취득일로부터 6월이 경과한 쟁점부동산를 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 비업무용 부동산으로 보아 과세한 처분의 당부(경정)

[주 문]

1. 성북세무서장이 93.7.15 청구법인에 고지한 90사업년도 (90.1.1～90.12.31)분 법인세 135,170,610원 및 동 방위세 4,934,610원은 공공사업용 토지 등의 양도로 인한 법인세(특 별부가세) 감면세액을 32,843,567원으로 하여 그 세액을 경정 한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 서울특별시 중랑구 OO동 OOOOOOO 대지 820㎡, 연립주택 756㎡(이하 “쟁점부동산㉮”라 한다)를 89.4.30 취득하여 현재 보유하고 있으며, 경기도 용인군 용인읍 OO리 OOOOO 대지 2,586㎡, 같은 리 OOOOOO 대지 1,901㎡, 같은 리 OOOOOO 대지 201㎡, 같은 리 OOOOOO 대지 83㎡, 합계 4,771㎡와 위 지상건축물 409.5㎡(이하 “쟁점부동산㉯”라 한다)는 주유소를 경영하다가 OO리 OOOOOO 대지 1,901㎡, 같은 리 OOOOOO 대지 83㎡, 같은 리 OOOOOO 대지 201㎡ 합계 2,185㎡를 90.8.24 공공사업용 토지로 건설부에 양도하고 조세감면규제법 제57조[공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세 등 감면]의 규정에 의하여 특별부가세 54,664,800원을 면제받았다. 처분청은 “쟁점부동산㉮”에 대하여는 청구법인이 89.4.30 취득한 후 6월이 경과하도록 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하였다 하여 그 전체를 비업무용 부동산으로 판정하였으며, “쟁점부동산㉯”에 대하여는 그 토지 4,771㎡ 중 지상건축물의 바닥면적(409.5㎡)에 대한 기준면적(409.5㎡×7배=2,886.5㎡)을 초과하는 1,904.5㎡를 비업무용 부동산으로 판정하여 90～92사업년도에 청구법인이 지급이자로 손금에 계상한 금액 중 440,282,574원(90년 147,947,093원, 91년 143,723,484원, 92년 148,611,997원)을 손금부인하고, 또한 면제받은 특별부가세 54,664,800원 중 “쟁점부동산㉯”의 지상건축물에 대한 기준면적을 초과하여 비업무용으로 인정한 토지면적(1,904.5㎡)이 양도면적(2,185㎡)에서 차지하는 금액인 48,647,190원을 감면배제하여 93.7.15 법인세 257,059,860원(90사업년도 135,170,610원, 91사업년도 61,952,090원, 92사업년도 59,937,160원과 90사업년도분 방위세 4,934,610원을 경정결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.8.26 심사청구를 거쳐 93.12.7 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 토지면적이 지상건축물의 기준면적을 초과한다 하여 “쟁점부동산㉯”의 양도에 대한 특별부가세 감면전액을 배제한 것은 부당하고, “쟁점부동산㉮”는 이를 취득한 후 부득이한 사정으로 업무용에 일시 사용할 수 없었으므로 비업무용부동산 등으로 본 것은 부당하다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 건축물 바닥면적 409.5㎡에 7배를 적용하여 계산한 기준면적 2,866.5㎡을 초과한 1,904.5㎡를 비업무용부동산으로 본 당초처분은 정당하며, “쟁점부동산㉮”는 취득일(89.4.30)로부터 6월이 경과하도록 이를 업무에 사용하지 아니하였으므로 당초처분 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건의 쟁점은

(1) “쟁점부동산㉮”를 비업무용부동산으로 본 처분이 적법 타당한 것인지의 여부와

(2) 특별부가세 감면액 중 감면을 부인한 금액의 계산이 적정하였는지의 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령을 살펴본다. 법인세법 제18조의 3 제1항에서 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로 대통령령이 정하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다 라고 규정하고, 동법시행령 제43조의 2 제1항에서 『법 제18조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용부동산 등”이라 한다)을 말한다.

1. 부동산 취득 후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산.

2. 업무에 필요한 적정한 기준면적을 초과하여 보유하는 부동산』 (3～5호 생략)이라고 규정하고 있고, 같은법시행규칙 제18조 제3항에서 『령 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 “비업무용 부동산 등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.

