관련된 매입세액으로 보아 이를 부가가치세법시행령 제61조 제1항의 규정에 의하여 공급가액 비율로 안분계산하여 면세공급가액 해당분(9,453,634원)을 불공제하고 93.8.1 청구법인에게 92년 제2기분 부가가치세 10,398,990원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복, 93.8.9 심사청구를 거쳐 93.11.12 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 처분청이 매입세액 27,204,898원에 대해 과세사업과 면세사업의 귀속이 불분명하다고 한데 대하여 청구법인은 청구법인의 공사용역 중 관급공사는 부가가치세 과세대상이고 아파트 신축공사분에 대한 하도급 공사용역만이 과세분과 면세분이 겸영하여 공사가 이루어지고 있는 바 관급공사는 소규모인 관계로 공사도급금액이 적고 일반 토목공사에 필요한 자재임이 확인되고 있으며 겸영공사인 아파트 공사의 하도급 공사용역 내용은 주로 원도급자가 원자재를 공급하여 주고 청구법인은 노임 공사만을 하고 있으며 공사 하도급 계약서의 내용에 명시되어 있는 바와 같이 노임공사가 전부이며 과세분과 면세분의 겸영공사의 매입세액은 아파트 도급(겸영)공사 매입자료와 같이 시멘트 타설에 사용하는 펌프카 사용료이며 펌프카 사용은 아파트 신축공사시에만 사용하고 기타 현장에서는 전혀 사용하지 않고 있어 공통매입세액 안분계산대상이 되는 세액이 3,982,273원 뿐임에도 전체 매입세액인 27,204,898원을 공통매입세액으로 보아 면세공급가액 비율만큼 매입세액 불공제한 처분은 부당하다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인의 경우 겸영사업(부가가치세 과세 및 면세)에 관련하여 발생된 매입세액 27,204,898원중 3,834,215원만이 공통매입세액이고 나머지 금액에 대하여는 아무런 입증자료 없이 과세와 관련된 매입세액이라고 주장하는 것은 신빙성이 없는 것으로 사료되는 바 이 건의 경우 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액 실지귀속이 불분명한 것으로 보아 부가가치세법시행령 제61조 제1항의 규정에 의거 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여 매입세액 불공제한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단되므로 청구주장은 이유 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건 다툼은 겸영(과세사업과 면세사업)사업을 하는 경우, 공동매입세액에서 면세에 해당되는 매입세액을 안분계산한 당초 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법시행령 제61조 제1항은 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다”고 규정하고 그 산식을 아래와 같이 규정하고 있다.

• 아 래 - 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 ×

• 다. 이 건의 경우, 과세사업과 면세사업의 구분이 가능한지 여부를 보면 청구법인은 공통매입세액 안분계산대상이 되는 세액은 3,982,273원 뿐이며 나머지 전부는 부가가치세 과세대상이 되는 매입세액이라고 주장하면서 ① 건설공사 표준하도급 계약서 및 하도급계약서 사본 ② 매출매입총괄표 사본 ③ 관련세금계산서 및 부가가치세 납부영수증, ④ 현금출납장 등을 제시하고 있는 바, 이를 살펴보면

(1) 청구법인은 과세사업으로 관청공사와 겸영(과세사업과 면세사업)으로 아파트 신축공사를 하고 있는 사실이 춘천군수, 화천군수 등 국가기관과 체결된 공사도급표준계약서 66매와 청구외 OO개발주식회사 등과 청구법인 사이에 체결된 공사도급계약서 5매에 의하여 각각 확인되며

(2) 청구법인은 92년 제2기중 과세사업으로 92.7.2부터 92.12.31까지 관청사업으로서 66건에 그 매출액이 1,194,036,885원과 매입액이 272,048,988원임을 공사도급 표준계약서 66매, 처분청에 신고된 위 매출입관련 세금계산서, 부가가치세 신고납부영수증, 현금출납장 등에 의하여 확인되어 위 관청사업은 과세사업임이 분명하다 할 것이므로 관청공사 매입세액 22,474,968원은 공제하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(3) 그러나 아파트 도급공사는 겸영사업(국민주택규모 내외 아파트)으로서 그 매입가액 39,822,733원이나 이는 과세사업으로서 국민주택건설 투입비용과 면세사업으로서 국민주택규모 이하의 주택건설 비용으로 각각 얼마가 투입되었는지 구분이 명확하지 아니하고, 총 매출(공급)가액도 1,125,440,117원인 사실을 아파트건설도급계약서에 의하여 확인은 되나 이에 관련된 귀속이 분명한 구분 기장된 장부, 노임대장 등의 제시가 없어 이를 구분하기 어렵다 할 것이며 또한, 관리비관련 매입가액 7,476,573원도 그 귀속이 불분명하다 할 것이다.

(4) 그러므로 과세사업과 면세사업이 구분되지 아니하는 위의 겸영(아파트)사업에 관련된 매입세액(공통매입세액) 3,982,273원과 관리비 매입세액 747,657원중 면세사업에 관련된 매입세액은 전시법령의 규정에 의하여 안분계산[면세사업에 관련된 매입세액= 공통매입세액(4,729,930원)×면세공급가액 828,171,847원/총 공급가액(2,297,977,020원)] 함이 타당한 것으로 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.