개정된 법률(소득세법 제29조)에 따라 9년도분에 대하여 간주임대료를 계산하는 것이 국세기본법 제4조(실질과세의 원칙), 제5조(신의성실), 제8조(세법해석의 기준, 소급과세의 금지)의 규정에 위반되는지 여부(경정)

[주 문]

1. 강동세무서장이 93.1.16 청구인에게 부과한 91년도 귀속분 종합소득세 156,180,610원의 처분은 총수입금액에 산입한 간주임대료 255,831,496원 중 주식회사 OO은행의 임대보증금 256,760,000원에 OO 간주임대료를 총수입금액에 산입하지 아니하고

2. 청구인이 납부한 재산세 6,856,410원과 종합토지세 1,916,680원중 임대부동산에 관련된 세액을 재조사하여 해당 세액을 필요경비에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

3. 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 89.5.24 서울특별시 강동구 OO동 OOOOO OO 대지 992.2㎡를 취득하여 그 지상에 건물 3,761.06㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 90.1.25 이후 임대하고 있다. 처분청은 청구인의 쟁점부동산의 임대사실을 조사하여 간주임대료 255,831,496원을 총수입금액에 가산하여 93.1.16 청구인에게 91년 귀속분 종합소득세 156,180,610원을 부과하였다. 청구인은 이에 불복하여 93.2.27 심사청구를 거쳐 93.6.19 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장

① 쟁점부동산의 취득에 소요된 임대보증금 1,910,000,000원은 주식회사 OO은행·OOOO보험주식회사·OO화재보험주식회사등 금융기관으로부터 건축물 준공이전에 수취하여 전 토지소유자로부터의 토지매입시 채무인수액 356,760,000원등 차입금상환에 756,760,000원을 사용하고, 나머지는 건축공사비에 소요된 미지급금을 지급하는 등 차입금상환에 사용하였고, 90년도중에 수취한 임대보증금 655,000,000원도 건축공사비의 미지급금을 지급하는데 사용하여 처분청이 89년 및 90년 종합소득세를 실지조사하여 당해 임대보증금이 적법하게 사용되었음을 신고대로 인정하였음에도, 처분청이 91년도분 종합소득세의 실지조사시에는 소득세법 제29조가 90.12.31 개정되었음을 이유로 동임대보증금에 대하여 간주임대료를 계산하여 소득세를 과세한 처분은 소급과세금지원칙에 위배되는 등 위법하고,

② 개정법률에 의하여 간주임대료를 계산하는 경우에도 임대사업에 관련된 임대보증금에 대하여는 간주임대료를 계산하지 아니하여야 하며,

③ 쟁점부동산에 OO 재산세등 8,773,090원을 필요경비로 인정하여야 한다는 주장이다.

• 나. 국세청장 의견 부동산을 신축하여 임대하고 받은 임대보증금으로 당해 건물의 신축과 토지매입대금을 지급한 금액은 소득세법 제29조에 규정한 간주임대료의 계상대상에서 제외되는 법소정의 임대사업과 관련된 차입금의 상환에 충당된 금액에 해당되지 않으므로, 처분청이 소득세법시행령 제58조 제3항의 규정에 의하여 계산한 간주임대료를 총수입금액에 산입하여 과세한 것은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

① 소득세법 제29조가 90.12.31 개정되기 이전부터 부동산임대업을 영위하고 있는 사업자에 대하여 소득금액을 실지조사방법으로 결정한 경우에도, 개정된 법률(소득세법 제29조)에 따라 91년도분에 대하여 간주임대료를 계산하는 것이 국세기본법 제14조(실질과세의 원칙), 제15조(신의성실), 제18조(세법해석의 기준, 소급과세의 금지)의 규정에 위반되는지 여부

② 청구인이 쟁점부동산의 취득과 관련하여 차입한 756,760,000원은 간주임대료의 계상대상이 되는 임대보증금에서 제외되어야 하는지 여부

③ 쟁점부동산에 OO 91년도분 재산세 6,856,410원과 종합토지세 1,916,680원을 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

