공사금액에 대한 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지의 여부(경정)

[주 문] 제천세무서장이 92.12.19 청구법인에게 고지한 92년 1기분 부가가치세 69,680,600원과 청구법인의 92년 2기 예정신고분부가가치세 환급세액에서 감액한 13,149,400원의 처분은 별첨 매입세액 공제가능 공사금액 계산내역과 같이 소성로 부지포장 및 부대공사금액 중 375,501,119원(92년 1기분 303,029,403원, 92년 2기분 72,471,716원)과 적재장 부지조성공사금액중 46,987,496원(92년 1기분)에 대한 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하여 경정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인이 충북 단양군 매포읍 OOO리 OOOOO 소재 청구법인의 단양1공장내의 소성로의 부지공사·소성로의 부지포장 및 부대공사·적재장부지조성공사(이하 “쟁점공사”라 한다)의 92년도분 공사금액 753,000,000원에 대한 매입세액 75,300,000원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고를 한데 대하여 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 조기환급 조사시 쟁점공사와 관련한 부가가치세 매입세액 75,300,000원을 토지조성공사관련 매입세액으로 보아 이를 매출세액에서 불공제하여 92.12.19 청구인에게 92년 1기분 부가가치세 69,680,600원을 고지하고 92년 2기 예정신고분 부가가치세 환급세액에서 13,149,400원을 감액하는 결정을 하였다. 청구인은 이에 불복하여 93.2.18 심사청구를 거쳐 93.6.16 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 쟁점공사는 소성로 등의 증설공사에 관련된 공사로서 공사의 목적이 토지조성이 아닌 공장증설에 있는 것으로서 소성로부지조성공사(이하 “쟁점공사1”이라 한다)는 소성로 및 그 부대설비인 석회석 야적장·석회석 수세설비 제품출하장·변전시설 등을 위한 기초공사이며, 소성로부지포장 및 부대공사(이하 “쟁점공사2”라 한다)는 소성로 및 그 부대시설 등을 증설함에 따른 마무리 공사이며, 적재장부지 조성공사(이하 “쟁점공사3”이라 한다)는 기존의 회전로 1, 2호기 옆에 3, 4호기를 증설함에 따라 기존의 출하장으로는 출하작업이 곤란하여 출하장을 확장하기 위한 공사인 바, 이러한 부대공사는 기존 공장구내에 생산설비를 증설함에 따른 불가피한 공사로서 법인세법상 감가상각대상자산인 구축물 등의 공사와 관련된 매입세액을 불공제하는 처분은 부당하다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인의 기존공장내에 증설되는 쟁점공사의 내역을 보면 절토, 성토, 옹벽, 석축, 포장, 배수 등에 관한 공사로 이러한 공사가 토지의 조성만을 위한 필수적 공사가 아니라고 하더라도 쟁점공사는 필연적으로 토지의 조성을 위해 발생하는 자본적 지출에 해당하는 것으로 보아야 할 것이므로 이와 관련된 매입세액을 불공제하는 것이 타당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 쟁점공사금액에 대한 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 심리 및 판단

(1) 부가가치세법 제12조 제1항 제12호의 규정에 의하면 토지의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있으며, 같은법 제17조 제2항 제4호의 규정에 의하면 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있다. 그리고 91.12.31 신설된 같은법시행령 제60조 제6항에서는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

(2) 쟁점공사의 내용 등에 대하여 살펴본다.

