[요지] 업무착오로 특별부가세 등 면제신청을 한 경우에는 면제규정을 적용할 수 없고 세액감면신청서를 제출하는 경우에 한하여 적용이 되는 바 청구법인이 감면신청서를 제출함이 없이 한 수정신고는 효력이 없다고 인정되어 법인세액감면을 배제하고 과세한 당초처분은 잘못이 없음.
[요지] 업무착오로 특별부가세 등 면제신청을 한 경우에는 면제규정을 적용할 수 없고 세액감면신청서를 제출하는 경우에 한하여 적용이 되는 바 청구법인이 감면신청서를 제출함이 없이 한 수정신고는 효력이 없다고 인정되어 법인세액감면을 배제하고 과세한 당초처분은 잘못이 없음.
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 식탁 및 의자제조업을 영위하는 법인으로서 청구법인의 구공장인 경기도 고양시 OO동 OOOOOOO 공장용지 3,554㎡ 및 건물 991.73㎡(이하 “구공장”이라 한다)가 89.4.22 고양시 택지개발예정지구로 지정(건설부고시 193호)됨에 따라 91.5.10 위 구공장의 토지, 건물, 기계시설 및 기계장치의 보상금으로 1,313,052,000원을 고양시 공영개발사업소로부터 수령하고 조세감면규제법 제67조의13의 규정에 의하여 법정신고기한내에 특별부가세 면제신청을 하였는 바, 처분청은 청구법인이 면제신청한 특별부가세는 감면결정하고 92.8.20 청구법인에게 91사업년도(91.1.1～12.31) 귀속 법인세 48,260,630원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복, 92.10.19 심사청구를 거쳐 93.2.6 심판청구를 하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
3. 심리 및 판단
(1) 조세감면규제법 제67조의13 제1항에서는 “법인이 2년이상 계속하여 당해법인의 업무용으로 직접 사용한 토지 등으로서 대통령령이 정하는 토지 등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다”라고 규정하고 동법시행령 제55조의11 제1항 제1호에서는 법인이 2년이상 계속하여 가동한 공장에 사용한 토지는 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있으며 동법 제67조의13 제4항에서는 면제신청을 하는 경우에 한하여 특별부가세를 면제하도록 규정하고 있다.
(2) 조세감면규제법 제42조 제1항 및 제2항의 규정에 의하면 대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득과 국가·지방자치단체로부터 지급받은 이전보상금에 대하여는 법인세 등을 면제하도록 규정하고 있고 동법 제42조 제5항(89.12.30신설) 및 동법시행령 제36조 제3항의 규정에 의하면 법인세 등을 면제받기 위하여는 세액면제신청서 등을 제출하는 경우에 한하여 이를 면제하도록 규정하고 있다.
(1) 청구법인은 88.1.1 개업하여 식탁 및 의자를 제조하는 업체로서 구공장이 89.4.22 건설부고시 제193호에 의하여 고양시 택지개발사업지구로 편입(수용)됨에 따라 91.5.10 고양시 공영개발사업소로부터 보상금 1,313,052,000원을 수령하고 위 보상금으로 신공장을 신축중인 사실이 공업단지 입주계약확인서, 건축허가서 및 착공신고서에 의하여 확인된다.
(2) 청구법인은 구공장 양도와 관련, 91.1.1～12.31 사업년도 법인세과세표준 및 세액신고시에 조세감면규제법 제67조의13의 규정에 의거 면제신청서를 제출하여 특별부가세를 면제받은 사실이 있다.
(3) 위 면제신청에 대하여 청구법인은 조세감면규제법 제42조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 면제신청서를 제출하여야 함에도 면제신청에 관한 해당 법조항을 잘못 적용하여 조세감면규제법 제67조의13의 규정만을 기재·면제 신청한 사실을 차후에 알고 수정신고기한내인 92.6.13 조세감면규제법 제42조 제1항 및 제2항을 적용하여 세액감면신청서를 수정신고하였으므로 이 건 법인세는 취소되어야 한다는 주장인 바, 이를 살펴보면, 첫째, “청구법인이 공장양도에 따른 법인세 등의 면제”를 받기 위하여는 전시 조세감면규제법 제42조 제5항 및 동법시행령 제36조 제3항에 의하여 세액감면신청서 등을 법정신고기한내에 처분청에 제출하여야 함에도 이를 그 기한내에 제출한 바 없고, 둘째, 청구법인이 주장하는 위 수정신고는 청구법인이 92.3.30 제출한 바 있는 조세감면규제법 제67조의13 제1항에 의한 특별부가세 면제신청서를 수정하여 신고한 것으로서 당초부터 법인세 등 면제신청서를 제출한 바 없이 행한 위 수정신고는 법인세를 면제받기 위한 수정신고라고는 볼 수 없다 할 것이다.