• 나. 쟁점①에 대하여 사업자가 부동산을 대여하고 보증금을 받는 경우 90.12.31 소득세법 제29조를 개정하기 이전에는 소득금액을 추계조사방법으로 결정(소득세법 제29조 제1항 제1호 해당)하거나, 실지조사방법에 의하여 결정하면서 임대사업과 관련 없는 자산을 취득하는 경우에 한하여 간주임대료를 계산하도록 규정하였으나, 정부는 90.12.31 그 규정을 개정(법률 제4281호)하여 임대보증금이 임대사업과 관련한 자산취득에 사용된 경우에도 간주임대료를 계산하도록 하였다. 이 개정된 규정은 부칙 제2조의 규정에 의하여 91 과세년도부터 적용되므로 처분청이 91 과세년도 종합소득세를 과세함에 있어서 개정된 규정을 적용한 것은 정당한 것으로 보이고, 청구인이 이 건 과세가 국세기본법 제14조, 제15조, 제18조의 규정에 위반된 처분이라는 주장은 관련법리를 오해한 것으로 보인다.
• 다. 쟁점②에 대하여

1. 관계법령 소득세법 제29조에서 부동산임대사업자가 차입금으로 당해 임대사업용 부동산을 취득하고 그 차입금을 임대보증금으로 상환한 경우에는 간주임대료의 계산대상이 되는 임대보증금에서 제외하도록 규정하고 있다.

2. 사실관계 청구인은 전 토지소유자인 OO실업주식회사로부터 800,000,000원에 토지를 매입하면서 OO실업주식회사가 토지를 담보로 제공하고 OOOO보험주식회사로부터 차입한 556,760,000원에 OO 채무를 승계 하였으나 그 중 200,000,000원은 청구인이 상환하고 나머지 356,760,000원은 상환하지 아니하였고, OO상호신용금고로부터 89.6.30에 300,000,000원, 89.7.31 100,000,000원을 차입한 사실(총차입금 합계 756,760,000원)은 OOOO보험주식회사 및 OO상호신용금고가 국세심판소에 제출한 관련증빙에 의하여 확인된다.

3. 임대보증금이 임대사업과 관련된 차입금상환에 충당되었는지 여부 ㉮ 청구인은 OO상호신용금고로부터 차입한 400,000,000원은 OOOO보험주식회사의 채무승계액으로 100,000,000원, 건축비로 9,000,000원 기타(인출금) 291,000,000원을 사용하고 그 차입금은 쟁점부동산의 임차인인 OO화재보험주식회사로부터 임대보증금을 수령하여 상환하였다고 주장하고 있으나, 청구인이 OO상호신용금고로부터 차입한 400,000,000원은 그 용도를 구체적으로 밝히지 못하고 있어서 임대사업과 관련된 차입금이라고 볼 수 없다. ㉯ 위의 OO보증보험주식회사에 OO 차입금 356,760,000원중 256,760,000원은 청구인이 89.8.8 쟁점부동산의 임차자인 주식회사 OO은행(OOO지점)으로부터 임대보증금으로 상환한 사실이 OOOO보험주식회사와 주식회사 OO은행 OO동지점장이 국세심판소에 제출한 관련증빙에 의하여 확인되므로 256,760,000원은 임대사업과 관련된 차입금이고 그 차입금을 임대보증금으로 상환하였다고 보인다. ㉰ 청구인이 주장하는 차입금 756,760,000원중 임대사업과 관련된 차입금의 상환에 충당된 것으로 확인된 임대보증금은 256,760,000원으로 이에 대하여는 간주임대료를 계산할 수 없다.

• 라. 쟁점③에 대하여 청구인이 91 과세년도에 쟁점부동산에 부과된 재산세 6,856,410원과 종합토지세 1,916,680원을 납부한 사실은 서울특별시 강동구청이 발행한 영수증에 의하여 확인된다. 처분청이 청구인의 91 과세년도 소득금액을 실지조사결정방법에 의하여 총수입금액을 2,241,809,754원으로, 필요경비를 1,674,286,045원으로 하여 이 건 과세하였는 바, 위 재산세 및 종합토지세는 필요경지에 해당하므로 이를 인정하여야 하나 청구인이 주장하는 재산세등 8,773,090원이 필요경비로 얼마가 계상 포함되었는지 여부와 쟁점부동산에 대하여 부과된 세액이 구체적으로 얼마인지를 알 수 없어 이 부분에 대하여는 처분청이 재조사하여 해당세액을 필요경비로 인정하여야 할 것이다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.