공장용지가 공장대지면적을 초과하는 비업무용 부동산에 해당되는지 여부② 임야의 가액을 지방세법상의 과세시가표준액을 적용하여 비업무용 부동산에 대한 지급이자를 손금불산입한 처분의 적법성 여부(경정)

[주 문]

1. 파주세무서장이 청구법인에게 92.8.18 결정고지한 90사업년도 법인세 7,276,510원 및 동 방위세 2,878,830원은 청구법인이 소유하고 있는 경기도 고양시 OO동 OOOOO 임야 1,540㎡와 동소 OOOOO 임야 5,603㎡합계 7,143㎡의 가액을 장부가액으로 하여 비업무용 부동산에 대한 지급이자를 손금불산입하고 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 청구법인이 소유하는 경기도 고양시 OO리 OOOOO 임야 1,540㎡와 동소 OOOOO 임야 5,603㎡ 합계 7,143㎡(이하 “쟁점임야”라 한다)를 비업무용 부동산으로 보아 그 가액을 장부가액으로 하여 지급이자를 손금불산입하고 90사업년도 법인세를 신고납부하였다. 처분청은 청구법인의 위 법인세 신고내용을 서면분석하여 청구법인이 소유하는 경기도 고양시 OO동 OOOOO 공장용지 6,717㎡ 중 979.8㎡(이하 “쟁점공장용지”라 한다)를 비업무용 부동산으로 판정하였고, 쟁점임야는 개별공시지가가 고시되지 아니하였으나 지방세법상의 과세시가표준액이 장부가액보다 높으므로 지방세법상의 과세시가표준액을 적용하여 비업무용 부동산에 대한 지급이자를 손금불산입하여 92.8.18 청구법인에게 법인세 7,276,510원과 동 방위세 2,878,830원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 92.10.14 심사청구를 거쳐 93.1.29 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장

① 처분청이 비업무용 부동산으로 본 쟁점공장용지는 90.4.4 개정된 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호 (가)목에 의하면 공장대지면적을 초과하는 비업무용 부동산에 해당되지 아니하고,

② 쟁점임야는 하천인 관계로 경기도 고양시장이 고시한 개별공시지가가 없어 장부가액을 적용하여 비업무용 부동산에 대한 지급이자를 손금불산입하고 법인세를 신고하였음에도 처분청이 쟁점임야의 가액을 장부가액보다 높은 지방세법상의 과세시가표준액을 적용하여 지급이자를 손금불산입한 과세처분은 적법하지 아니하므로 취소하여야 한다.

3. 국세청장 의견

① 쟁점공장용지의 과세에 적용되는 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호(가)목은 90.4.4 개정되기 전의 법인세법시행규칙을 적용하여야 하므로 쟁점공장용지는 비업무용 부동산에 해당하고,

② 구법인세법시행령 제43조의2 제2항 후단에서 비업무용 부동산 가액은 취득가액·장부가액 및 재무부령이 정하는 기준시가 중 많은 금액을 적용하도록 규정하고 있고 쟁점임야는 개별공시지가가 고시되어 있지 아니한 비업무용 부동산에 해당되므로 장부가액 보다 많은 금액인 지방세법상의 과세시가표준액을 적용하여 지급이자를 손금불산입한 과세처분은 적법하다.

4. 심리 및 판단

• 가. 이 건의 다툼은

① 쟁점공장용지가 공장대지면적을 초과하는 비업무용 부동산에 해당되는지 여부

② 쟁점임야의 가액을 지방세법상의 과세시가표준액을 적용하여 비업무용 부동산에 대한 지급이자를 손금불산입한 처분의 적법성 여부를 가리는데 있다.

• 나. 쟁점①에 대하여

① 90.4.4 개정된 법인세법시행규칙 부칙 제4조 제2항에서 “이 규칙 시행 전에 착공한 건축물의 부속토지에 관하여는 종전의 제18조 제3항 제2호의 규정에 의한다”라고 규정하고 있고, 쟁점공장용지상의 건축물들은 72년도 이전에 신축되었음이 건축물대장에 의하여 확인되므로 쟁점공장용지의 비업무용 부동산 해당여부는 90.4.4 개정되기 전의 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호를 적용하여야 한다.

② 90.4.4 개정되기 전의 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호 (가)목에서 공장용 건축물의 부속토지는 공업배치법 제6조의 규정에 의한 기준면적으로 하도록 규정하고 있고, 공업배치법 제6조에서 상공부장관은 관계부처의장과 협의하여 공장입지의 기준을 고시하도록 하고 있으며, 공장입지기준고시(상공부고시 87-14호, 87.5.26) 제3조 제1호 및 공업배치법시행령 제12조에서는 공장대지면적은 “공장건축면적 × 1/기준공장면적율”로, 공장기준면적율은 “35%”로 규정하면서 위 규정에 의하여 계산한 기준초과용지의 면적이 공장대지 면적의 10%미만이고 3,000㎡를 초과하지 아니한 경우에는 기준초과용지로 보지 아니하도록 규정하고 있다.

③ 이에 따라 계산한 기준초과용지 면적 979.8㎡는 공장대지면적(5,737.2㎡)의 10%를 초과하고 있어 비업무용 부동산에 해당된다고 판단된다. 공장용지면적 건축물면적 기준율 공장대지면적 초과면적 6,717㎡ 2,008㎡ 35% 5,737,2㎡ 979.8㎡

• 다. 쟁점②에 대하여

① 90.12.31 개정되기 전의 법인세법시행령 제43조의2 제2항 후단에서 지급이자를 손금불산입할 경우의 비업무용 부동산 가액은 취득가액이나 당해 사업년도 종료일(사업년도 중 양도한 경우에는 양도일) 현재의 장부가액 또는 재무부령이 정하는 기준시가 중 많은 금액으로 하도록 규정하면서, 90.4.4 신설된 법인세법시행규칙 제18조 제1항 제2호에서 『재무부령이 정하는 기준시가』는 “토지의 경우에는 시장·군수·구청장이 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지의 지가”를 말한다고 규정하고 있다.

② 청구법인이 소유하는 쟁점임야는 지목이 임야이나 사실상의 현황은 하천인 관계로 위 법령에 의한 개별공시지가가 고시되어 있지 아니하여 청구법인은 쟁점임야의 가액을 장부가액(취득가액과 동일함)으로 하여 비업무용 부동산에 대한 지급이자를 손금불산입하고 90사업년도 법인세를 신고납부하였고 처분청은 쟁점임야를 지방세법상의 과세시가표준액으로 하여 과세표준 및 세액을 경정결정한 사실이 청구주장 및 처분청의 경정조사복명서에 의하여 확인된다.

③ 위 관련법령에 의하면 비업무용 부동산 가액은 취득가액, 당해 사업년도 종료일 현재의 장부가액 또는 개별공시지가 중에서 많은 금액을 비교하여 선택하도록 규정하고 있으나 지방세법의 과세시가표준액은 그 선택기준에 포함되어 있지 아니하므로 신고납부제도를 채택하고 있는 현행 법인세 제도하에서는 이 건과 같이 재무부령이 정하는 기준시가인 개별공시지가가 없는 경우 비록 지방세법상의 과세시가표준액이 장부가액 보다 많다고 하더라도 지방세법상의 과세시가표준액을 재무부령이 정하는 기준시가로 볼 수 있다고 임의로 단정하여 신고할 수 없다 할 것이므로 장부가액으로 쟁점임야에 대한 지급이자를 손금불산입할 수 밖에 없다고 판단된다. 그러므로 이 부분 청구주장은 이유있다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.