[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구인은 서울특별시 노원구 OO동 OOOOOOO, OO, OO 소재 전 1,020㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 89.5.31 청구외 (주)OO모직 직장주택조합에 국민주택건설용지로 양도한 다음 89.6.27 예정신고시 방위세만 납부(양도소득세는 무납부)하면서 양도소득세 면제신청서를 함께 제출한 바 있고, 한편 쟁점토지를 양수한 위 조합은 동 지상에 국민주택을 신축하여 91.8.12 가 사용승인을 받아 조합원들을 입주시킨 바 있다. 처분청은 직장주택조합에 양도된 쟁점토지는 89.12.30 개정전 조세감면규제법 제62조에 의거 그 양도소득세가 감면대상이 아니라 환급대상인데도 위 가사용승인일로부터 3월이내에 양도소득세 환급신청서가 제출되지 않았음을 들어 92.12.16 양도소득세 48,204,290원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 93.1.15 심사청구를 겨쳐 93.5.4 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구인 주장 쟁점토지의 양도일인 89.5.31로부터 3년이내인 91.8.12 동 지상 국민주택이 사실상 준공(가사용승인)되었고 89.6.27 예정신고당시 양도소득세 세액면제신청서를 기히 제출하였으므로 이 건 양도소득세는 취소되어야 한다는 주장이다.
- 나. 국세청장 의견 청구인은 이 건 준공일(91.8.12)로부터 3월내인 91.11.12 까지 준공사실을 입증하는 서류, 양도소득세 납부사실증명서 등을 첨부하여 양도소득세 환급을 신청하여야 하는데도 이를 이행하지 않았을 뿐만 아니라 청구인이 기제출하였던 면세신청서 또한 조세감면규제법 제62조 제1항의 감면요건에 부합하지 아니한 환급신청서에 불과하므로 양도소득세를 과세한 당초처분은 타당하다.
3. 심리 및 판단 이 건은 양도소득세 환급대상이 되는 국민주택건설용지를 양도한 후 예정신고시 양도소득세 면제신청서를 제출한 경우 동 면제신청서를 환급신청서에 갈음한 것으로 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.
- 가. 이 건 양도당시 적용되던 조세감면규제법 제62조 제1항 및 동법시행령 제50조 제2·3항을 모아보면, 내국인이 토지를 국민주택건설용지로 양도하고 이를 취득한 자가 토지매입일로부터 3년이내 국민주택을 건축하는 경우에는 당해토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 그 토지를 양도한 내국인에게 환급하되 다만, 실수요자(위 시행령 동조 제3항에 의거 “한국토지개발공사 및 주택건설등록업자”만이 실수요자에 해당함)에게 양도하는 경우에는 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있고, 한편, 위 법 동조 제3항에서 “제1항의 규정은 토지를 양도한 내국인이 대통령령이 정하는 바에 의하여 신청하는 경우에 한하여 이를 적용한다. 다만 제1항 단서의 경우에는 그 매입자가 신청하여야 한다고 규정하고 있고, 위 시행령 동조 제9항에 의하면 ”법 제62조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 환급받고자 하는 내국인은 당해 국민주택이 준공된 날로부터 3월이내에 재무부령이 정하는 국민주택건설용 토지세액 환급신청서에다 다음 각호의 서류를 첨부하여 당해 내국인의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, “양도일이 속하는 년도의 과세표준신고기한전에 준공된 경우에는 당해 과세표준신고기한내에 제출할 수 있다(각호 생략)”고 규정하고 있으며, 제10항에 의하면 “법 제62조 제3항 단서의 규정에 의하여 면제신청을 하고자 하는 내국인은 당해토지를 양도한 날이 속하는 과세년도의 과세표준신고기한내에 재무부령이 정하는 세액면제신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 양도자의 주소지 관할세무서장에게 제출하여야 한다(각호 생략)”고 규정하고 있다.
- 나. 이상을 모아보면 토지매수자가 위 소정의 실수요자에 해당하는지 여부에 따라 당해 양도소득세가 환급대상인지 또는 면제대상인지가 가려진다 할 것인 바, 이 건 토지매수자인 (주)OO모직 직장주택조합은 주택건설등록업자가 아니어서 그 양도소득세는 환급대상에 해당한다 할 것이고 그러하다면 청구인의 경우 예정신고 또는 확정신고 여부에 관계없이 당해 국민주택이 사실상 준공된 날로부터 3월이내에 소정의 서류를 첨부한 환급신청서를 제출한 경우에 한하여만 그 양도소득세가 환급될 것인데도 이를 이행한 사실이 없을 뿐만 아니라 면제신청서는 매수인이 환급신청서는 양도인이 제출하도록 규정하고 있다. 이와 같이 면제신청서와 환급신청서는 감면 또는 환급법정요건, 신청서제출의무자, 신청기한, 신청에 따른 법률효과가 상이함을 알 수 있으므로 감면신청서를 환급신청서에 갈음되어야 한다는 청구주장은 관계법리를 오인한 것으로 받아들이기 어렵다고 판단된다.
- 다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제OO조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.