청구법인이 업무용 부동산인 기존사업장을 양도하고 다른 사업장을 취득하였으나 신고기한이 지나서 특별부가세 감면신고한 경우 그 특별부가세를 감면해줄 수 있는지의 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분의 개요 청구법인은 택시운송업을 영위하는 법인으로서 다른 사업장(강원도 춘천시 OO동 OOOOO 소재 대지 1,720㎡, 건물 479㎡)을 취득할 목적으로 기존사업장(강원도 춘천시 OO동 OOOOO 소재 대지 374㎡, 건물 187㎡)을 91.4.2 양도(소유권이전등기일)한 후 92.3.30 특별부가세 감면신고를 한 사실이 있다. 처분청은 청구법인이 기존사업장을 90.6.10 양도(잔금청산)하였으므로 91.4.1까지 특별부가세 감면 신고를 이행하였어야 함에도 92.3.30 에서야 감면신고를 이행하였다 하여 청구법인의 감면신고를 무신고로 보아 92.12.22 청구법인에게 90사업년도 법인세 18,188,570원 및 동 방위세 2,998,110원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.2.15 심사청구를 거쳐 93.5.24 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구법인은 기존사업장을 양도한 후 소유권이전등기일(92.4.2)을 양도일로 보아 92.3.30 특별부가세 감면신고를 이행하였는 바 이는 청구법인의 착오에 의한 것이므로 청구법인이 영세업체인 점을 감안하여 특별부가세를 감면하여 달라는 주장이다. 국세청장은 청구법인이 위 부동산을 양도한 날(90.6.10)이 속하는 90사업년도의 법인세 과세표준 신고기한까지 특별부가세 감면신고를 이행하였어야 함에도 신고기한을 지나서 신고하였으므로 청구주장을 받아들일 수 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 사건의 다툼은 청구법인이 업무용 부동산인 기존사업장을 양도하고 다른 사업장을 취득하였으나 신고기한이 지나서 특별부가세 감면신고한 경우 그 특별부가세를 감면해줄 수 있는지의 여부에 있다.
• 나. 관련법령을 본다.

1. 법인세법 제59조의 2 동법시행령 제124조의 2 제13항과 소득세법시행령 제53조 제1항 제1호의 규정을 모아보면, 취득 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금약정일을 취득 및 양도시기로 한다라고 규정하고 있으며

2. 조세감면규제법 제67조의13 제1항의 규정에 의하면 법인이 2년이상 계속하여 당해 법인의 업무용으로 직접 사용한 토지 등으로서 토지 등을 다른 고정자산을 취득 할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 면제한다라고 규정하고 있고, 동법 동조 제4항 및 동법시행령 제55조의 11 제4항에서는 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 토지 등의 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출하여야 한다라고 규정하고 있다.

• 다. 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 토지 등의 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 처분청에 제출하는 경우에 한하여 특별부가세가 면제되는 것인바, 청구법인의 경우 다른 사업장을 취득할 목적으로 2년이상 계속하여 업무용으로 직접 사용하던 부동산인 기존사업장을 90.6.10 양도(잔금청산)하였음에도 91.4.2에서야 소유권이전 등기한 후 92.3.30 특별부가세 감면신고 하였음이 등기부등본 및 관련기록에 의하여 확인되고 이에 대하여는 다툼이 없으므로 청구법인의 특별부가세 감면신고를 배제하고 추징한 당초처분에 잘못이 없다고 판단된다.
• 라. 따라서 기존사업장 양도에 따른 특별부가세를 면제하여야 한다는 청구주장은 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.