1. 부동산(제12호에 규정된 매매용 부동산을 제외한다)을 취득한 후 6월(지방세법 시행령 제84조의 4 제1항에 규정된 공장용 용지의 경우에는 2년, 기타 건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 1년)이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산

2. 건축물(시설물을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 직접 사용되는 부속토지로서 다음에 정하는 기준면적을 초과하는 토지.

• 가. 생략
• 나. 기타 건축물(제6호 가목·나목·다목, 제8호 및 제9호의 규정에 의한 부동산을 제외한다. 이하 이 목에서 같다)의 부속토지 건축물의 바닥면적(시설물의 경우는 그 수평투영면적)에 다음의 용도지역별적용배율을 곱하여 산정한 면적과 건축물의 연면적을 건축법에 의한 당해 지역에 적용되는 용적율로 나눈 면적에 5를 곱하여 계산한 면적 중 적은 면적 구 분 용 도 지 역 별 적용배율 도시계획 구역내의 토지 ◦ 주거전용지역 ◦ 사업지역·준주거지역 ◦ 주거지역·공업지역·준공지역 및 전용공업지역 ◦ 녹지지역 ◦ 그 밖의 지역 5 3 4 7 4 도시계획구역 외의 토지 7 한편 조세감면규제법 제57조에 공공사업용 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 특별부가세 감면규정을 두고서 같은 법 제66조에서 “법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산 중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이 법 또는 다른 법률 중 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정은 이를 적용하지 아니한다.”라고 규정하고, 같은 법 시행령 제54조에서 『법 제66조에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 1981년1월1일 이후 취득한 부동산으로서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산 판정기준에 해당하는 것을 말한다. 다만 법 제67조의 15 제2항의 규정에 의하여 양도하는 토지 등을 제외한다.』라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제20조의 2 제1항에서 『령 제54조에서 “재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.

1. 생략

2. 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호 내지 제21호에 해당하는 것』이라고 규정하고 있다.

• 다. 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. 처분청은 청구법인이 “쟁점부동산㉮”를 89.4.30 취득하여 92사업년도 종료일(92.12.31)까지 당해법인의 업무에 직접 사용하지 아니하였다 하여 이를 비업무용부동산으로 판정하였다. 이에 대하여 청구법인은 부득이한 사정으로 사용하지 못하였다고 진술하고 있어 이 부동산이 법인의 업무에 직접 사용되지 아니하였음을 청구법인 스스로 인정하면서도 그 부득이한 사정이 무엇인지를 구체적으로 밝히지 못하고 있어 청구주장을 받아들일 수 없고 이를 비업무용부동산으로 판정한 당초처분은 정당하다고 판단된다.
• 라. 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. 처분청은 “쟁점부동산㉯”의 토지 중 비업무용으로 판정된 토지면적(1,904.5㎡) 전부가 양도된 면적(2,185㎡)에 포함된 것으로 보아 총감면세액 중 비업무용 면적이 양도면적에서 차지하는 비율에 해당하는 감면세액(47,647,190원)을 감면배제하였으나, “쟁점부동산㉯”의 토지는 당초 경기도 용인군 용인읍 OO리 OOOOO번지 2,870㎡와 OOOOOOOO 1,901㎡로 구획되어 있던 토지로써 이들 토지 전부를 주유소 부지로 사용하던 중 건설부가 위 OO리 OOOOOO 토지 전부와 OO리 OOOOO 토지의 일부를 수용하기 위하여 OO리 OOOOO 토지를 OOOOO, OOOOOO 및 OOOOOO의 세 필지로 분할하고 그중 OO리 OOOOOO 토지 83㎡, OO리 OOOOOO 토지 201㎡만 수용하였음이 지적도 및 등기부등본에 의하여 확인된다. 따라서 지상건축물의 기준면적을 초과하여 발생하게 된 비업무용 토지는 “쟁점부동산㉯”토지 중 양도된 토지에만 해당된다고 할 수는 없고 전체토지 중에서 기준면적을 초과한 부분으로 보아야 할 것이므로 “쟁점부동산㉯”의 토지 전체면적(4,771㎡) 중 비업무용 토지의 면적(1,904.5㎡)이 차지하는 비율에 해당하는 감면세액(21,821,236원)을 감면배제하는 것이 타당하다 할 것이다.

4. 결론 위와 같이 청구주장 일부 이유있다고 판단되어 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.