[참조결정] 국심1983서2460
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 81.8.27 서울특별시 송파구 OO동 OOOOO 대지 375.9㎡ 및 같은동 OOOOO 대지 3,077.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매를 원인으로 취득하여 88.8.19 청구외 주식회사 OO에 양도하고, 89.3.13 특별부가세 및 동 방위세 과세표준 및 세액을 신고·납부(납부세액: 방위세 50,020,840원)하였으며, 처분청은 89.7.3 청구법인의 신고내용대로 특별부가세 및 방위세 과세표준 및 세액을 결정(특별부가세: 비과세, 방위세: 할증세율적용)하였으나, 감사원감사시 쟁점토지는 청구법인의 고유목적 사업에 사용되지 아니하였으므로, 동 토지의 양도는 특별부가세가 비과세되는 토지가 아니라는 것과, 쟁점토지의 양도차익계산시에 취득가액이 잘못되었다는 지적을 받고, 처분청은 93.1.16 청구법인의 위 신고시에 조세감면규제법 제62조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 쟁점토지의 매수자인 청구외 주식회사 OO이 작성한 특별부가세면제신청서를 제출하였으므로 청구법인에 대하여는 증액된 쟁점토지의 양도차익에 대하여 88.1.1～88.12.31 사업년도분 방위세 47,717,650원을 경정고지하고 위 주식회사 OO에 대하여는 조세감면요건인 국민주택을 건설하지 아니하고 제3자에게 양도하였으므로 면제된 특별부가세를 추징하도록 관할세무서에 통보하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.3.12 심사청구를 거쳐 93.7.7 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
(1) 쟁점토지는 교회신축용지로 취득하여 교회를 신축하고자 하였으나 허가를 얻지 못하여 신축하지 못하였으며, 기존교회의 건물이 협소하여 쟁점토지에 경비막사 등을 신축(가건물)하고, 수련회 등 각종 행사를 계속하다가 양도한 것이므로 동 토지의 양도는 법인세법 제59조 제1항 제3호의 규정에 의하여 특별부가세가 비과세되어야 한다는 주장이다.
(2) 만약 쟁점토지의 양도에 대하여 특별부가세가 비과세되지 않는다 하더라도 조세감면규제법에 의하여 면제된 특별부가세를 토지매수자가 면제요건을 충족하지 못하고 추가로 납부하여야 한다면 청구법인에 대한 방위세 과세시에 할증세율을 적용하는 것은 부당하다는 주장이다.
(1) 쟁점토지는 취득일 이전부터 서울시의 도심지 학원이전계획에 의하여 학원 및 학교용지로 지정된 시유지이었으며, 서울특별시의 항측판독자료에 의하면 교회의 고유목적사업에 직접 사용되었다고 볼 수 없으므로 쟁점토지의 양도에 대하여 특별부가세가 비과세되지 않는다는 의견이다.
(2) 쟁점토지의 매수자에게 특별부가세 면제요건을 충족하지 못하였다하여 면제된 세액상당액을 추징하는 것은 동 토지의 양도자인 청구법인에 대하여 특별부가세를 면제하는 것과는 별개의 문제이며, 양도자의 경우에는 토지를 조세감면규제법 제62조 제1항 단서의 규정에 해당하는 자에게 국민주택규모이하의 주택건설용지로 양도하고 동 토지의 매수자가 특별부가세 면제신청만 하면, 특별부가세는 면제되는 것이므로 토지의 양도자인 청구법인에게 방위세의 할증과세한 처분은 정당하다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 첫째, 쟁점토지의 양도가 교회의 고유목적사업에 사용하는 토지를 양도한 것에 해당되는지 여부와 둘째, 조세감면규제법에 의하면 면제된 특별부가세 상당액을 토지의 매수자가 면제요건을 충족하지 못하여 추가로 납부하는 경우에, 그 토지의 양도자에 대한 방위세를 할증과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