• 가) 쟁점공사1은 소성로(생석회소성 기계장치) 등을 설치하기 이전의 부지조성공사임이 관련 공사계약서 등에 의거 확인되며, 쟁점공사1의 내역서에 의하면 절토, 성토, 줄떼, 평떼, 옹벽 및 석축 등의 공사가 대부분을 이루고 있는 바, 이러한 공사는 토지의 평탄작업과 이를 위한 부대공사라고 할 것이므로 토지조성관련공사로 보아야 할 것이다.
• 나) 쟁점공사2는 소성로 등을 설치한 후의 부지포장 및 이에 관련된 공사임이 당해 공사계약서에 의거 확인되고, 그 내역서에 의하면, 쟁점공사2중 포장공사는 전반적으로 증설된 공장부지의 아스팔트포장 및 원석 야적장·침전조·펌프장 주변의 콘크리트 포장에 대한 공사임을 알 수 있으며, 그리고 옹벽·석축공사는 소성로 설치 이후의 공장부지의 포장 등을 위한 공사로서 이러한 공사는 법인세법상 감가상각대상자산인 구축물과 관련된 공사로 판단된다. 그러나 쟁점공사2중 포장·옹벽·석축공사를 제외한 토공사·복지동후면공사 및 부대공사는 공장부지의 정지와 관련된 토지의 조성 등을 위한 공사로 보는 것이 타당할 것이므로 법인세법상 감가상각 대상자산인 구축물과 관련된 공사로 보기는 어렵다고 할 것이다.
• 다) 쟁점공사3은 생산물의 적재장을 설치하기 위한 공사임이 당해 공사계약서에 의거 확인되고, 쟁점공사3의 내역서에서 보는 바와 같이 쟁점공사3중 포장공사와 구조물공사는 적재장을 설치하기 위한 콘크리트포장 및 콘크리트 옹벽과 함께 집수정, 맨홀 등의 설치에 관련된 공사로서 이러한 공사는 법인세법상 감가상각대상자산인 구축물의 설치에 관한 공사로 판단된다. 그러나 쟁점공사3중 나머지 토공사와 부대공사는 적재장의 부지조성 등을 위한 기초공사로서 감가상각대상자산인 구축물에 관련된 공사로 보기는 어려울 것이므로 토지의 조성과 관련있는 공사로 보는 것이 타당할 것이다.

(3) 이와같은 사실들과 관련법령 등으로 미루어 볼 때, 쟁점공사1은 그 전체가 토지조성관련공사로서 이와 관련되는 92년도분 공사금액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당된다고 할 것이므로 이에 대한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다고 할 것이다. 쟁점공사2와 쟁점공사3은 각각 공장부지 포장 및 적재장 설치 등을 위한 공사로서 이중 법인세법시행규칙[별표1]의 고정자산 내용년수표상 구축물(감가상각대상자산)의 공사에 해당되는 쟁점공사2의 포장·옹벽·석축공사와 쟁점공사3의 포장·구조물공사에 대한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 할 것이다. 그러나 쟁점공사2의 토공사, 복지동후면공사 및 부대공사, 그리고 쟁점공사3의 토공사 및 부대공사는 공장부지 및 적재장부지의 정지 등을 위한 기초공사로서 토지의 조성 등을 위한 공사로 보는 것이 타당할 것이므로 이와 관련된 부가가치세 매입세액은 그 매출세액에서 공제되지 아니한다고 할 것이다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 〈별지〉 매입세액 공제가능 공사금액계산 내역 (단위:원) 공 사 명 총공사금액 92년도분 공사금액 92.1기 92.2기 소 성 로 부 지 포 장 및 부 대 공 사 계 43,000,000 (100%) 347,000,000 (80.7%) 83,000,000 (19.3%)

○ 매입세액 공제 제외 공사금액

○ 매입세액 공제 가능 공사금액

• 포장공사

• 옹벽공사

• 석축공사 54,498,881 375,501,119 262,990,424 38,158,100 74,352,595 43,970,597 303,029,403 212,233,272 30,793,587 60,002,544 10,528,284 72,471,716 50,757,152 7,364,513 14,350,051 적 재 장 부 지 조 성 공 사 계 170,000,000 (100.0%) 119,000,000 (70.0%)

• ○ 매입세액 공제 제외 공사금액

○ 매입세액 공제 가능 공사금액

• 포장공사

• 구조물공사 102,875,004 67,124,996 6,176,725 60,948,271 72,012,504 46,987,496 4,323,707 42,663,789

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