부동산 양도소득에 대하여 조세감면규제법 제42조 또는 제42조의 2에 의하여 법인세를 면제할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 91.3.8 경기도 고양군에 의하여 동 법인소유인 경기도 고양군 지도읍 OO리 OOOOO OO 대지 2,133㎡, 공장 771.28㎡, 사무실 40.03㎡(이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 수용당하였다. 청구법인은 쟁점부동산의 양도를 조세감면규제법 제42조의 2에 규정한 수도권안 법인본사의 수도권외로의 이전에 해당하는 것으로 하여 92.3.30 처분청에 그 양도소득에 대한 법인세 면제를 신청하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 임대에 제공하고 업무용으로 직접 사용하지 않았다고 보아 법인세 면제를 배제하고 93.2.23 청구법인에게 91.1.1 - 12.31 사업년도분 법인세 311,044,340원을 부과하였다. 청구법인은 위 처분에 불복하여 93.3.30 심사청구를 거쳐 93.7.20 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장과 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 76.6.30 수도권안에 있는 위 공장에서 다다미제조업을 개업하여 사업을 영위하던중 쟁점부동산이 수용됨에 따라 92.6.15 수도권 밖의 경기도 파주군 OO리 OOOOOO OO에 신공장을 준공하여 가동하고 있다. 따라서 청구법인은 쟁점부동산의 양도소득에 대하여 조세감면규제법 제42조의 2에 의하여 법인세 면제를 신청하였는데 처분청은 쟁점부동산이 임대목적에 사용되어 청구법인이 업무용으로 직접 사용한 부분이 없다고 보아 법인세 면제를 배제하였으나, 위 법규정상 임대한 부분은 법인세 면제를 배제한다고 규정한 바가 없음에도 불구하고 임대목적에 사용되었다는 이유로 법인세면제를 배제함은 부당하다. 또한 청구법인이 조세감면규제법 제42조의 규정에 의하여 법인세면제 신청을 하지 않고 제42조의 2에 의하여 법인세 면제신청을 하였다 할 지라도 제42조의 규정에 의한 법인세 면제요건에 해당하면 법인세를 면제하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인의 경우와 같이 공장(본사 사무실 포함)을 대도시 안에서 지방으로 이전하는 경우에는 조세감면규제법 제42조의 규정에 의하여 세액면제신청서를 제출하여야 함에도 제42조의 2에 의하여 세액면제 신청서를 제출하였으므로 적법한 신청이 아니며, 제42조의 2를 적용한다 하더라도 청구법인이 공장전체를 임대하고 업무용으로 직접사용한 부분은 없으므로 따라서 법인세 면제를 배제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점부동산 양도소득에 대하여 조세감면규제법 제42조 또는 제42조의 2에 의하여 법인세를 면제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 조세감면규제법 제42조, 같은법시행령 제36조에서 대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득과 국가·지방자치단체로부터 지급받는 이전보상금에 대하여는 법인세를 면제하며 이 경우에 법인세를 면제받고자 하는 내국법인은 공장양도일이 속하는 과세년도의 과세표준신고와 함께 세액면제 신청서를 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 조세감면규제법 제42조의 2, 같은법시행령 제36조의 2에서 수도권 안에 본점 또는 주사무소를 둔 법인이 본점 또는 주사무소를 수도권외의 지역으로 이전하기 위하여 당해 본점 또는 주사무소의 대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 법인세를 면제하며, 이 경우 면제세액의 계산은 양도한 건물의 연면적중에서 당해법인이 업무용으로 직접 사용한 면적등을 기준으로 하도록 규정하고 있다.
• 다. 살피건데 첫째, 청구법인의 경우와 같이 대도시 안의 공장시설과 생산에 공여되는 공장구내의 사무실 등을 양도하는 경우에는 조세감면규제법 제42조의 규정에 의하여 감면여부를 판단하여야 하고 조세감면규제법 제42조의 2의 규정은 공장과는 별도로 독립하여 법인본사 또는 주사무소가 있는 경우에 적용된다고 판단되며, 이점에 관하여는 조세감면규제법 제42조의 2 제2항 및 같은법시행령 제36조의 2 제8항에서도 제42조에 의한 공장이전의 경우에는 법인본사 등이 지방으로 이전하지 아니하는 경우 등에도 면제세액을 추징하지 아니한다고 규정하여 공장에 부속된 사무실 등은 공장의 이전으로 보아 법인세의 면제여부와 면제세액 추징여부를 판단함을 표현하고 있다 (같은 뜻 조세감면규제법 기본통칙 2-12-10...42) 따라서 청구법인의 경우에는 조세감면규제법 제42조의 2에 규정한 법인세의 면제요건에 해당하는지 여부를 별도로 심리할 필요가 없다. 둘째, 조세감면규제법 제42조에 의한 법인세의 면제를 받고자 하면 양도일이 속하는 과세년도의 법인세 과세표준신고 기한내에 세액면제신청서를 제출하여야 함에도 청구법인은 조세감면규제법 제42조의 2에 의하여 세액면제신청서를 제출하였으므로 적법하게 법인세 면제를 신청한 것으로 볼 수 없다. 셋째, 설사 조세감면규제법상 제42조와 제42조의 2에 의한 세액면제신청서 형식이 동일하고 또한 위 신청서 기재시에 면제의 근거가 되는 해당 법조항을 기재 또는 표기 하도록 되어있으므로 청구법인이 면제의 근거가 되는 해당 법조항 적용을 잘못하여 신청하였다 하더라도 일단 세액면제 신청서가 법정기한내에 제출되었으므로 이를 적법한 신청으로 보더라도 청구법인의 89-91 사업년도 법인세 신고서 및 결산서상 임대수입외에 다른 영업활동과 관련한 수입은 전혀 없고, 더우기 91.1-3월의 세금계산서 수수상황에 의하면 청구법인이 한국전력 고양지점으로부터 수취한 전기 요금 세금계산서 공급가액 1,827,550원을 전액 임차인들에게 교부한 것을 보아도 청구법인은 공장시설을 사업을 영위하기 위하여 직접사용하지 않고 휴업하였거나 또는 임대에 제공한 사실이 인정되는 바, 조세감면규제법 제42조의 규정에 의하면 공장시설을 갖추고 사업을 영위하여야 법인세를 면제하므로 청구법인의 경우와 같이 공장을 휴업 또는 임대하는 경우에는 법인세 면제요건에 해당하지 아니한다. (같은뜻 조세감면규제법 기본통칙 2-12-10...42) 따라서 이 건 심판청구는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.