- 나. 관계법령 이 건 시행당시의 관계법령을 보면, 법인세법 제59조의3 제1항 본문에서는 『다음 각호의 소득에 대하여는 특별부가세를 부과하지 아니한다』고 규정하고 있고, 제17호에서는 『종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인(법인격 없는 사단·재단 기타 단체를 포함한다)이 고유목적에 직접 사용하는 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득』이라고 규정하고 있다. 조세감면규제법 제62조 제1항에서는 내국인이 토지(대통령령이 정하는 토지제외)를 국민주택의 건설용지로 양도하고 이를 취득한 자가 대통령령이 정하는 기한내에 국민주택을 건축한 경우에는 그 양도소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세를 환급하도록 되어 있고, 단서에서는 한국토지개발공사 기타 대통령령이 정하는 실수요자에게 양도하는 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제하도록 되어 있다. 같은조 제2항에서는 제1항 단서의 규정에 의한 실수요자나 한국토지개발공사가 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 토지에 국민주택을 건설하지 아니하거나 기타 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 제1항 단서의 규정에 의하여 면제된 세액에 상당하는 금액을 그 실수요자 또는 한국토지개발공사로부터 소득세 또는 법인세에 가산하여 징수하도록 규정하고 있다. 또한 방위세법 제4조 제1항 제3호에서는 법인세법의 규정에 의한 법인세 산출세액을 방위세 과세표준으로 하고 그 세율은 『각 사업년도의 소득금액이 5억원 이하인 경우 100분의20, 각 사업년도의 소득금액이 5억원을 초과하는 경우 100분의25, 다만, 조세감면규제법에 의하여 법인세가 감면되는 경우에 그 감면되는 세액(법인세법 제24조의3에 의한 공제세액을 제외한다)에 대하여는 당해 세율에 그 100분의50을 각각 가산한다』고 규정하고 있다.
- 다. 쟁점토지의 양도가 교회의 고유목적사업에 사용하는 토지를 양도한 것에 해당되는지 여부 이건 사실관계를 보면, 청구법인은 쟁점토지를 81.8.27 취득하였으나 88.8.19 양도할 때까지 건축허가를 받은 사실은 없으며, 청구법인은 쟁점토지를 교회를 신축하기 위하여 취득하였으나 교회신축허가를 받지 못하여 경비막사 등 가건물을 지어 각종 수련대회 등 교회의 고유목적에 사용하였다고 주장하면서 위의 종교행사에 참석한 사실이 있다는 청구외 OOO 외 69인의 확인서를 제시하고 있으나, 서울특별시의 항측판독자료에 의하면 ’84～’86년도까지 쟁점토지에 목재적치물 등 3㎡ 내지 54㎡가 점용하고 있고, ’88년도에는 무허가건물 13㎡가 점용하고 있는 사실이 있음을 감사원의 지적사항 및 처분청의 청구주장에 대한 의견서에 의하여 확인되고 있으며, 또한 쟁점토지는 청구법인의 취득일 이전부터 학원 및 학교용지로만 사용되도록 용도제한 되어 있었고, 쟁점토지의 보유기간중인 86.12.17 서울특별시 송파구 OO동 OOOOO 체비지 3,524.6㎡를 매입하여 교회를 건축하던 중(준공일 91.10.10)에 쟁점토지를 양도한 사실 등을 미루어 볼 때 쟁점토지를 교회의 고유목적에 사용되었다고 보기는 어렵다고 하겠다. (국심 83서2460, 84.2.23 같은 뜻임)
- 라. 쟁점토지의 양도에 대하여 방위세를 할증과세한 처분의 당부 청구법인은 쟁점토지의 양도에 대하여 조세감면규제법 제62조 제1항 단서 및 제3항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받았고, 따라서 방위세는 방위세법 제4조 제1항 제3호의 규정에 의하여 할증과세하였음이 처분청의 특별부가세 및 방위세의 경정결의서에 의하여 알 수 있다. 그러나 청구법인은 쟁점토지의 매수자인 청구외 주식회사 OO이 면제요건을 충족하지 못하여 위의 면제된 특별부가세 상당액을 추가납부하게 되었으므로 청구법인에 대한 방위세를 할증 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구법인은 쟁점토지의 양도에 대하여 특별부가세를 면제받았으므로 동 방위세를 할증세율에 의하여 납부하는 것은 정당하다고 할 것이며, 쟁점토지의 매수자가 면제된 특별부가세 상당액을 추가로 납부하는 것과 위 토지의 양도자인 청구법인에 대한 방위세 할증과세하는 것과는 별개의 문제라고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.